LXL04_005671 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005671

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 170748255-170767204 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7278 bp · LXL04_005671|LXL04_005671|OH1004|cDNA

ATGGGCGGGAAAATGAGTGTGAGATTGATTCTTGAGATTGATTCTTATCCTCTTTACTCTGAACAGTTCTTCACGATTACTCCGTTACACTTTGTGTTCATCGCTACCACCGCACACCTATTAGATGTTGCCGCTGCAATCAAACTAGCACCACAACCGCCACAGTTGATCTTTCATAACCATGGTTCTAAGGCGCATGGAAAAAAAGACGTTGAGAACCCATTCCCCAAGGTCGGCGCGGATTACATTCCCCGAGTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

7278 bp · LXL04_005671|LXL04_005671|OH1004|CDS

ATGGGCGGGAAAATGAGTGTGAGATTGATTCTTGAGATTGATTCTTATCCTCTTTACTCTGAACAGTTCTTCACGATTACTCCGTTACACTTTGTGTTCATCGCTACCACCGCACACCTATTAGATGTTGCCGCTGCAATCAAACTAGCACCACAACCGCCACAGTTGATCTTTCATAACCATGGTTCTAAGGCGCATGGAAAAAAAGACGTTGAGAACCCATTCCCCAAGGTCGGCGCGGATTACATTCCCCGAGTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2425 aa · LXL04_005671|LXL04_005671|OH1004|PROTEIN

MGGKMSVRLILEIDSYPLYSEQFFTITPLHFVFIATTAHLLDVAAAIKLAPQPPQLIFHNHGSKAHGKKDVENPFPKVGADYIPRVNSCAMDLDGHPAGVGSGQVHYAGSAPNHAQPGPIPEPNFASSHLIFNYDNSGAMVNQWRSKIKKAGHLNSFVPPANLEVSNVQNFDLNRCAPTTSESSSNRATPTLGSLDSPTSSKDLEQTIDIGQSVGFQFDRGNAASLEVFCGGGGVKTGVCDSHKRDWMHRLRKEHRFAFC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005671`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005671

位置 Chr01:170748255-170767204 (-)

描述 Similar to KAT3: Potassium channel KAT3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32650`	可能的入向整流钾通道调节（α）亚基。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0718700`	推测的内向整流钾通道。	暂无已核实直接文献
`Os06g0254200`	推测的内向整流钾通道。	暂无已核实直接文献
`Os01g0648000`	高选择性内向整流钾通道，介导植物根部钾的吸收。	Rice K+ uptake channel OsAKT1 is sensitive to salt stress.2005 · DOI: 10.1007/s00425-004-1437-9
`UniProt: P0C550`	高选择性内向整流钾通道，介导植物根部钾的吸收。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005671 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0071805 potassium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0034702 monoatomic ion channel complex 细胞组分

GO:0005249 voltage-gated potassium channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G32650

dosa:Os01g0648000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.471

排名 1 · LXL04_005671 · OH-1004

细胞核0.273

排名 2 · LXL04_005671 · OH-1004

细胞膜0.233

排名 3 · LXL04_005671 · OH-1004

内质网0.062

排名 4 · LXL04_005671 · OH-1004

高尔基体0.054

排名 5 · LXL04_005671 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00078.33RVT_1746-938 aa

PF13966.12zf-RVT1057-1129 aa

PF00520.38Ion_trans1255-1403 aa

PF00520.38Ion_trans1401-1470 aa

PF07885.23Ion_trans_21428-1468 aa

PF00027.36cNMP_binding1558-1641 aa

PF11834.14KHA1715-1782 aa

PF00078.33RVT_12323-2423 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005671	`PF00078.33`	RVT_1	746	938	1.5e-36	126.9
LXL04_005671	`PF13966.12`	zf-RVT	1057	1129	1.1e-12	49.1
LXL04_005671	`PF00520.38`	Ion_trans	1255	1403	1.5e-18	67.6
LXL04_005671	`PF00520.38`	Ion_trans	1401	1470	1.5e-18	67.6
LXL04_005671	`PF07885.23`	Ion_trans_2	1428	1468	4.6e-06	27.1
LXL04_005671	`PF00027.36`	cNMP_binding	1558	1641	2.4e-16	60.2
LXL04_005671	`PF11834.14`	KHA	1715	1782	4.5e-21	75.3
LXL04_005671	`PF00078.33`	RVT_1	2323	2423	1.5e-36	126.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P92960`	拟南芥	Potassium channel KAT3	49.778%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2ZX97`	水稻	Potassium channel KAT6	41.997%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q652U9`	水稻	Potassium channel KAT4	41.905%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0JKV1`	水稻	Potassium channel AKT1	44.181%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0C550`	水稻	Potassium channel AKT1	44.181%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情