LXL04_005422 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005422

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 163457566-163460688 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1365 bp · LXL04_005422|LXL04_005422|OH1004|cDNA

ATGCCTTTGAAATCGGAAGATCCTATCGCAAACAGGGAGAGAGGAATTCAAAATTCCATTCTTGAAAAACGCTCTCTAGGAGCTGGCCGGAGCAGGTGGTATGAAAATCGGAGAAAAGGAGGAGTCGACGGCTGGAATACTGTCAACATGCGAGCAAGAAAGAATTTGGAAGAACAGGGTGCAAAATGGTCGTTCACAGACGCCACTAACATCTTCATCTCAAACTTACCAGAAGTTTTGGACTCCCAAATGTTGCGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1365 bp · LXL04_005422|LXL04_005422|OH1004|CDS

ATGCCTTTGAAATCGGAAGATCCTATCGCAAACAGGGAGAGAGGAATTCAAAATTCCATTCTTGAAAAACGCTCTCTAGGAGCTGGCCGGAGCAGGTGGTATGAAAATCGGAGAAAAGGAGGAGTCGACGGCTGGAATACTGTCAACATGCGAGCAAGAAAGAATTTGGAAGAACAGGGTGCAAAATGGTCGTTCACAGACGCCACTAACATCTTCATCTCAAACTTACCAGAAGTTTTGGACTCCCAAATGTTGCGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

454 aa · LXL04_005422|LXL04_005422|OH1004|PROTEIN

MPLKSEDPIANRERGIQNSILEKRSLGAGRSRWYENRRKGGVDGWNTVNMRARKNLEEQGAKWSFTDATNIFISNLPEVLDSQMLREKLNSLGTMVDLIIANRRDKHGYKFGFVRYNRVEDLNQFIGRLNRVKINGRNLFAKEASFKRKEKKMTEVNKINGNPRPSRSFINPVVRKGSIYAEAVTGQTGSSKEPISQHPETFRFKTREIKIAIEEGMDRAKDLKSRFIGEAKVAFVFRLEVLLATFVCAVQMARRRRGVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005422`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005422

位置 Chr01:163457566-163460688 (-)

描述 Similar to MAP70.4: Microtubule-associated protein 70-4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g14840`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g01750`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g24764`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0251700`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os02g0736100`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005422 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007010 cytoskeleton organization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0010005 cortical microtubule, transverse to long axis 细胞组分

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14840

ath:AT1G24764

ath:AT2G01750

dosa:Os02g0736100

dosa:Os06g0251700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.359

排名 1 · LXL04_005422 · OH-1004

细胞核0.354

排名 2 · LXL04_005422 · OH-1004

质体0.117

排名 3 · LXL04_005422 · OH-1004

线粒体0.113

排名 4 · LXL04_005422 · OH-1004

细胞膜0.073

排名 5 · LXL04_005422 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_171-139 aa

PF07058.17MAP70348-414 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005422	`PF00076.29`	RRM_1	71	139	1.9e-09	38.0
LXL04_005422	`PF07058.17`	MAP70	348	414	5.5e-24	85.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQU7`	拟南芥	Microtubule-associated protein 70-4	67.416%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZUA3`	拟南芥	Microtubule-associated protein 70-3	61.957%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8L7S4`	拟南芥	Microtubule-associated protein 70-2	80.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q653N3`	水稻	Microtubule-associated protein 70-3	78.788%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6Z746`	水稻	Microtubule-associated protein 70-2	61.957%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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