LXL04_003496 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003496

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 81399145-81411012 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3774 bp · LXL04_003496|LXL04_003496|OH1004|cDNA

ATGGCGATCGAATGTCTAGTTCTAGGCGCAGGACAAGAGGTAGGGAAGAGCTGTGTTATAATATCTATTCACGGAAAAAGGATCATGTTCGATTGTGGGATGCACATGGGTTACTCCGATCACCGCCGTTACCCTGATTTCTCTCTCATTTCACAATCCGGCGACTTCAATGCCGCCGTTTCATGCATCATTATCACTCACTTTCACTTGGATCATATTGGTGCTCTTCCGTACTTCACTGAAGTTTGTGGTTACACCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3774 bp · LXL04_003496|LXL04_003496|OH1004|CDS

ATGGCGATCGAATGTCTAGTTCTAGGCGCAGGACAAGAGGTAGGGAAGAGCTGTGTTATAATATCTATTCACGGAAAAAGGATCATGTTCGATTGTGGGATGCACATGGGTTACTCCGATCACCGCCGTTACCCTGATTTCTCTCTCATTTCACAATCCGGCGACTTCAATGCCGCCGTTTCATGCATCATTATCACTCACTTTCACTTGGATCATATTGGTGCTCTTCCGTACTTCACTGAAGTTTGTGGTTACACCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1257 aa · LXL04_003496|LXL04_003496|OH1004|PROTEIN

MAIECLVLGAGQEVGKSCVIISIHGKRIMFDCGMHMGYSDHRRYPDFSLISQSGDFNAAVSCIIITHFHLDHIGALPYFTEVCGYTGPIYMTYPTKALAPLMLEDYRKVMVGRGEEQQFTHENILDCMKKVTAVDLKQNVQVDKDLQIRAYYAGHVLGAAMFYACVEGSGIVYTGDYNMTPDRHLGAAQIDRLQLDLLITESTYATTIRDSKYAREREFLKAVHKCVANGGKVLIPTFALGRAQELCILLDDYWERMNLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003496`
TK1151 ID	TkA01G349490
OH-1004 ID	LXL04_003496
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.235 / OH-1004 67.144 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003496

位置 Chr01:81399145-81411012 (-)

描述 Similar to CPSF73-II: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-II

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01730`	切割和多聚腺苷酸化特异因子（CPSF）复合体的组成部分，在前mRNA 3'端形成中起关键作用，识别AAUAAA信号序列，并与多聚腺苷酸聚合酶及其他因子相互作用，从而实现3'端切割和多聚腺苷酸添加。	Unique features of plant cleavage and polyadenylation specificity factor revealed by proteomic studies.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.142729

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003496 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0016180 snRNA processing 生物过程

GO:0034472 snRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0160240 RNA polymerase II transcription initiation surveillance 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0032039 integrator complex 细胞组分

GO:0160232 INTAC complex 细胞组分

GO:0004521 RNA endonuclease activity 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01730

ddi:DDB_G0278189

gga:419418

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.546

排名 1 · LXL04_003496 · OH-1004

细胞核0.321

排名 2 · LXL04_003496 · OH-1004

内质网0.143

排名 3 · LXL04_003496 · OH-1004

高尔基体0.106

排名 4 · LXL04_003496 · OH-1004

细胞膜0.098

排名 5 · LXL04_003496 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00753.34Lactamase_B15-183 aa

PF23023.2Anti-Pycsar_Apyc117-183 aa

PF16661.12Lactamase_B_620-190 aa

PF12706.14Lactamase_B_227-203 aa

PF10996.15Beta-Casp243-361 aa

PF07521.18RMMBL377-434 aa

PF16661.12Lactamase_B_6878-937 aa

PF10996.15Beta-Casp990-1108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003496	`PF00753.34`	Lactamase_B	15	183	4.6e-13	50.3
LXL04_003496	`PF23023.2`	Anti-Pycsar_Apyc1	17	183	2.2e-10	41.4
LXL04_003496	`PF16661.12`	Lactamase_B_6	20	190	2.4e-27	96.3
LXL04_003496	`PF12706.14`	Lactamase_B_2	27	203	1.8e-06	28.4
LXL04_003496	`PF10996.15`	Beta-Casp	243	361	9.7e-56	188.3
LXL04_003496	`PF07521.18`	RMMBL	377	434	2.2e-35	121.2
LXL04_003496	`PF16661.12`	Lactamase_B_6	878	937	2.4e-27	96.3
LXL04_003496	`PF10996.15`	Beta-Casp	990	1108	9.7e-56	188.3
LXL04_003496	`PF07521.18`	RMMBL	1124	1182	2.2e-35	121.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GUU3`	拟南芥	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-II	65.303%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情