LXL04_004754 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004754

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 145403107-145406507 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2127 bp · LXL04_004754|LXL04_004754|OH1004|cDNA

ATGCCACAACTTCGAAGTGGAGCAAGGAGATCAAAACGGCTCGGTGATCTTCAGCCCGCCactcaacaacaacaacaacaacaacctCCCAATCAACCTGAAACCACAACTCCAAACAGACCTAGAAGAAAaaccggtggtggtggtggaagggGACGTGGTGGTGGTGATGCTGCAGGTGTAGCCAAAACGCCAGTGGCGGCATTACCAGTGAGGCCAACTGTTGGTGGTAGAGGTAGAGGTGTTAGGCTGATTGATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2127 bp · LXL04_004754|LXL04_004754|OH1004|CDS

ATGCCACAACTTCGAAGTGGAGCAAGGAGATCAAAACGGCTCGGTGATCTTCAGCCCGCCACTCAACAACAACAACAACAACAACCTCCCAATCAACCTGAAACCACAACTCCAAACAGACCTAGAAGAAAAACCGGTGGTGGTGGTGGAAGGGGACGTGGTGGTGGTGATGCTGCAGGTGTAGCCAAAACGCCAGTGGCGGCATTACCAGTGAGGCCAACTGTTGGTGGTAGAGGTAGAGGTGTTAGGCTGATTGATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

708 aa · LXL04_004754|LXL04_004754|OH1004|PROTEIN

MPQLRSGARRSKRLGDLQPATQQQQQQQPPNQPETTTPNRPRRKTGGGGGRGRGGGDAAGVAKTPVAALPVRPTVGGRGRGVRLIDLDPEQPCDNIAPEAPIRIDTFADKDTPMEGGSGADKAMGVEEEGNTTPVPERVQVGSSPIYKTERKLGKGGFGQVYVGRRVSGGTERTGPDAIEVALKFEHRNSKGCNYGPPYEWQVYSSLNGCYGIPWVHYKGRQGDFYIMVMDILGPSLWDVWNSLGQSMSPSMVACIAVES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004754`
TK1151 ID	TkA01G115460
OH-1004 ID	LXL04_004754
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004754

位置 Chr01:145403107-145406507 (-)

描述 Similar to HD16: Casein kinase 1-like protein HD16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0793500`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	Hd16, a gene for casein kinase I, is involved in the control of rice flowering time by modulating the day-length response.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12268

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004754 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007020 microtubule nucleation 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0018105 peptidyl-serine phosphorylation 生物过程

GO:0030111 regulation of Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0030177 positive regulation of Wnt signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os03g0793500

hsa:1453

pon:100172245

rno:64462

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.494

排名 1 · LXL04_004754 · OH-1004

细胞核0.457

排名 2 · LXL04_004754 · OH-1004

细胞膜0.116

排名 3 · LXL04_004754 · OH-1004

内质网0.070

排名 4 · LXL04_004754 · OH-1004

线粒体0.063

排名 5 · LXL04_004754 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase147-379 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr148-383 aa

PF17667.8Pkinase_fungal259-357 aa

PF24289.2DUF7477441-707 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004754	`PF00069.32`	Pkinase	147	379	9.9e-17	61.9
LXL04_004754	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	148	383	1e-06	29.0
LXL04_004754	`PF17667.8`	Pkinase_fungal	259	357	2e-08	34.1
LXL04_004754	`PF24289.2`	DUF7477	441	707	5.3e-161	534.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q852L0`	水稻	Casein kinase 1-like protein HD16	75.895%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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