LXL04_005407 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005407

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 162810684-162814329 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1861 bp · LXL04_005407|LXL04_005407|OH1004|cDNA

CAACTTACATACAGCTAACTTCTGGTGAGCAAAAATGGCGACTGGACAAATCTTCTCCCGTACAACACAAGCATTATTCTACAACTACAAACAGTTACCAATTCAACGGATGCTTGATTTTGACTTCCTTTGTGGGAGAGAAACACCATCAGTTGCTGGAATCATCAACCCTGGTGCAGAGGGATTCCAGAAACTATTTTTCGGTCAAGAGGAAATCGCCATTCCAGTACATTCAACAATCGAAGCAGCTTGTGCTGCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1827 bp · LXL04_005407|LXL04_005407|OH1004|CDS

ATGGCGACTGGACAAATCTTCTCCCGTACAACACAAGCATTATTCTACAACTACAAACAGTTACCAATTCAACGGATGCTTGATTTTGACTTCCTTTGTGGGAGAGAAACACCATCAGTTGCTGGAATCATCAACCCTGGTGCAGAGGGATTCCAGAAACTATTTTTCGGTCAAGAGGAAATCGCCATTCCAGTACATTCAACAATCGAAGCAGCTTGTGCTGCACATCCTACTGCTGATGTATTCATAAACTTTGCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

608 aa · LXL04_005407|LXL04_005407|OH1004|PROTEIN

MATGQIFSRTTQALFYNYKQLPIQRMLDFDFLCGRETPSVAGIINPGAEGFQKLFFGQEEIAIPVHSTIEAACAAHPTADVFINFASFRSAAASSKLALKQPTIRVVAIIAEGVPESDTKELISYARSNNKVVIGPATVGGIQAGAFKIGDTAGTIDNIIQCKLYRPGSVGFVSKSGGMSNELYNTIARVTDGLYEGIAIGGDVFPGSTLSDHVLRFNNIPQIKMIVVLGELGGRDEYSLVEALKSGKISKPVCAWVSGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005407`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005407

位置 Chr01:162810684-162814329 (+)

描述 Similar to ACLB-1: ATP-citrate synthase beta chain protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49460`	ATP 柠檬酸裂解酶是负责合成胞质乙酰辅酶A的主要酶，用于脂肪酸的延伸以及类异戊二烯、类黄酮和丙二酸衍生物的生物合成。	Molecular characterization of a heteromeric ATP-citrate lyase that generates cytosolic acetyl-coenzyme A in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1104/pp.008110
`At3g06650`	ATP 柠檬酸裂解酶是负责合成胞质乙酰辅酶A的主要酶，用于脂肪酸的延伸以及类异戊二烯、类黄酮和丙二酸衍生物的生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0300200`	ATP 柠檬酸裂解酶是负责合成胞质乙酰辅酶A的主要酶，用于脂肪酸的延伸以及类异戊二烯、类黄酮和丙二酸衍生物的生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005407 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006085 acetyl-CoA biosynthetic process 生物过程

GO:0006101 citrate metabolic process 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0045335 phagocytic vesicle 细胞组分

GO:0140615 ATP-dependent citrate lyase complex 细胞组分

GO:0003878 ATP citrate synthase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016829 lyase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06650

ath:AT5G49460

ddi:DDB_G0278345

dosa:Os01g0300200

spo:2539879

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.486

排名 1 · LXL04_005407 · OH-1004

线粒体0.250

排名 2 · LXL04_005407 · OH-1004

过氧化物酶体0.214

排名 3 · LXL04_005407 · OH-1004

细胞核0.129

排名 4 · LXL04_005407 · OH-1004

细胞膜0.055

排名 5 · LXL04_005407 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00549.25Ligase_CoA173-298 aa

PF00285.27Citrate_synt401-597 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005407	`PF00549.25`	Ligase_CoA	173	298	6.5e-18	65.9
LXL04_005407	`PF00285.27`	Citrate_synt	401	597	6.9e-20	72.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGX1`	拟南芥	ATP-citrate synthase beta chain protein 2	90.789%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C522`	拟南芥	ATP-citrate synthase beta chain protein 1	90.132%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93VT8`	水稻	ATP-citrate synthase beta chain protein 1	90.789%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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