LXL04_005401 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005401

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 162651749-162658669 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1581 bp · LXL04_005401|LXL04_005401|OH1004|cDNA

ATGGAGAACATGGTAAAGTTTGGTCCCAAGCAATTGAGAGGAACAATTTGGGACGAGGGTGGCAAGACtaaaattttgcaaatcttAATTTCACATGAAGAATATGCCATCCATTCGATCCAGTTTGTATATGTTGTGGATGGGCAAGTGGTTCGTTCAAACATTCATGGAGAACCCAACGGTTTAAAAATTGATGTCGTGACGTTTGATCATCCGAGGGAGTATTTAGTTTCCGTAAGTGGTCAGTATTGGGATGATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1581 bp · LXL04_005401|LXL04_005401|OH1004|CDS

ATGGAGAACATGGTAAAGTTTGGTCCCAAGCAATTGAGAGGAACAATTTGGGACGAGGGTGGCAAGACTAAAATTTTGCAAATCTTAATTTCACATGAAGAATATGCCATCCATTCGATCCAGTTTGTATATGTTGTGGATGGGCAAGTGGTTCGTTCAAACATTCATGGAGAACCCAACGGTTTAAAAATTGATGTCGTGACGTTTGATCATCCGAGGGAGTATTTAGTTTCCGTAAGTGGTCAGTATTGGGATGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

526 aa · LXL04_005401|LXL04_005401|OH1004|PROTEIN

MENMVKFGPKQLRGTIWDEGGKTKILQILISHEEYAIHSIQFVYVVDGQVVRSNIHGEPNGLKIDVVTFDHPREYLVSVSGQYWDDKFGTNNGKYGPYGTHKDVYFYSKFVYNFGPRSSFGGFHGTVDKSCVYAIGVYVKPIVSLSETEADTAGKLKTFKPLGRSFMFLGRIPSHVGDKRRSEFNSIILTDTQSKFNYLFHRIYYLSNRFVAVAIHLWFQNSNLNHHLLCQMEDNQKFSPVSMELEGSIWDEGGNTDIVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005401`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005401

位置 Chr01:162651749-162658669 (+)

描述 Similar to RTM1: Inactive protein RESTRICTED TEV MOVEMENT 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: D9UBG0`	在不引起过敏反应或不诱导系统性获得性抗性的情况下，无法介导病原烟草刻蚀病毒(TEV)的长距离运动限制。	暂无已核实直接文献
`At1g05760`	需要限制烟草花叶病毒（TEV）的长距离传播，而不引起高敏反应或诱导系统获得性抗性。	Cloning of the Arabidopsis RTM1 gene, which controls restriction of long-distance movement of tobacco etch virus.2000 · DOI: 10.1073/pnas.97.1.489 Arabidopsis RTM2 gene is necessary for specific restriction of tobacco etch virus and encodes an unusual small heat shock-like protein.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.4.569 Identification and characterization of a locus (RTM1) that restricts long-distance movement of tobacco etch virus in Arabidopsis thaliana.1998 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1998.00105.x
`UniProt: D9UBI3`	在不引起过敏反应或不诱导系统性获得性抗性的情况下，无法介导病原烟草刻蚀病毒(TEV)的长距离运动限制。	暂无已核实直接文献
`At1g05770`	甘露素凝集素相关蛋白2。	暂无已核实直接文献
`At1g60130`	与杰卡林相关的凝集素 18。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005401 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0046741 transport of virus in host, tissue to tissue 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.609

排名 1 · LXL04_005401 · OH-1004

细胞核0.250

排名 2 · LXL04_005401 · OH-1004

细胞外0.098

排名 3 · LXL04_005401 · OH-1004

细胞膜0.090

排名 4 · LXL04_005401 · OH-1004

溶酶体／液泡0.082

排名 5 · LXL04_005401 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01419.23Jacalin13-138 aa

PF01419.23Jacalin246-372 aa

PF01419.23Jacalin399-511 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005401	`PF01419.23`	Jacalin	13	138	4.9e-58	196.1
LXL04_005401	`PF01419.23`	Jacalin	246	372	4.9e-58	196.1
LXL04_005401	`PF01419.23`	Jacalin	399	511	4.9e-58	196.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`D9UBG0`	拟南芥	Inactive protein RESTRICTED TEV MOVEMENT 1	37.975%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SE37`	拟南芥	Protein RESTRICTED TEV MOVEMENT 1	37.975%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`D9UBI3`	拟南芥	Inactive protein RESTRICTED TEV MOVEMENT 1	39.189%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9MA49`	拟南芥	Jacalin-related lectin 2	31.515%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O80737`	拟南芥	Jacalin-related lectin 18	27.974%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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