LXL04_005554 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005554

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 168346593-168352633 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2643 bp · LXL04_005554|LXL04_005554|OH1004|cDNA

ATGAGCGGCCACGATTCAAAGTACTTCTCCACAACTAAGAAAGGAGAAATCCCTGAGCTCAAAGAGGAGCTCAATTCTCAGTATAAGGATAAGAGAAAAGATGCTGTTAAGAAGACAATTGCAGCCATGACAGTTGGCAAGGACGTATCATCACTTTTCACAGATGTTTTAAACTGTATGCAGACCGAGAACTTGGAGCTCAAAAAGCTTGTTTACTTATATCTCATCAATTATGCCAAAAGTCAACCTGACCTCGCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2643 bp · LXL04_005554|LXL04_005554|OH1004|CDS

ATGAGCGGCCACGATTCAAAGTACTTCTCCACAACTAAGAAAGGAGAAATCCCTGAGCTCAAAGAGGAGCTCAATTCTCAGTATAAGGATAAGAGAAAAGATGCTGTTAAGAAGACAATTGCAGCCATGACAGTTGGCAAGGACGTATCATCACTTTTCACAGATGTTTTAAACTGTATGCAGACCGAGAACTTGGAGCTCAAAAAGCTTGTTTACTTATATCTCATCAATTATGCCAAAAGTCAACCTGACCTCGCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

880 aa · LXL04_005554|LXL04_005554|OH1004|PROTEIN

MSGHDSKYFSTTKKGEIPELKEELNSQYKDKRKDAVKKTIAAMTVGKDVSSLFTDVLNCMQTENLELKKLVYLYLINYAKSQPDLAILAVNTFVKDTQDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCDPLQRCLKDDDPYVRKTAAICVAKLYDINAELVEDRRFLDGLKDLISDNNPMVVANAIAALAEIQDNSSTPVFEITTSTLSKLLTALNECTEWGQVFILDALSKYKSADAREAENIVERITPRLQHANCAVVLSA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005554`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005554

位置 Chr01:168346593-168352633 (+)

描述 Similar to BETAC-AD: Beta-adaptin-like protein C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g23460`	网格蛋白相关衔接蛋白复合物的亚基，参与晚期高尔基体／反式高尔基网络（TGN）和／或内体中的蛋白质分选。	暂无已核实直接文献
`At4g11380`	网格蛋白相关衔接蛋白复合物的亚基，参与晚期高尔基体／反式高尔基网络（TGN）和／或内体中的蛋白质分选。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005554 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007368 determination of left/right symmetry 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0048268 clathrin coat assembly 生物过程

GO:0060155 platelet dense granule organization 生物过程

GO:0110010 basolateral protein secretion 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G11380

ath:AT4G23460

hsa:162

mmu:11764

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.550

排名 1 · LXL04_005554 · OH-1004

高尔基体0.367

排名 2 · LXL04_005554 · OH-1004

细胞核0.163

排名 3 · LXL04_005554 · OH-1004

溶酶体／液泡0.159

排名 4 · LXL04_005554 · OH-1004

细胞膜0.141

排名 5 · LXL04_005554 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01602.27Adaptin_N14-534 aa

PF20168.5PDS517-192 aa

PF13646.13HEAT_298-152 aa

PF12717.14Cnd1103-266 aa

PF02883.27Alpha_adaptinC2661-758 aa

PF09066.16B2-adapt-app_C770-878 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005554	`PF01602.27`	Adaptin_N	14	534	2.8e-167	558.2
LXL04_005554	`PF20168.5`	PDS5	17	192	1.1e-06	27.6
LXL04_005554	`PF13646.13`	HEAT_2	98	152	1.4e-15	58.1
LXL04_005554	`PF12717.14`	Cnd1	103	266	1.2e-65	221.3
LXL04_005554	`PF02883.27`	Alpha_adaptinC2	661	758	8.1e-07	30.0
LXL04_005554	`PF09066.16`	B2-adapt-app_C	770	878	6.1e-31	107.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81742`	拟南芥	Beta-adaptin-like protein C	81.544%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SUS3`	拟南芥	Beta-adaptin-like protein B	81.849%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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