LXL04_004964 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004964

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 151083212-151085149 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1311 bp · LXL04_004964|LXL04_004964|OH1004|cDNA

ATGAGTGCTTCTGCAAACGATGTTGAAGATCAAGGCGACGTTTTTCTTGATGAGGATGACATCGAGGAAGAAATCAATGTAGATGAAGAAGATCTTCCTGATGCAGAAGACGATGGCGACTCTGATGCCGAATCTTTTGATCTTCCTGATGCAGAAGACGATGGCGACTCTGATGCCGAATCTTTTGATGAAGCCGACAACTCAATGCACATATTCACCGGTCATTCCGGTGAATTATACACGGTTGCATGTAGCCCTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1311 bp · LXL04_004964|LXL04_004964|OH1004|CDS

ATGAGTGCTTCTGCAAACGATGTTGAAGATCAAGGCGACGTTTTTCTTGATGAGGATGACATCGAGGAAGAAATCAATGTAGATGAAGAAGATCTTCCTGATGCAGAAGACGATGGCGACTCTGATGCCGAATCTTTTGATCTTCCTGATGCAGAAGACGATGGCGACTCTGATGCCGAATCTTTTGATGAAGCCGACAACTCAATGCACATATTCACCGGTCATTCCGGTGAATTATACACGGTTGCATGTAGCCCTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

436 aa · LXL04_004964|LXL04_004964|OH1004|PROTEIN

MSASANDVEDQGDVFLDEDDIEEEINVDEEDLPDAEDDGDSDAESFDLPDAEDDGDSDAESFDEADNSMHIFTGHSGELYTVACSPRDAILVATGGGDDKGFVWKLGQDDYTFELQGHKDSVTSVAFSCDGQLVASGSFDGFVQVWDVSSETLKCTLDGPGAGIEWVRWHPRGHLVLAGSEDYTVWLWNIADVDAVYLTTFSGHASTVTCGDFTPDGKTICTGSDDATLRIWNGEHVHVVRGHFYHTQGLTCLTITADSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004964`
TK1151 ID	TkA01G093210
OH-1004 ID	LXL04_004964
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 64.508 / OH-1004 57.110 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_004964`
位置	Chr01:151083212-151085149 (-)
描述	Similar to AAMP: Angio-associated migratory cell protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_004964` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0010595 positive regulation of endothelial cell migration 生物过程 GO:0014909 smooth muscle cell migration 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0180023 cytosolic large ribosomal subunit assembly 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009986 cell surface 细胞组分 GO:0030687 preribosome, large subunit precursor 细胞组分 GO:0008201 heparin binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:767919 cfa:478908 hsa:14 pon:100172186 spo:2542715 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.566

排名 1 · LXL04_004964 · OH-1004

细胞质0.527

排名 2 · LXL04_004964 · OH-1004

线粒体0.061

排名 3 · LXL04_004964 · OH-1004

内质网0.046

排名 4 · LXL04_004964 · OH-1004

细胞膜0.044

排名 5 · LXL04_004964 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR157-152 aa

PF25391.2WD40_Gbeta64-233 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR566-155 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st67-233 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st68-147 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st69-154 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd69-151 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st69-177 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004964	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	57	152	1.3e-21	77.8
LXL04_004964	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	64	233	1e-21	78.1
LXL04_004964	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	66	155	7.5e-56	190.3
LXL04_004964	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	67	233	6.1e-81	271.2
LXL04_004964	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	68	147	7.6e-46	157.4
LXL04_004964	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	69	154	2.2e-32	113.1
LXL04_004964	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	69	151	2.1e-26	93.4
LXL04_004964	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	69	177	2.1e-17	64.1
LXL04_004964	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	70	297	3.2e-45	155.0
LXL04_004964	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	72	280	6.4e-17	62.6
LXL04_004964	`PF23869.2`	Beta-prop_WDR75_1st	74	178	5.6e-15	56.2
LXL04_004964	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	79	221	1e-30	107.7
LXL04_004964	`PF29037.1`	DSE1_N	79	151	1.2e-13	51.6
LXL04_004964	`PF24796.2`	WDR55	80	156	6.7e-24	85.2
LXL04_004964	`PF20426.5`	NBCH_WD40	80	151	7.7e-18	65.2
LXL04_004964	`PF24814.2`	WD40_Prp19	81	235	7.9e-44	150.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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