LXL04_004426 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004426

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 135543707-135547213 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2004 bp · LXL04_004426|LXL04_004426|OH1004|cDNA

ATGCCGGAAAATAAGTCCCTCCAGTTCAAGTCATCATTTATCAAAATTCCTCCTTTTGTCCCTATTCATCACCACCGGCACCAACACCATCGTCGCCGCCCACTTCCTCCCTTCGCCGATCTCCATCTTTCCATCTCCTCAGCTTTTAACAATTCCAAACACTCACTCACCCAATTCATATCTTCTATTAGAAAATTCCCACCGATAACTTTATCGAGCAAGACTCATACGGCGAGCCGACATGACGACGAGCGTGTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1968 bp · LXL04_004426|LXL04_004426|OH1004|CDS

ATGCCGGAAAATAAGTCCCTCCAGTTCAAGTCATCATTTATCAAAATTCCTCCTTTTGTCCCTATTCATCACCACCGGCACCAACACCATCGTCGCCGCCCACTTCCTCCCTTCGCCGATCTCCATCTTTCCATCTCCTCAGCTTTTAACAATTCCAAACACTCACTCACCCAATTCATATCTTCTATTAGAAAATTCCCACCGATAACTTTATCGAGCAAGACTCATACGGCGAGCCGACATGACGACGAGCGTGTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

655 aa · LXL04_004426|LXL04_004426|OH1004|PROTEIN

MPENKSLQFKSSFIKIPPFVPIHHHRHQHHRRRPLPPFADLHLSISSAFNNSKHSLTQFISSIRKFPPITLSSKTHTASRHDDERVLISEVLVRNKDGEELERKDLEEEAVAALKTCRPNSALTVREVQEDVHRIIGSGYFSSCMPVAVDTRDGIRLVFQVEPNQDFQGLVCEGANVLPTKFVEDAFRDGYGKIVNIRRLDQVISSINGWYMERGLFGLVSGMEILSGGILRLQVSEAEVNNISVRFISRTGEPTTGKTR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004426`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004426

位置 Chr01:135543707-135547213 (-)

描述 Similar to OEP80: Outer envelope protein 80, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19620`	在质体发育早期阶段发挥关键作用。	The Omp85-related chloroplast outer envelope protein OEP80 is essential for viability in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.122754
`At3g44160`	具有电压依赖性通道活性的β桶状孔形成蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g48620`	可能在质体发育过程中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2X208`	叶绿体外包膜蛋白80。	暂无已核实直接文献
`Os02g0196300`	叶绿体外包膜蛋白80。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004426 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0030162 regulation of proteolysis 生物过程

GO:1900057 positive regulation of leaf senescence 生物过程

GO:1901002 positive regulation of response to salt stress 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009707 chloroplast outer membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分

GO:0015267 channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G44160

ath:AT3G48620

ath:AT5G19620

dosa:Os02g0196300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.957

排名 1 · LXL04_004426 · OH-1004

线粒体0.051

排名 2 · LXL04_004426 · OH-1004

细胞质0.029

排名 3 · LXL04_004426 · OH-1004

细胞核0.027

排名 4 · LXL04_004426 · OH-1004

过氧化物酶体0.016

排名 5 · LXL04_004426 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07244.21POTRA258-318 aa

PF01103.30Omp85352-654 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004426	`PF07244.21`	POTRA	258	318	1e-10	42.9
LXL04_004426	`PF01103.30`	Omp85	352	654	9.5e-60	203.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5J8`	拟南芥	Outer envelope protein 80, chloroplastic	79.931%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5PP51`	拟南芥	Protein SUPPRESSOR OF PPI1 LOCUS 2, chloroplastic	40.248%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4JF35`	拟南芥	Outer envelope protein 36, chloroplastic	34.629%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2X208`	水稻	Outer envelope protein 80, chloroplastic	75.652%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6H7M7`	水稻	Outer envelope protein 80, chloroplastic	75.478%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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