LXL04_004690 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004690

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 143606267-143611669 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1611 bp · LXL04_004690|LXL04_004690|OH1004|cDNA

atggaatccaatgATTTCAAAATCTTGATACAAAAATGGCGTGAAAGAAAGCTTTGCATGGCGAGTCACCGAGTTGGAGAGACCGGTTTGTCAGACTCAGGACCTTCACACCATCACCATCACCACCAACACCTGCCATACTCTGTTTTTCCTGCCTTTAATCCTCCTAACACCGCCTTCATTAACCAAGAAGGGTCGTCGTTCGATTTTGGGGAGCTAGAAGAAGCTATAGTGCTTCAAGGTTACAACAAGATCCATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1611 bp · LXL04_004690|LXL04_004690|OH1004|CDS

ATGGAATCCAATGATTTCAAAATCTTGATACAAAAATGGCGTGAAAGAAAGCTTTGCATGGCGAGTCACCGAGTTGGAGAGACCGGTTTGTCAGACTCAGGACCTTCACACCATCACCATCACCACCAACACCTGCCATACTCTGTTTTTCCTGCCTTTAATCCTCCTAACACCGCCTTCATTAACCAAGAAGGGTCGTCGTTCGATTTTGGGGAGCTAGAAGAAGCTATAGTGCTTCAAGGTTACAACAAGATCCATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

536 aa · LXL04_004690|LXL04_004690|OH1004|PROTEIN

MESNDFKILIQKWRERKLCMASHRVGETGLSDSGPSHHHHHHQHLPYSVFPAFNPPNTAFINQEGSSFDFGELEEAIVLQGYNKIHGDETKLPLYATVPRPAATLDMFPSWPMRVHQTPRGSNSSTDSGSGVNVAIPGKPETHSHIEPESPISSNSKKASSNQNQQQEQQHQQAIFRQQLQNLQIPEQNLEMESEGGSPVTTGGSSHSQQALKPFSEKKKGIGSTSERSLDAKTLRRLAQNREAARKSRLRKKAYVQQLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004690`
TK1151 ID	TkA01G122070
OH-1004 ID	LXL04_004690
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.455 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004690

位置 Chr01:143606267-143611669 (-)

描述 Similar to TGA9: Transcription factor TGA9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08320`	与 TGA10 一起，是花药发育所需的基本亮氨酸拉链转录因子，可能通过花药中 SPL 表达的激活以及通过在早期和中期绒毡层发育中具有功能的基因的调节。	Arabidopsis basic leucine-zipper transcription factors TGA9 and TGA10 interact with floral glutaredoxins ROXY1 and ROXY2 and are redundantly required for anther development.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.159111 Arabidopsis clade IV TGA transcription factors, TGA10 and TGA9, are involved in ROS-mediated responses to bacterial PAMP flg22.2016 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2016.06.019

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0152700`	参与防御反应的转录调控因子。	暂无已核实直接文献
`Os01g0859500`	参与防御反应的转录调控因子（通过同源性推测）。	暂无已核实直接文献
`Os05g0443900`	参与防御反应的转录调控因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004690 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048653 anther development 生物过程

GO:0071588 hydrogen peroxide mediated signaling pathway 生物过程

GO:1905623 positive regulation of leaf development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08320

dosa:Os01g0859500

dosa:Os05g0443900

dosa:Os11g0152700

osa:4338933

osa:4349800

zma:541670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.895

排名 1 · LXL04_004690 · OH-1004

细胞质0.173

排名 2 · LXL04_004690 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 3 · LXL04_004690 · OH-1004

内质网0.023

排名 4 · LXL04_004690 · OH-1004

线粒体0.015

排名 5 · LXL04_004690 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07716.21bZIP_2230-274 aa

PF00170.27bZIP_1232-273 aa

PF14144.12DOG1313-387 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004690	`PF07716.21`	bZIP_2	230	274	4.3e-06	27.4
LXL04_004690	`PF00170.27`	bZIP_1	232	273	6.5e-08	33.3
LXL04_004690	`PF14144.12`	DOG1	313	387	6.4e-33	113.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93XM6`	拟南芥	Transcription factor TGA9	60.536%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q53Q70`	水稻	Transcription factor TGAL4	53.196%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5N7C7`	水稻	Transcription factor LG2	51.896%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6F2N0`	水稻	Transcription factor TGAL5	54.608%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情