LXL04_005660 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005660

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 170546923-170547561 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

639 bp · LXL04_005660|LXL04_005660|OH1004|cDNA

ATGGATTCGTATACAGATCAATCGTGTAACTCCAGTTCGAACTGGAATGATTGCAGCACAAGCTCCGGCGGGAATGGGGCGGCTGAAACGTCGGAAGTAAAGCTAGCTTCAGAAACCCCTAAAAAGAAAGCCGGGAGGAAGAAATTCAGGGAAACCCGACACCCGGTGTACCGCGGAGTGAGGCTGAGGGACAACGGAAAGTGGGTTTGCGAGGTGAGAGAGCCGAACACGAAGTTTAGGGTTTGGTTAGGGACGCATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

639 bp · LXL04_005660|LXL04_005660|OH1004|CDS

ATGGATTCGTATACAGATCAATCGTGTAACTCCAGTTCGAACTGGAATGATTGCAGCACAAGCTCCGGCGGGAATGGGGCGGCTGAAACGTCGGAAGTAAAGCTAGCTTCAGAAACCCCTAAAAAGAAAGCCGGGAGGAAGAAATTCAGGGAAACCCGACACCCGGTGTACCGCGGAGTGAGGCTGAGGGACAACGGAAAGTGGGTTTGCGAGGTGAGAGAGCCGAACACGAAGTTTAGGGTTTGGTTAGGGACGCATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

212 aa · LXL04_005660|LXL04_005660|OH1004|PROTEIN

MDSYTDQSCNSSSNWNDCSTSSGGNGAAETSEVKLASETPKKKAGRKKFRETRHPVYRGVRLRDNGKWVCEVREPNTKFRVWLGTHPTAEMAARAHDVAALAFRGHSACLNFADSVSRLPVPKSNRIQDIQTAAAEAAEAFRQTEEETVPENVETEEVPEVQVYEDEEEIFEVPGFYASMAEGLMVPPPQMVVGDDNGYNMEYRDDESIWSF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005660`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005660

位置 Chr01:170546923-170547561 (+)

描述 Similar to DREB1C: Dehydration-responsive element-binding protein 1C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g25470`	特异性结合 DNA 序列 5'-[AG]CCGAC-3' 的转录激活剂。	Genetic and molecular analyses of natural variation indicate CBF2 as a candidate gene for underlying a freezing tolerance quantitative trait locus in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.068510
`At5g51990`	特异性结合 DNA 序列 5'-[AG]CCGAC-3' 的转录激活剂。	Transcription factor CBF4 is a regulator of drought adaptation in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.006478
`At4g25480`	特异性结合 DNA 序列 5'-[AG]CCGAC-3' 的转录激活剂。	DNA-binding specificity of the ERF/AP2 domain of Arabidopsis DREBs, transcription factors involved in dehydration- and cold-inducible gene expression.2002 · DOI: 10.1006/bbrc.2001.6299 Genetic and molecular analyses of natural variation indicate CBF2 as a candidate gene for underlying a freezing tolerance quantitative trait locus in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.068510
`At4g25490`	特异性结合 DNA 序列 5'-[AG]CCGAC-3' 的转录激活剂。	Genetic and molecular analyses of natural variation indicate CBF2 as a candidate gene for underlying a freezing tolerance quantitative trait locus in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.068510
`At1g63030`	特异性结合 DNA 序列 5'-[AG]CCGAC-3' 的转录激活剂。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005660 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010371 regulation of gibberellin biosynthetic process 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048510 regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63030

ath:AT4G25470

ath:AT4G25480

ath:AT4G25490

ath:AT5G51990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.943

排名 1 · LXL04_005660 · OH-1004

细胞质0.127

排名 2 · LXL04_005660 · OH-1004

细胞膜0.037

排名 3 · LXL04_005660 · OH-1004

内质网0.030

排名 4 · LXL04_005660 · OH-1004

质体0.017

排名 5 · LXL04_005660 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847.27AP255-106 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005660	`PF00847.27`	AP2	55	106	2e-13	51.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYS6`	拟南芥	Dehydration-responsive element-binding protein 1C	51.220%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FJ93`	拟南芥	Dehydration-responsive element-binding protein 1D	52.736%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M0L0`	拟南芥	Dehydration-responsive element-binding protein 1A	54.245%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P93835`	拟南芥	Dehydration-responsive element-binding protein 1B	56.316%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SGJ6`	拟南芥	Dehydration-responsive element-binding protein 1E	50.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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