LXL04_005440 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005440

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 163903504-163908580 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2247 bp · LXL04_005440|LXL04_005440|OH1004|cDNA

atgaaaTCCAATTTACCAGCTATgaaacaagttaccggcactttaggatgcgcgtgtcaaaatgagccgaTAACACTGGACAATATGCATTTCAAAGAGCACTGTTCGTTGCTGCTAAAAGTCCGAAAACCTTCAATCCCTTTTCTTTTCAACACAAGCACGAGTCTCAATCCACAGATTCACCAAGACCCAAAAACAGAGTTGAGAGAATCCGATGTCTTGAAGAGATTGAATCAAGAAAAAGATATTACTTCAGCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2247 bp · LXL04_005440|LXL04_005440|OH1004|CDS

ATGAAATCCAATTTACCAGCTATGAAACAAGTTACCGGCACTTTAGGATGCGCGTGTCAAAATGAGCCGATAACACTGGACAATATGCATTTCAAAGAGCACTGTTCGTTGCTGCTAAAAGTCCGAAAACCTTCAATCCCTTTTCTTTTCAACACAAGCACGAGTCTCAATCCACAGATTCACCAAGACCCAAAAACAGAGTTGAGAGAATCCGATGTCTTGAAGAGATTGAATCAAGAAAAAGATATTACTTCAGCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

748 aa · LXL04_005440|LXL04_005440|OH1004|PROTEIN

MKSNLPAMKQVTGTLGCACQNEPITLDNMHFKEHCSLLLKVRKPSIPFLFNTSTSLNPQIHQDPKTELRESDVLKRLNQEKDITSALEYFKFISNSRSFKHTTLTYQTIIEKLGYEYDVNEVQYLLQQMKLEGINCSEDLFISVINSYRRAGSADQALKTFYRIQDFGCKPTVKIYNHLLDALLNENKFHLINPIYSNMKRDGMEPDKYTYNILLKALCKNNRIDSAHKVLVEMSKKGCPPDEVSYTTIVSSMCNLGKVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005440`
TK1151 ID	TkA01G050430
OH-1004 ID	LXL04_005440
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 79.573 / OH-1004 69.786 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005440

位置 Chr01:163903504-163908580 (+)

描述 Similar to At3g48810: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g48810

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g48810`	含有五聚重复序列的蛋白 At3g48810。	暂无已核实直接文献
`At5g64320`	含五螺旋肽重复的蛋白 At5g64320，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g74580`	推定含五复肽重复的蛋白 At1g74580。	暂无已核实直接文献
`At3g09060`	含五肽重复序列的蛋白 At3g09060。	暂无已核实直接文献
`At1g12300`	含五螺旋肽重复的蛋白 At1g12300，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005440 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0032543 mitochondrial translation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G48810

ath:AT5G64320

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.846

排名 1 · LXL04_005440 · OH-1004

质体0.103

排名 2 · LXL04_005440 · OH-1004

细胞核0.043

排名 3 · LXL04_005440 · OH-1004

细胞质0.036

排名 4 · LXL04_005440 · OH-1004

细胞膜0.015

排名 5 · LXL04_005440 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long61-216 aa

PF29070.1MSC6_N84-231 aa

PF13812.13PPR_3125-183 aa

PF13041.13PPR_2171-220 aa

PF13812.13PPR_3195-251 aa

PF29070.1MSC6_N195-267 aa

PF12854.14PPR_1202-235 aa

PF01535.27PPR209-239 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005440	`PF17177.11`	PPR_long	61	216	8.3e-39	133.9
LXL04_005440	`PF29070.1`	MSC6_N	84	231	2.2e-38	133.1
LXL04_005440	`PF13812.13`	PPR_3	125	183	1.9e-66	220.8
LXL04_005440	`PF13041.13`	PPR_2	171	220	7e-138	449.4
LXL04_005440	`PF13812.13`	PPR_3	195	251	1.9e-66	220.8
LXL04_005440	`PF29070.1`	MSC6_N	195	267	2.2e-38	133.1
LXL04_005440	`PF12854.14`	PPR_1	202	235	1.2e-112	368.0
LXL04_005440	`PF01535.27`	PPR	209	239	1.3e-87	282.8
LXL04_005440	`PF13041.13`	PPR_2	212	255	7e-138	449.4
LXL04_005440	`PF12854.14`	PPR_1	237	266	1.2e-112	368.0
LXL04_005440	`PF13041.13`	PPR_2	276	322	7e-138	449.4
LXL04_005440	`PF13812.13`	PPR_3	276	321	1.9e-66	220.8
LXL04_005440	`PF12854.14`	PPR_1	278	303	1.2e-112	368.0
LXL04_005440	`PF01535.27`	PPR	278	306	1.3e-87	282.8
LXL04_005440	`PF17177.11`	PPR_long	278	366	8.3e-39	133.9
LXL04_005440	`PF29070.1`	MSC6_N	288	441	2.2e-38	133.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M302`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g48810	47.981%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FMF6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g64320, mitochondrial	31.046%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CA58`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74580	30.335%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SS81`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09060	28.776%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0WKV3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12300, mitochondrial	29.167%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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