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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_005416
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 163134407-163141202 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2352 bp · LXL04_005416|LXL04_005416|OH1004|cDNA

ATGGCTGAAGGGATCCAAAGCAATCCCCCTCTTCTTCTCCGACCCTCTCTCTCCATCTCGACGCAACTGGACACGGGAATGGCAGCCGCGTCAGGGTTTCTCCTGGTTCCTTCTATCGATCGACAGAGGAGAGGAAAGTGGAAATGGCGGTCGCTTGGGGTTGTTCTCGCACTAGCTGCAATCGACGGTCGCACTAGCTGCAATCGACGGCGAGAAACCCTTATCAGCTCCGATGCATCACCGGTCTTCATCGCCGGTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2352 bp · LXL04_005416|LXL04_005416|OH1004|CDS

ATGGCTGAAGGGATCCAAAGCAATCCCCCTCTTCTTCTCCGACCCTCTCTCTCCATCTCGACGCAACTGGACACGGGAATGGCAGCCGCGTCAGGGTTTCTCCTGGTTCCTTCTATCGATCGACAGAGGAGAGGAAAGTGGAAATGGCGGTCGCTTGGGGTTGTTCTCGCACTAGCTGCAATCGACGGTCGCACTAGCTGCAATCGACGGCGAGAAACCCTTATCAGCTCCGATGCATCACCGGTCTTCATCGCCGGTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

783 aa · LXL04_005416|LXL04_005416|OH1004|PROTEIN

MAEGIQSNPPLLLRPSLSISTQLDTGMAAASGFLLVPSIDRQRRGKWKWRSLGVVLALAAIDGRTSCNRRRETLISSDASPVFIAGLHRGTSDVNPQVSSLDGWIDGRTDVTGEGGAVAGFDDTASKVRVQRRTGDGDAEDERRCRLSEMIPKYHLNPWICSDASRASACSLPQVISRSIKTSIKKRPTTVCPQIQEDDDDFVDPPQRKKADEENQIDMKEEVKDESADVQSPEDILNVLMAEALSTYIENDRPFLGICL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_005416
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_005416
位置Chr01:163134407-163141202 (+)
描述Similar to RCH2: Receptor-like protein kinase 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g24240 与 RGI2、RGI3、RGI4 和 RGI5 一起，作为 RGF 肽（如 RGF1、GLV5/CLEL1/RGF2、GLV7/CLEL3/RGF3、GLV3/RGF4、GLV10/CLEL7/RGF5 和 RGF10/CLELN）的受体，这些肽激素通过调控转录因子 PLETHORA（PLT，例如 PLT1 和 PLT2）的表达水平和模式来维持胚后根干细胞的生态位。
RGF1 INSENSITIVE 1 to 5, a group of LRR receptor-like kinases, are essential for the perception of root meristem growth factor 1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1038/cr.2016.63
At5g48940 与RGI1、RGI3、RGI4和RGI5一起，作为RGF肽（例如 RGF1、GLV5/CLEL1/RGF2、GLV7/CLEL3/RGF3、GLV3/RGF4、GLV10/CLEL7/RGF5 和 RGF10/CLELN）的受体，这些肽激素通过调控转录因子PLETHORA（PLT，例如PLT1和PLT2）的表达水平和模式，维持胚后根干细胞利基。
RGF1 INSENSITIVE 1 to 5, a group of LRR receptor-like kinases, are essential for the perception of root meristem growth factor 1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1038/cr.2016.63
At4g26900 IGPS 催化 PRFAR 和谷氨酰胺转化为 IGP、AICAR 和谷氨酸。 暂无已核实直接文献
At1g34110 与 RGI1、RGI2、RGI3 和 RGI4 一起，作为 RGF1 的受体，RGF1 是一种通过调节转录因子 PLETHORA (PLT) 的表达水平和模式来维持胚后根干细胞区的肽激素。
RGF1 INSENSITIVE 1 to 5, a group of LRR receptor-like kinases, are essential for the perception of root meristem growth factor 1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1038/cr.2016.63
At5g56040 具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性的受体（通过相似性）。
A novel pollen-pistil interaction conferring high-temperature tolerance during reproduction via CLE45 signaling.2013 · DOI: 10.1016/j.cub.2013.06.060
RGF1 INSENSITIVE 1 to 5, a group of LRR receptor-like kinases, are essential for the perception of root meristem growth factor 1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1038/cr.2016.63
Arabidopsis MAKR5 is a positive effector of BAM3-dependent CLE45 signaling.2016 · DOI: 10.15252/embr.201642450

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005416 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000105 L-histidine biosynthetic process 生物过程
GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程
GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010074 maintenance of meristem identity 生物过程
GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程
GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程
GO:0010449 root meristem growth 生物过程
GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程
GO:2000280 regulation of root development 生物过程
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G34110
ath:AT3G24240
ath:AT4G26900
ath:AT5G48940
ath:AT5G56040
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.344
排名 1 · LXL04_005416 · OH-1004
细胞膜0.314
排名 2 · LXL04_005416 · OH-1004
细胞质0.252
排名 3 · LXL04_005416 · OH-1004
内质网0.152
排名 4 · LXL04_005416 · OH-1004
质体0.093
排名 5 · LXL04_005416 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00117.35GATase241-274 aa
PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr344-435 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_005416PF00117.35GATase2412745.8e-0626.8
LXL04_005416PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr3444353.2e-0627.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LHP4拟南芥LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI163.248%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
C0LGV1拟南芥LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI256.849%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SZ30拟南芥Imidazole glycerol phosphate synthase hisHF, chloroplastic64.912%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
C0LGF5拟南芥LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI548.000%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
F4K6B8拟南芥Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI450.000%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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