LXL04_005692 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005692

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 170953446-170964829 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4635 bp · LXL04_005692|LXL04_005692|OH1004|cDNA

ATGGGGAGGCCTTATGTCAATAATTCCTTTCGTTCAAGCAAACTATTTATCAATGACAATATTGATGAGATCCTTGCATTCAAAAGAAGTTTGATAGAAAAATCCGGTGACCAGAGTTCATCCAGTCATCGAACCATTTCGTCATCGATTGTTTACTCCTTGCAAAATGAGTTCCTCTCAACGAATACTTTCTATAAAATATCTGCCATTCACGGAAGCTCAGCTATTGTTCTTGGTACAATCAAGGTCATTGAACAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4635 bp · LXL04_005692|LXL04_005692|OH1004|CDS

ATGGGGAGGCCTTATGTCAATAATTCCTTTCGTTCAAGCAAACTATTTATCAATGACAATATTGATGAGATCCTTGCATTCAAAAGAAGTTTGATAGAAAAATCCGGTGACCAGAGTTCATCCAGTCATCGAACCATTTCGTCATCGATTGTTTACTCCTTGCAAAATGAGTTCCTCTCAACGAATACTTTCTATAAAATATCTGCCATTCACGGAAGCTCAGCTATTGTTCTTGGTACAATCAAGGTCATTGAACAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1544 aa · LXL04_005692|LXL04_005692|OH1004|PROTEIN

MGRPYVNNSFRSSKLFINDNIDEILAFKRSLIEKSGDQSSSSHRTISSSIVYSLQNEFLSTNTFYKISAIHGSSAIVLGTIKVIEQEQPWFYIACSNCRRKVQVVKATNDESGDVSQNVESEVFWCSNPMPECQNNVISAAPRFIVRVRVQGVVGVVTLTLFDREVREMLNISAASLVEKYEKAGLENEYPIEFENLLEKKNMHSKLLSITDAVDIISELDMMEKKLTNEHEVESESESVKLSQETVNLKDDTSFTGDNS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005692`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_005692`
位置	Chr01:170953446-170964829 (-)
描述	Similar to pif1: ATP-dependent DNA helicase pif1 (Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005692` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0051276 chromosome organization 生物过程 GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0031981 nuclear lumen 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bba:Bd3546 cje:Cj0945c rno:367645 tbr:Tb11.01.6420 xla:734585 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.926

排名 1 · LXL04_005692 · OH-1004

细胞质0.138

排名 2 · LXL04_005692 · OH-1004

线粒体0.037

排名 3 · LXL04_005692 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 4 · LXL04_005692 · OH-1004

细胞外0.009

排名 5 · LXL04_005692 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08646.17Rep_fac-A_C77-239 aa

PF14214.12Helitron_like_N393-565 aa

PF05970.21PIF11026-1243 aa

PF13604.13AAA_301044-1146 aa

PF21530.4Pif1_2B_dom1345-1389 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005692	`PF08646.17`	Rep_fac-A_C	77	239	4.1e-09	37.1
LXL04_005692	`PF14214.12`	Helitron_like_N	393	565	3.8e-49	168.2
LXL04_005692	`PF05970.21`	PIF1	1026	1243	6e-90	301.4
LXL04_005692	`PF13604.13`	AAA_30	1044	1146	8e-06	26.4
LXL04_005692	`PF21530.4`	Pif1_2B_dom	1345	1389	4.4e-19	68.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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