LXL04_005334 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005334

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 160677342-160682656 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1371 bp · LXL04_005334|LXL04_005334|OH1004|cDNA

ATGGCGTTTCATCCAAACCATCTCCAACAACAGATGGCTCTACAGCAACATTTCTCAGAAACCGACAACAATTCCGTCCTCCGGACAATTCTCCCAGACCATCATCATCTCGGCGGCGTCGCCGGTCactcttctccttcttctcgtTCCGACGGGAAAGACCATTGGCTCAATAGCGCGATTCTCCGGCAACAGGGCCAGTACACCGGCGACGGTAATAATAACTTCCTGAACTTGCAAACCAACAATAATTCGGATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1371 bp · LXL04_005334|LXL04_005334|OH1004|CDS

ATGGCGTTTCATCCAAACCATCTCCAACAACAGATGGCTCTACAGCAACATTTCTCAGAAACCGACAACAATTCCGTCCTCCGGACAATTCTCCCAGACCATCATCATCTCGGCGGCGTCGCCGGTCACTCTTCTCCTTCTTCTCGTTCCGACGGGAAAGACCATTGGCTCAATAGCGCGATTCTCCGGCAACAGGGCCAGTACACCGGCGACGGTAATAATAACTTCCTGAACTTGCAAACCAACAATAATTCGGATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

456 aa · LXL04_005334|LXL04_005334|OH1004|PROTEIN

MAFHPNHLQQQMALQQHFSETDNNSVLRTILPDHHHLGGVAGHSSPSSRSDGKDHWLNSAILRQQGQYTGDGNNNFLNLQTNNNSDSPVSTSSQHHPHAGNNNQWLSRSMLQRNVSDVGGDDIVTQVSNDSIIAAMSSHDSPDLNNQSRNIIAGQVDNNGGGDSEDGGGELNWQNARYKAEVLSHPLYEQLLSAHVSCLRIATPVDQLPRIDAQLAQSQRVVSKYSGLEGHTNLGDDKDLDQFMTHYVLLLCSFKEQLQQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005334`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005334

位置 Chr01:160677342-160682656 (-)

描述 Similar to KNAT3: Homeobox protein knotted-1-like 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g25220`	同源盒蛋白 knotted-1 样蛋白 3。	暂无已核实直接文献
`At5g11060`	同源盒蛋白 knotted-1 样蛋白 4。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0292900`	同工型 3 作为转录激活剂，但同工型 1 和 2 则不然。	Alternative RNA products from a rice homeobox gene.1995 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1995.07060927.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005334 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009722 detection of cytokinin stimulus 生物过程

GO:0071345 cellular response to cytokine stimulus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G11060

ath:AT5G25220

dosa:Os08g0292900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.969

排名 1 · LXL04_005334 · OH-1004

细胞质0.103

排名 2 · LXL04_005334 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 3 · LXL04_005334 · OH-1004

内质网0.013

排名 4 · LXL04_005334 · OH-1004

线粒体0.009

排名 5 · LXL04_005334 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03790.19KNOX1178-219 aa

PF03791.19KNOX2234-284 aa

PF03789.19ELK340-361 aa

PF05920.18Homeobox_KN380-419 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005334	`PF03790.19`	KNOX1	178	219	2.8e-18	66.1
LXL04_005334	`PF03791.19`	KNOX2	234	284	1.1e-18	67.2
LXL04_005334	`PF03789.19`	ELK	340	361	9.4e-07	29.3
LXL04_005334	`PF05920.18`	Homeobox_KN	380	419	4.4e-19	68.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P48000`	拟南芥	Homeobox protein knotted-1-like 3	64.488%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P48001`	拟南芥	Homeobox protein knotted-1-like 4	70.604%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0J6N4`	水稻	Homeobox protein knotted-1-like 13	84.586%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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