LXL04_005177 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005177

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 157199416-157202681 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1779 bp · LXL04_005177|LXL04_005177|OH1004|cDNA

ATGACTCCAGTATCACCGGTAATGAAAATGTCCGATAATCATCTACCTTTCCACATTCAAGAGGAAATCATGAAAAGACTTCCCGTGAAATCATTGGTTCAGTTCAGATCCGTCTCAAAATCATGGAAGTCATTGATCGACAGAGTTTATCGCTGCTCACACTCTCCGCCGCCGTACTCAGCCGCAACATCTACTTCTATGGGAAATGGCATCCGTCCAACAATCTTCCAACCGCACCAATTCATGGATGGTCCTCGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1779 bp · LXL04_005177|LXL04_005177|OH1004|CDS

ATGACTCCAGTATCACCGGTAATGAAAATGTCCGATAATCATCTACCTTTCCACATTCAAGAGGAAATCATGAAAAGACTTCCCGTGAAATCATTGGTTCAGTTCAGATCCGTCTCAAAATCATGGAAGTCATTGATCGACAGAGTTTATCGCTGCTCACACTCTCCGCCGCCGTACTCAGCCGCAACATCTACTTCTATGGGAAATGGCATCCGTCCAACAATCTTCCAACCGCACCAATTCATGGATGGTCCTCGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

592 aa · LXL04_005177|LXL04_005177|OH1004|PROTEIN

MTPVSPVMKMSDNHLPFHIQEEIMKRLPVKSLVQFRSVSKSWKSLIDRVYRCSHSPPPYSAATSTSMGNGIRPTIFQPHQFMDGPRLLPTDLPDRFRTEPRKYISISKIGESLAVIETTFRDTCTEVWMMEDGVELFKKVFSIEDPSNMIVGFRRNGVPIMGVTNDDNEPCACVVYEPNSEHDNVLEMAPSPYSVRFLQSAADFDSNFYSTRLIDPGIHRCVFTAANCCCSAAPASPVIKMSENHIPSHIQEEIMKRLPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005177`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005177

位置 Chr01:157199416-157202681 (+)

描述 Similar to At1g47790: Putative F-box protein At1g47790

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g47790`	推测的F-box蛋白 At1g47790。	暂无已核实直接文献
`At1g47730`	推定F-box蛋白 At1g47730。	暂无已核实直接文献
`At2g17310`	负向调节一种与水杨酸（SA）和系统获得性抗性（SAR）无关的植物防御信号通路。	Arabidopsis SON1 is an F-box protein that regulates a novel induced defense response independent of both salicylic acid and systemic acquired resistance.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001867
`At3g23880`	F-box/kelch重复蛋白At3g23880。	暂无已核实直接文献
`At1g50870`	推测的 F-box 蛋白 At1g50870。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005177 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G47730

ath:AT1G47790

ath:AT1G50870

ath:AT2G17310

ath:AT3G23880

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.625

排名 1 · LXL04_005177 · OH-1004

细胞核0.398

排名 2 · LXL04_005177 · OH-1004

细胞膜0.101

排名 3 · LXL04_005177 · OH-1004

内质网0.074

排名 4 · LXL04_005177 · OH-1004

细胞外0.056

排名 5 · LXL04_005177 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937.13F-box-like13-50 aa

PF00646.39F-box14-51 aa

PF00646.39F-box245-282 aa

PF12937.13F-box-like245-279 aa

PF07734.19FBA_1334-521 aa

PF08268.18FBA_3337-512 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005177	`PF12937.13`	F-box-like	13	50	2.3e-12	47.2
LXL04_005177	`PF00646.39`	F-box	14	51	2.2e-23	81.9
LXL04_005177	`PF00646.39`	F-box	245	282	2.2e-23	81.9
LXL04_005177	`PF12937.13`	F-box-like	245	279	2.3e-12	47.2
LXL04_005177	`PF07734.19`	FBA_1	334	521	1.9e-13	50.9
LXL04_005177	`PF08268.18`	FBA_3	337	512	1.5e-11	44.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZF8`	拟南芥	Putative F-box protein At1g47790	24.823%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SXA0`	拟南芥	Putative F-box protein At1g47730	25.260%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LL17`	拟南芥	Protein SUPPRESSOR OF NIM1 1	24.859%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LIR8`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At3g23880	25.402%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C6J3`	拟南芥	Putative F-box protein At1g50870	26.971%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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