LXL04_004966 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004966

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 151134667-151137570 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1668 bp · LXL04_004966|LXL04_004966|OH1004|cDNA

ATGGGCCACCGGCATCTTTTCAGCCCATCATACATGCTTGAAGCTGAAAATGATCAAAGCTGGAACCTAACAGAACATCCCTACATCCATAACACAAGAAACGTGAGTAGTGAAACCACTTCCATCATATATCCAGACAACATGTCAATCGATGGAGCACAATACACTCACTGCAACCACACTTCATATTCTTCATTACCAAACAATCTACAAATCCCAGATTACCAACAAAACAGTGCAGGTCCATCTGATCTTCCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1668 bp · LXL04_004966|LXL04_004966|OH1004|CDS

ATGGGCCACCGGCATCTTTTCAGCCCATCATACATGCTTGAAGCTGAAAATGATCAAAGCTGGAACCTAACAGAACATCCCTACATCCATAACACAAGAAACGTGAGTAGTGAAACCACTTCCATCATATATCCAGACAACATGTCAATCGATGGAGCACAATACACTCACTGCAACCACACTTCATATTCTTCATTACCAAACAATCTACAAATCCCAGATTACCAACAAAACAGTGCAGGTCCATCTGATCTTCCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

555 aa · LXL04_004966|LXL04_004966|OH1004|PROTEIN

MGHRHLFSPSYMLEAENDQSWNLTEHPYIHNTRNVSSETTSIIYPDNMSIDGAQYTHCNHTSYSSLPNNLQIPDYQQNSAGPSDLPMHTPYINIPPEDYRNQASSSSSSSNYNGNPFNEDLFDIRMGSNNNNNNNNNNNNNGNTRGHGHGHGHYKRKSPGVPDVATTNGTSSADVTMLTEQQQQQPWQEPPSINFLHAPWDYNNNTTTPDHHPHHHHHHRSNSSLLIGESSRNVRSRGMFDLEANSSRTQLTNNLSRDYF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004966`
TK1151 ID	TkA01G092930
OH-1004 ID	LXL04_004966
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004966

位置 Chr01:151134667-151137570 (-)

描述 Similar to MBR2: E3 ubiquitin-protein ligase MBR2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34040`	E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。	Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500
`At2g15530`	E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。	Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500
`At5g42940`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0648800`	可能的E3泛素蛋白连接酶，作用于HAL3下游，并且对HAL3调控的植物生长必需。	暂无已核实直接文献
`Os01g0667700`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004966 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

GO:0061659 ubiquitin-like protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G15530

ath:AT4G34040

ath:AT5G42940

dosa:Os01g0667700

dosa:Os04g0648800

osa:4326322

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.778

排名 1 · LXL04_004966 · OH-1004

细胞质0.342

排名 2 · LXL04_004966 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 3 · LXL04_004966 · OH-1004

内质网0.035

排名 4 · LXL04_004966 · OH-1004

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · LXL04_004966 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678.14zf-rbx1502-548 aa

PF13639.13zf-RING_2505-548 aa

PF00097.32zf-C3HC4506-547 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2506-547 aa

PF17123.12zf-RING_11506-534 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX506-545 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004966	`PF12678.14`	zf-rbx1	502	548	3.8e-09	37.4
LXL04_004966	`PF13639.13`	zf-RING_2	505	548	2.4e-12	47.6
LXL04_004966	`PF00097.32`	zf-C3HC4	506	547	1.3e-07	32.0
LXL04_004966	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	506	547	1.3e-07	32.0
LXL04_004966	`PF17123.12`	zf-RING_11	506	534	4.4e-06	27.0
LXL04_004966	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	506	545	7.1e-06	26.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49500`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase MBR2	46.452%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZQF9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase MBR1	41.975%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FMM4`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHG1A	48.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XTV7`	水稻	Probable E3 ubiquitin-protein ligase HIP1	53.846%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5QLR5`	水稻	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ZFP1	47.328%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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