LXL04_005624 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005624

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 169438256-169441670 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1602 bp · LXL04_005624|LXL04_005624|OH1004|cDNA

ATGGGTTTGGGTTTCAGGCTTAATTTGAAATGGGGACTCTCACTTCAACCTCGTCTCTCTTCCAACCATTCATCTTTGCCGTTTTCCACATACGCATCCTTTAAAGGTAAAGATATCAATTATGATTTGGCGAGTGTATCTCTATCAATGGAAAGTGAGATTTCTTACAGTGATCCCATTAACGGAAGTACATGTTCTTCCGCTTCTCGAATCTTGGACATTGATTACTCGGAATCCCGTAAAATAAAGAATGTGGCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1602 bp · LXL04_005624|LXL04_005624|OH1004|CDS

ATGGGTTTGGGTTTCAGGCTTAATTTGAAATGGGGACTCTCACTTCAACCTCGTCTCTCTTCCAACCATTCATCTTTGCCGTTTTCCACATACGCATCCTTTAAAGGTAAAGATATCAATTATGATTTGGCGAGTGTATCTCTATCAATGGAAAGTGAGATTTCTTACAGTGATCCCATTAACGGAAGTACATGTTCTTCCGCTTCTCGAATCTTGGACATTGATTACTCGGAATCCCGTAAAATAAAGAATGTGGCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

533 aa · LXL04_005624|LXL04_005624|OH1004|PROTEIN

MGLGFRLNLKWGLSLQPRLSSNHSSLPFSTYASFKGKDINYDLASVSLSMESEISYSDPINGSTCSSASRILDIDYSESRKIKNVANLLRDDKLTFLTSLQANKISQYRLLLQNLVALEDTFADSDVVTLEQDILDHLQKLGALKILHTSFSQIPKCPFSTNSIVTKKTAKPVVPSSRKVKRKSQRERTSRKADDDAGLVAFQIHSQPIIDRNNSRRVKFSSKRLSKSRSGKVKITRNEAELSRGVKMVADLERIRTMLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005624`
TK1151 ID	TkA01G028970
OH-1004 ID	LXL04_005624
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.594 / OH-1004 98.687 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005624

位置 Chr01:169438256-169441670 (-)

描述 Similar to SIGC: RNA polymerase sigma factor sigC

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53920`	Sigma 因子是促进质体编码的 RNA 聚合酶附着到特定起始位点然后释放的起始因子。	Characterization of Arabidopsis plastid sigma-like transcription factors SIG1, SIG2 and SIG3.2003 · DOI: 10.1023/a:1022095017355
`At1g08540`	通过在光照条件下协调核基因组和叶绿体基因组，促进质体向叶绿体的转变所必需。	暂无已核实直接文献
`At2g36990`	Sigma 因子是促进质体编码的 RNA 聚合酶附着到特定起始位点然后释放的起始因子。	A nuclear-encoded sigma factor, Arabidopsis SIG6, recognizes sigma-70 type chloroplast promoters and regulates early chloroplast development in cotyledons.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02362.x Characterization of soldat8, a suppressor of singlet oxygen-induced cell death in Arabidopsis seedlings.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp036 Interaction of the pentatricopeptide-repeat protein DELAYED GREENING 1 with sigma factor SIG6 in the regulation of chloroplast gene expression in Arabidopsis cotyledons.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04304.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005624 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006399 tRNA metabolic process 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0071482 cellular response to light stimulus 生物过程

GO:0071483 cellular response to blue light 生物过程

GO:0090351 seedling development 生物过程

GO:2001141 regulation of RNA biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ana:all5263

ath:AT1G08540

ath:AT2G36990

ath:AT3G53920

syf:Synpcc7942_0649

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.713

排名 1 · LXL04_005624 · OH-1004

线粒体0.155

排名 2 · LXL04_005624 · OH-1004

细胞核0.100

排名 3 · LXL04_005624 · OH-1004

细胞质0.023

排名 4 · LXL04_005624 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_005624 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04542.21Sigma70_r2298-366 aa

PF04539.23Sigma70_r3377-451 aa

PF04545.23Sigma70_r4466-517 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005624	`PF04542.21`	Sigma70_r2	298	366	3.5e-15	56.2
LXL04_005624	`PF04539.23`	Sigma70_r3	377	451	4.1e-06	27.5
LXL04_005624	`PF04545.23`	Sigma70_r4	466	517	7.6e-16	58.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O24621`	拟南芥	RNA polymerase sigma factor sigC	44.064%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O22056`	拟南芥	RNA polymerase sigma factor sigB	36.390%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LD95`	拟南芥	RNA polymerase sigma factor sigF, chloroplastic	30.460%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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