LXL04_004171 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004171

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 127302658-127304505 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1017 bp · LXL04_004171|LXL04_004171|OH1004|cDNA

ATGGATAAAGATGGGAGGATACCACTGGGACAAAGACCGGAATGGTCCGACATCGCTCCGGTACCACAGGACGATGGCCCTAACCCCGTTGTCCCCATTGCGTACTCGGAAGAGTTCGCTGAGACTATGGACTACTTTCGAGCTGTATATCTGGCCGATGAGCGATCACTTCGTGCTCTTCGACTAACCACCGAAGCAATCCACTTGAATGCCGGAAATTACACCGTATGGCAATTCAGAAGAGTAATACTCGAGTCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1017 bp · LXL04_004171|LXL04_004171|OH1004|CDS

ATGGATAAAGATGGGAGGATACCACTGGGACAAAGACCGGAATGGTCCGACATCGCTCCGGTACCACAGGACGATGGCCCTAACCCCGTTGTCCCCATTGCGTACTCGGAAGAGTTCGCTGAGACTATGGACTACTTTCGAGCTGTATATCTGGCCGATGAGCGATCACTTCGTGCTCTTCGACTAACCACCGAAGCAATCCACTTGAATGCCGGAAATTACACCGTATGGCAATTCAGAAGAGTAATACTCGAGTCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

338 aa · LXL04_004171|LXL04_004171|OH1004|PROTEIN

MDKDGRIPLGQRPEWSDIAPVPQDDGPNPVVPIAYSEEFAETMDYFRAVYLADERSLRALRLTTEAIHLNAGNYTVWQFRRVILESLNADLQGELEFVEHLASKNSKNYQLWHHRRWVAEKLGSESASRELEFTKNIFLNDAKNYHAWSHRQWVLQNLGGWEDELAYCDKLLEDDIFNNSAWNQRYFVITRHPGLGGIEGTRDSEVNYTIKSITKKPENESPWRYLRGLFKNNMESITKDPRVTSLCFKVLTSKVNCVFA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004171`
TK1151 ID	TkA01G191830
OH-1004 ID	LXL04_004171
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.775 / OH-1004 51.183 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004171

位置 Chr01:127302658-127304505 (+)

描述 Similar to FTA: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59380`	法尼基转移酶和香叶基香叶基转移酶复合物共同的必需亚基。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004171 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007323 peptide pheromone maturation 生物过程

GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0018342 protein prenylation 生物过程

GO:0018343 protein farnesylation 生物过程

GO:0018344 protein geranylgeranylation 生物过程

GO:0035022 positive regulation of Rac protein signal transduction 生物过程

GO:0048509 regulation of meristem development 生物过程

GO:0060632 regulation of microtubule-based movement 生物过程

GO:0071340 skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering 生物过程

GO:0080120 CAAX-box protein maturation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G59380

bta:281169

hsa:2339

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.744

排名 1 · LXL04_004171 · OH-1004

细胞核0.470

排名 2 · LXL04_004171 · OH-1004

线粒体0.062

排名 3 · LXL04_004171 · OH-1004

过氧化物酶体0.060

排名 4 · LXL04_004171 · OH-1004

质体0.036

排名 5 · LXL04_004171 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01239.29PPTA58-86 aa

PF01239.29PPTA92-121 aa

PF01239.29PPTA129-158 aa

PF01239.29PPTA161-191 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004171	`PF01239.29`	PPTA	58	86	4.6e-42	139.7
LXL04_004171	`PF01239.29`	PPTA	92	121	4.6e-42	139.7
LXL04_004171	`PF01239.29`	PPTA	129	158	4.6e-42	139.7
LXL04_004171	`PF01239.29`	PPTA	161	191	4.6e-42	139.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX33`	拟南芥	Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha	61.162%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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