LXL04_005094 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005094

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 154400705-154420995 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

9102 bp · LXL04_005094|LXL04_005094|OH1004|cDNA

ATGGCATCAAGTTCTGGAAACTCGCTTCCTGCTCCCGAGGCGATTCAGGTTCTGGTTTCATCGCTCGCTGATGAATCCCCAATGGTTAAGCAAGCGTCCATGGCGTCTCTTAAAGCCCTCGCTCCTTTGAACCCACTTTTAGTTCTTGATTGTTGCTTAACGGTATCTCGAGGCGGCCGTCGGAGGTTTGGGAATATTGCTGGTGTATTTCAAGTAATGTCGATTGCAATTAGTGCCCTTGAAGAAGGGGAAGTAGACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

9102 bp · LXL04_005094|LXL04_005094|OH1004|CDS

ATGGCATCAAGTTCTGGAAACTCGCTTCCTGCTCCCGAGGCGATTCAGGTTCTGGTTTCATCGCTCGCTGATGAATCCCCAATGGTTAAGCAAGCGTCCATGGCGTCTCTTAAAGCCCTCGCTCCTTTGAACCCACTTTTAGTTCTTGATTGTTGCTTAACGGTATCTCGAGGCGGCCGTCGGAGGTTTGGGAATATTGCTGGTGTATTTCAAGTAATGTCGATTGCAATTAGTGCCCTTGAAGAAGGGGAAGTAGACAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3033 aa · LXL04_005094|LXL04_005094|OH1004|PROTEIN

MASSSGNSLPAPEAIQVLVSSLADESPMVKQASMASLKALAPLNPLLVLDCCLTVSRGGRRRFGNIAGVFQVMSIAISALEEGEVDTSYMTKLAKLATAEIISSKEIKADWQRAASSLLVAIGSHLPDLMMEELFLHLSAQNTALPAMVQILADFATSDALQFTPRLKGVLSRVLPILGNVKDQHRPIFANAFRCWCQACWQYSVEYPLSSILDSDVMSFLNSAFELLLQNWATSRDLKVRTSAVEALGQLVGLVTRTLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005094`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005094

位置 Chr01:154400705-154420995 (-)

描述 Similar to SGR6: Protein SHOOT GRAVITROPISM 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g36810`	在淀粉体沉降过程中，调节内皮层等重力感知细胞的液泡膜（VM）动态，参与花序茎的向地性。	A unique HEAT repeat-containing protein SHOOT GRAVITROPISM6 is involved in vacuolar membrane dynamics in gravity-sensing cells of Arabidopsis inflorescence stem.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu020 Mutations in the SGR4, SGR5 and SGR6 loci of Arabidopsis thaliana alter the shoot gravitropism.1997 · DOI: 10.1093/oxfordjournals.pcp.a029201

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005094 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0009660 amyloplast organization 生物过程

GO:0009959 negative gravitropism 生物过程

GO:0016134 saponin metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0035251 UDP-glucosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AFN26667

ath:AT2G36810

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.573

排名 1 · LXL04_005094 · OH-1004

细胞核0.278

排名 2 · LXL04_005094 · OH-1004

细胞膜0.117

排名 3 · LXL04_005094 · OH-1004

高尔基体0.113

排名 4 · LXL04_005094 · OH-1004

内质网0.098

排名 5 · LXL04_005094 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23221.2HEAT_MROH2B_1st44-251 aa

PF23210.2HEAT_Maestro_2260-908 aa

PF21047.4HEAT_Maestro1026-1200 aa

PF26767.1HEAT_SGR61238-1416 aa

PF24714.2TOR1L1_N1400-1578 aa

PF13513.13HEAT_EZ1401-1452 aa

PF25786.1HEAT_GCN1_C1401-1502 aa

PF12717.14Cnd11422-1513 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005094	`PF23221.2`	HEAT_MROH2B_1st	44	251	4.8e-33	115.4
LXL04_005094	`PF23210.2`	HEAT_Maestro_2	260	908	4.9e-94	316.6
LXL04_005094	`PF21047.4`	HEAT_Maestro	1026	1200	2.6e-07	31.5
LXL04_005094	`PF26767.1`	HEAT_SGR6	1238	1416	3.1e-82	275.5
LXL04_005094	`PF24714.2`	TOR1L1_N	1400	1578	1e-10	42.1
LXL04_005094	`PF13513.13`	HEAT_EZ	1401	1452	3.2e-11	44.2
LXL04_005094	`PF25786.1`	HEAT_GCN1_C	1401	1502	5.5e-11	43.4
LXL04_005094	`PF12717.14`	Cnd1	1422	1513	1.1e-08	36.1
LXL04_005094	`PF23227.2`	HEAT_MROH2B_C	1428	1695	2.8e-70	237.5
LXL04_005094	`PF26168.1`	Glyco_transf_N	1745	1988	1.9e-13	51.5
LXL04_005094	`PF00201.25`	UDPGT	2023	2136	1.5e-34	120.4
LXL04_005094	`PF23227.2`	HEAT_MROH2B_C	2364	2555	2.8e-70	237.5
LXL04_005094	`PF26168.1`	Glyco_transf_N	2551	2794	1.9e-13	51.5
LXL04_005094	`PF00201.25`	UDPGT	2829	2942	1.5e-34	120.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IP13`	拟南芥	Protein SHOOT GRAVITROPISM 6	68.460%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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