基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_004283
当前版本: OH-1004
染色体: Chr01
坐标: 131709252-131723269
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA6324 bp · LXL04_004283|LXL04_004283|OH1004|cDNA
ATGGAGGCCTTGAAGGTTTGGTCGTCACGGCCTCTGAGGCACCTCTTTCATTTAGCTTCCTCTTCACCTCCTCCTACCTCTAAATCATATCTCCCTGTTACTTTTATTCGCTGTTGTTCTTCCTCCACTTCCTCCGCCGCCACCTCTGCCGTCGTGCCAAAACAAGGCGGCAGAGGCAGGAGATCATCCGCCGCATCCACTACCACCTCAACCTCCGATAGAGACGCCATTCGCGCAATCCGTCTCAAAAAGGTTGAAGA...
CDS
下载 CDS FASTA6324 bp · LXL04_004283|LXL04_004283|OH1004|CDS
ATGGAGGCCTTGAAGGTTTGGTCGTCACGGCCTCTGAGGCACCTCTTTCATTTAGCTTCCTCTTCACCTCCTCCTACCTCTAAATCATATCTCCCTGTTACTTTTATTCGCTGTTGTTCTTCCTCCACTTCCTCCGCCGCCACCTCTGCCGTCGTGCCAAAACAAGGCGGCAGAGGCAGGAGATCATCCGCCGCATCCACTACCACCTCAACCTCCGATAGAGACGCCATTCGCGCAATCCGTCTCAAAAAGGTTGAAGA...
2107 aa · LXL04_004283|LXL04_004283|OH1004|PROTEIN
MEALKVWSSRPLRHLFHLASSSPPPTSKSYLPVTFIRCCSSSTSSAATSAVVPKQGGRGRRSSAASTTTSTSDRDAIRAIRLKKVEELRSKGFEPYAYKWDRTHTANQLQEIYKHLGNGEESNSENDQVSISGRIVARRAFGKLAFLTLRDDSGIIQLYCEKERLENDQFEQLKSLVDIGDILGANGSIKRTEKGELSVCVNSFMILTKSLLPLPDKFHGLTDVDKRYRQRYVDMIANPEVADVFRKRAKIVSIIRQTVE...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_004283 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_004283 | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:131709252-131723269 (+) | ||||||||||||
| 描述 | Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94 | ||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006430 lysyl-tRNA aminoacylation 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0048481 plant ovule development 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0000049 tRNA binding 分子功能 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003729 mRNA binding 分子功能 | ||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G13490 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
质体0.341
线粒体0.332
细胞质0.159
细胞核0.107
过氧化物酶体0.082
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF01336.32tRNA_anti-codon129-207 aaPF00152.26tRNA-synt_2224-308 aaPF00152.26tRNA-synt_2442-720 aaPF13961.13DUF4219842-867 aaPF14223.15Retrotran_gag_2855-1016 aaPF22936.2Pol_BBD1123-1159 aaPF13976.12gag_pre-integrs1191-1258 aaPF00665.33rve1272-1373 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_004283 | PF01336.32 | tRNA_anti-codon | 129 | 207 | 4.2e-18 | 65.8 |
| LXL04_004283 | PF00152.26 | tRNA-synt_2 | 224 | 308 | 8.6e-75 | 252.4 |
| LXL04_004283 | PF00152.26 | tRNA-synt_2 | 442 | 720 | 8.6e-75 | 252.4 |
| LXL04_004283 | PF13961.13 | DUF4219 | 842 | 867 | 3e-09 | 37.1 |
| LXL04_004283 | PF14223.15 | Retrotran_gag_2 | 855 | 1016 | 2.5e-16 | 60.6 |
| LXL04_004283 | PF22936.2 | Pol_BBD | 1123 | 1159 | 8.5e-07 | 29.9 |
| LXL04_004283 | PF13976.12 | gag_pre-integrs | 1191 | 1258 | 1e-18 | 67.6 |
| LXL04_004283 | PF00665.33 | rve | 1272 | 1373 | 2.7e-15 | 57.2 |
| LXL04_004283 | PF29688.1 | TnsB_C | 1339 | 1392 | 2.6e-07 | 31.2 |
| LXL04_004283 | PF25597.2 | SH3_retrovirus | 1447 | 1509 | 1.1e-21 | 77.1 |
| LXL04_004283 | PF07727.20 | RVT_2 | 1634 | 1876 | 6.5e-90 | 301.7 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。