LXL04_004461 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004461

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 136734851-136738821 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2273 bp · LXL04_004461|LXL04_004461|OH1004|cDNA

ATGGAAATTGATCTGAACCATGCAGCGAATGGGATTGAGGTTATGGAGAAGCTTTATAGCGTTGATTCGAGTGGAAATGGAGGGGATTCGTCTTTATCAGCTTCGTCAAACTCCTCGAATTCGTCTCTAAAACAATCAAATCCCAATTTTGAATCATCGGTTTATATGGAGCTTTGGCATGCCTGTGCTGGGCCTCTCACAACTCTCCCAAATAAAGgaaatgtggttgtttatttcCCACAAGGTCACTTAGAACAAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2265 bp · LXL04_004461|LXL04_004461|OH1004|CDS

ATGGAAATTGATCTGAACCATGCAGCGAATGGGATTGAGGTTATGGAGAAGCTTTATAGCGTTGATTCGAGTGGAAATGGAGGGGATTCGTCTTTATCAGCTTCGTCAAACTCCTCGAATTCGTCTCTAAAACAATCAAATCCCAATTTTGAATCATCGGTTTATATGGAGCTTTGGCATGCCTGTGCTGGGCCTCTCACAACTCTCCCAAATAAAGGAAATGTGGTTGTTTATTTCCCACAAGGTCACTTAGAACAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

754 aa · LXL04_004461|LXL04_004461|OH1004|PROTEIN

MEIDLNHAANGIEVMEKLYSVDSSGNGGDSSLSASSNSSNSSLKQSNPNFESSVYMELWHACAGPLTTLPNKGNVVVYFPQGHLEQTASHSSIHFSPMEVPSFGLQPQIFCKVIDVKLLANKENDEIYTKLTLLPLPELTDKNLQEGEEEGGGGTLTKSTPQMFCKTLTASDTSTHGGFSVPRRAAEDCFPPLDYKQQRPSQELVAKDLHGVEWKFRHIYRGQPRRHLLTTGWSIFVSQKNLVSGDAVLFLRGEGGELWL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004461`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004461

位置 Chr01:136734851-136738821 (-)

描述 Similar to ARF4: Auxin response factor 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60450`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g33860`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0563400`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os01g0670800`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献
`Os01g0753500`	生长素反应因子 (ARF) 是与生长素反应启动子元件 (AuxRE) 中发现的 DNA 序列 5'-TGTCTC-3' 特异性结合的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004461 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009850 auxin metabolic process 生物过程

GO:0010050 vegetative phase change 生物过程

GO:0010158 abaxial cell fate specification 生物过程

GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程

GO:1902584 positive regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G33860

ath:AT5G60450

dosa:Os01g0670800

dosa:Os01g0753500

dosa:Os05g0563400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.971

排名 1 · LXL04_004461 · OH-1004

细胞质0.082

排名 2 · LXL04_004461 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 3 · LXL04_004461 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_004461 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_004461 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02362.27B3164-265 aa

PF25313.2BRWD_AD292-393 aa

PF06507.20ARF_AD313-394 aa

PF02309.23AUX_IAA636-722 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004461	`PF02362.27`	B3	164	265	1.9e-23	83.0
LXL04_004461	`PF25313.2`	BRWD_AD	292	393	5.7e-11	43.4
LXL04_004461	`PF06507.20`	ARF_AD	313	394	1e-31	109.4
LXL04_004461	`PF02309.23`	AUX_IAA	636	722	1.4e-10	42.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZTX9`	拟南芥	Auxin response factor 4	55.418%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O23661`	拟南芥	Auxin response factor 3	50.732%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8S985`	水稻	Auxin response factor 15	47.656%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JKI9`	水稻	Auxin response factor 2	46.708%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5JMM1`	水稻	Auxin response factor 3	44.559%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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