LXL04_004971 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004971

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 151231406-151232577 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1080 bp · LXL04_004971|LXL04_004971|OH1004|cDNA

ATGGGTAACGTTGGAAGTAATAGTTCTAACGGCCGGAGGAGGCACGGCGGCGGAAGCGGCAGGCGGGGTAGTCATCATACTCACCACCACCAGCAACAGCCGCAGCCGGAAATCCCCAATCGATACGTATACGCCGCCGCAACAGCTTACACTTCCCAATACCCTAACCCTCCTCCTCCATCTCACCCACCCTATTACCAGTACCCAACCGGAGCATTCTACCCACCACCACCACTTCCAGCTGCGCCGTTGCCTCCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1080 bp · LXL04_004971|LXL04_004971|OH1004|CDS

ATGGGTAACGTTGGAAGTAATAGTTCTAACGGCCGGAGGAGGCACGGCGGCGGAAGCGGCAGGCGGGGTAGTCATCATACTCACCACCACCAGCAACAGCCGCAGCCGGAAATCCCCAATCGATACGTATACGCCGCCGCAACAGCTTACACTTCCCAATACCCTAACCCTCCTCCTCCATCTCACCCACCCTATTACCAGTACCCAACCGGAGCATTCTACCCACCACCACCACTTCCAGCTGCGCCGTTGCCTCCACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

359 aa · LXL04_004971|LXL04_004971|OH1004|PROTEIN

MGNVGSNSSNGRRRHGGGSGRRGSHHTHHHQQQPQPEIPNRYVYAAATAYTSQYPNPPPPSHPPYYQYPTGAFYPPPPLPAAPLPPPHNHRIPMETAAGWVGGRYPCTPVMHLPTPYIDHQKAVTIRNDVNLKKETLKIEADEENPGKFLVSFTFDSTVPCSITLYFFAEEGEDCNLKTTKEDSLPPLTVTFEQGLGQKFRQKPGTGIELATYKHTELSEHESTVYPLAVKAEATLTDRNHDSGVTNSQITDAVFENNKG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004971`
TK1151 ID	TkA01G092770
OH-1004 ID	LXL04_004971
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004971

位置 Chr01:151231406-151232577 (-)

描述 Similar to LOG2: Probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g09770`	在体外作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合物的组分，从特定E2泛素结合酶接受泛素，并将其转移至底物。	暂无已核实直接文献
`At5g03200`	在体外作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合物的组分，从特定E2泛素结合酶接受泛素，并将其转移至底物。	暂无已核实直接文献
`At3g53410`	在体外作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合物的组分，从特定E2泛素结合酶接受泛素，并将其转移至底物。	暂无已核实直接文献
`At5g19080`	在体外作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合物的组分，从特定E2泛素结合酶接受泛素，并将其转移至底物。	暂无已核实直接文献
`At3g06140`	在体外作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合物的组分，从特定E2泛素结合酶接受泛素，并将其转移至底物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004971 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0080144 intracellular amino acid homeostasis 生物过程

GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06140

ath:AT3G09770

ath:AT3G53410

ath:AT5G03200

ath:AT5G19080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.476

排名 1 · LXL04_004971 · OH-1004

细胞核0.392

排名 2 · LXL04_004971 · OH-1004

细胞膜0.170

排名 3 · LXL04_004971 · OH-1004

溶酶体／液泡0.110

排名 4 · LXL04_004971 · OH-1004

内质网0.098

排名 5 · LXL04_004971 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26192.1RNF157-like_N130-280 aa

PF13920.13zf-C3HC4_3301-347 aa

PF13639.13zf-RING_2302-342 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004971	`PF26192.1`	RNF157-like_N	130	280	3.1e-60	203.8
LXL04_004971	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	301	347	4.6e-15	55.9
LXL04_004971	`PF13639.13`	zf-RING_2	302	342	6e-07	30.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S752`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase LOG2	65.779%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LYW5`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase LUL1	55.793%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LFH6`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase LUL2	64.062%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84ME1`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase LUL3	49.407%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LA32`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase LUL4	45.902%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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