LXL04_004195 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004195

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 128864348-128868481 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1203 bp · LXL04_004195|LXL04_004195|OH1004|cDNA

ATGGAgaagaagatggagagaagaaTCGGGGAGATGAAATTGGGGATGACCGGCTACTGTATACAACCGGGTGTATACCGGGTGATCTCAACATCTATAGTAGATGCGGACACTTCACCCGTAACAATTAAAAAGATAAAAGGGAAGAAAATGTGTGATCAGGGTTGGGAATGTAAAGGGTGGTCAGAATATTGTTGCAACCTCACAATTTCTCAATATTTCGATTACTACCAATTTGAAAATGTTTTTTCAAAAAGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1203 bp · LXL04_004195|LXL04_004195|OH1004|CDS

ATGGAGAAGAAGATGGAGAGAAGAATCGGGGAGATGAAATTGGGGATGACCGGCTACTGTATACAACCGGGTGTATACCGGGTGATCTCAACATCTATAGTAGATGCGGACACTTCACCCGTAACAATTAAAAAGATAAAAGGGAAGAAAATGTGTGATCAGGGTTGGGAATGTAAAGGGTGGTCAGAATATTGTTGCAACCTCACAATTTCTCAATATTTCGATTACTACCAATTTGAAAATGTTTTTTCAAAAAGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

400 aa · LXL04_004195|LXL04_004195|OH1004|PROTEIN

MEKKMERRIGEMKLGMTGYCIQPGVYRVISTSIVDADTSPVTIKKIKGKKMCDQGWECKGWSEYCCNLTISQYFDYYQFENVFSKRNSPVAQAAGFWDFKSFIIASAIYQPLGFGTTGNKTTQMKEIAAFLAHVGSGYGVATGGPTAWGLCYNREMSPEQDYCDESYKYTYPCAPGATYYGRGALPIYWVYLENLNFNYGYIGDCLHVDLLHHPEYIEQNATLAFQAAMFQWITPLKKGQPSAHDAMVGNWKPTKNDTLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004195`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004195

位置 Chr01:128864348-128868481 (+)

描述 Similar to CTL1: Chitinase-like protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05850`	无几丁质酶活性。	Arabidopsis hot mutants define multiple functions required for acclimation to high temperatures.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.017145 Loss-of-function mutations of ROOT HAIR DEFECTIVE3 suppress root waving, skewing, and epidermal cell file rotation in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.059774 Arabidopsis hot2 encodes an endochitinase-like protein that is essential for tolerance to heat, salt and drought stresses.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02950.x Mutation of the chitinase-like protein-encoding AtCTL2 gene enhances lignin accumulation in dark-grown Arabidopsis seedlings.2010 · DOI: 10.1016/j.jplph.2009.12.001 Structural and genetic analysis of epidermal cell differentiation in Arabidopsis primary roots.1997 · DOI: 10.1242/dev.124.9.1789
`At3g16920`	无几丁质酶活性（基于相似性推测）。	Mutation of the chitinase-like protein-encoding AtCTL2 gene enhances lignin accumulation in dark-grown Arabidopsis seedlings.2010 · DOI: 10.1016/j.jplph.2009.12.001
`At3g12500`	对含几丁质的真菌病原体的防御。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004195 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0001708 cell fate specification 生物过程

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006032 chitin catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05850

ath:AT3G12500

ath:AT3G16920

sly:544146

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.310

排名 1 · LXL04_004195 · OH-1004

溶酶体／液泡0.265

排名 2 · LXL04_004195 · OH-1004

细胞外0.189

排名 3 · LXL04_004195 · OH-1004

细胞质0.164

排名 4 · LXL04_004195 · OH-1004

内质网0.139

排名 5 · LXL04_004195 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00182.25Glyco_hydro_1978-306 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004195	`PF00182.25`	Glyco_hydro_19	78	306	9.2e-51	173.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MA41`	拟南芥	Chitinase-like protein 1	66.216%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LSP9`	拟南芥	Chitinase-like protein 2	65.147%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P19171`	拟南芥	Basic endochitinase B	35.019%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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