LXL04_005408 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005408

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 162858486-162862312 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3345 bp · LXL04_005408|LXL04_005408|OH1004|cDNA

ATAAAAATGGCTTCCGGGAGTAGAACAAGCTCAAGGCTTCATCTCCATAGTAACAACCAAGCGTCGTCTTCAGTGAGCAAAGCCACTGCACAATACACAGTCGATGCAAGATTACACGCTGTTTTCGAACAATCCGGCGGCTCCGGTAAGTCCTTCGATTACTCGCAATCACTTAAGACCACCACACAATCATCAAACCCTGAACAGCAAATCAGTGCGTATTTGTCGAGAATTCAAAGAGGTGGTCACATTCAACCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3339 bp · LXL04_005408|LXL04_005408|OH1004|CDS

ATGGCTTCCGGGAGTAGAACAAGCTCAAGGCTTCATCTCCATAGTAACAACCAAGCGTCGTCTTCAGTGAGCAAAGCCACTGCACAATACACAGTCGATGCAAGATTACACGCTGTTTTCGAACAATCCGGCGGCTCCGGTAAGTCCTTCGATTACTCGCAATCACTTAAGACCACCACACAATCATCAAACCCTGAACAGCAAATCAGTGCGTATTTGTCGAGAATTCAAAGAGGTGGTCACATTCAACCCTTCGGTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1112 aa · LXL04_005408|LXL04_005408|OH1004|PROTEIN

MASGSRTSSRLHLHSNNQASSSVSKATAQYTVDARLHAVFEQSGGSGKSFDYSQSLKTTTQSSNPEQQISAYLSRIQRGGHIQPFGCMIAIDDSTFKVIAFSENARERLGLAPQSVPSIEKPEILTIGTDVKTLFTPSSSPLLDRAFRAREITLLNPVWVQSKVSGKPFYAIMHRIDVGIVIDLEPARAEDPALSIAGAVQSQKLAVRAISNLQALPGGDIKLLCDAVVRNVRELTGYDRVMVYKFHEDEHGEVVAESKR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005408`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_005408`
位置	Chr01:162858486-162862312 (+)
描述	Similar to PHYB: Phytochrome B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005408` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0009584 detection of visible light 生物过程 GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程 GO:0017007 protein-bilin linkage 生物过程 GO:0017009 protein-phycocyanobilin linkage 生物过程 GO:0017012 protein-phytochromobilin linkage 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0000155 phosphorelay sensor kinase activity 分子功能 GO:0009881 photoreceptor activity 分子功能 GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	gmx:100794865 sbi:8081072 sly:101262847 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.455

排名 1 · LXL04_005408 · OH-1004

细胞核0.255

排名 2 · LXL04_005408 · OH-1004

细胞膜0.173

排名 3 · LXL04_005408 · OH-1004

高尔基体0.097

排名 4 · LXL04_005408 · OH-1004

内质网0.097

排名 5 · LXL04_005408 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08446.18PAS_271-187 aa

PF01590.33GAF221-398 aa

PF00360.27PHY411-584 aa

PF00989.32PAS616-731 aa

PF08448.17PAS_4624-734 aa

PF00989.32PAS747-866 aa

PF00512.32HisKA891-944 aa

PF02518.32HATPase_c1000-1108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005408	`PF08446.18`	PAS_2	71	187	6.7e-36	124.0
LXL04_005408	`PF01590.33`	GAF	221	398	3.8e-17	63.8
LXL04_005408	`PF00360.27`	PHY	411	584	1.3e-54	185.0
LXL04_005408	`PF00989.32`	PAS	616	731	7e-46	155.6
LXL04_005408	`PF08448.17`	PAS_4	624	734	3.3e-11	44.1
LXL04_005408	`PF00989.32`	PAS	747	866	7e-46	155.6
LXL04_005408	`PF00512.32`	HisKA	891	944	4.6e-11	43.3
LXL04_005408	`PF02518.32`	HATPase_c	1000	1108	3e-16	60.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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