LXL04_004885 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004885

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 149425811-149428422 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2505 bp · LXL04_004885|LXL04_004885|OH1004|cDNA

ATGCTCTATCGTATTGGACATCAACGCCAATCACTTCTTCGTCTTCCCTTTCCTTCGTTAAGTCCTTCAACCCTCATTTTAACTAAATCTTCATCATTAATATCTGCGGAATCACTTGTACTAGAACCTTCAACCACTTTACCAGCTGCAAACGGTTCATTTCCTTCCGATATCCTCTCTCTGTTTAAAGTATTGGGTAGCTCAGGTGTCAAATTACTCGGCGCAAAACATCGCTTTAAAACCCTTGTCTCCAATCTGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2505 bp · LXL04_004885|LXL04_004885|OH1004|CDS

ATGCTCTATCGTATTGGACATCAACGCCAATCACTTCTTCGTCTTCCCTTTCCTTCGTTAAGTCCTTCAACCCTCATTTTAACTAAATCTTCATCATTAATATCTGCGGAATCACTTGTACTAGAACCTTCAACCACTTTACCAGCTGCAAACGGTTCATTTCCTTCCGATATCCTCTCTCTGTTTAAAGTATTGGGTAGCTCAGGTGTCAAATTACTCGGCGCAAAACATCGCTTTAAAACCCTTGTCTCCAATCTGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

834 aa · LXL04_004885|LXL04_004885|OH1004|PROTEIN

MLYRIGHQRQSLLRLPFPSLSPSTLILTKSSSLISAESLVLEPSTTLPAANGSFPSDILSLFKVLGSSGVKLLGAKHRFKTLVSNLSSTQVDKIIDYLRSHDPDSAVELFELLKNEYGFKHSRVSHFVIAHILASQRRLKLLRSNFMQMLQEEGSGSGPLLCELLSVNFKDWKANAIVWDMLAFAYSRSNMVNDALSLIDTMKDFNIQPSILTYNSLLYNLRHSHTMWDAYNDIKEAGIQETKQTTSIIIDGLCKQSLLQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004885`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004885

位置 Chr01:149425811-149428422 (-)

描述 Similar to At1g13630: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g13630

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13630`	推定的含重复的五聚肽序列蛋白At1g13630。	暂无已核实直接文献
`At5g39710`	含五重复肽序列蛋白 At5g39710。	暂无已核实直接文献
`At1g74580`	推定含五复肽重复的蛋白 At1g74580。	暂无已核实直接文献
`At3g22470`	含五重复肽的蛋白At3g22470，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g12620`	含五螺旋肽重复序列的蛋白At1g12620。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004885 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13630

ath:AT5G39710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.793

排名 1 · LXL04_004885 · OH-1004

质体0.087

排名 2 · LXL04_004885 · OH-1004

细胞核0.056

排名 3 · LXL04_004885 · OH-1004

细胞质0.034

排名 4 · LXL04_004885 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_004885 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2176-219 aa

PF29070.1MSC6_N199-332 aa

PF13041.13PPR_2272-320 aa

PF13812.13PPR_3300-350 aa

PF12854.14PPR_1304-335 aa

PF01535.27PPR310-340 aa

PF13041.13PPR_2312-354 aa

PF12854.14PPR_1374-407 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004885	`PF13041.13`	PPR_2	176	219	2.5e-135	441.2
LXL04_004885	`PF29070.1`	MSC6_N	199	332	3.6e-23	83.0
LXL04_004885	`PF13041.13`	PPR_2	272	320	2.5e-135	441.2
LXL04_004885	`PF13812.13`	PPR_3	300	350	1.3e-55	186.0
LXL04_004885	`PF12854.14`	PPR_1	304	335	2.8e-110	360.4
LXL04_004885	`PF01535.27`	PPR	310	340	2.4e-88	285.1
LXL04_004885	`PF13041.13`	PPR_2	312	354	2.5e-135	441.2
LXL04_004885	`PF12854.14`	PPR_1	374	407	2.8e-110	360.4
LXL04_004885	`PF13041.13`	PPR_2	378	427	2.5e-135	441.2
LXL04_004885	`PF01535.27`	PPR	381	410	2.4e-88	285.1
LXL04_004885	`PF17177.11`	PPR_long	397	499	2.2e-32	112.9
LXL04_004885	`PF12854.14`	PPR_1	410	442	2.8e-110	360.4
LXL04_004885	`PF01535.27`	PPR	416	445	2.4e-88	285.1
LXL04_004885	`PF13041.13`	PPR_2	421	462	2.5e-135	441.2
LXL04_004885	`PF13812.13`	PPR_3	437	492	1.3e-55	186.0
LXL04_004885	`PF12854.14`	PPR_1	444	476	2.8e-110	360.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LMY5`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g13630	45.006%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FIX3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710	28.686%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CA58`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74580	26.629%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NQ83`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22470, mitochondrial	28.808%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ASZ8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12620	28.827%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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