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基因概览

LXL04_003393

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 77432538-77435720 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2793 bp · LXL04_003393|LXL04_003393|OH1004|cDNA

ATGAAATCCATTGttgttcttcatctttttctgTGTCTTCTCCTCCTGTTTTCACATCTAAAATCCGTTTCTTCATGGAAAAAAGAAGAATTCAGAAACTGTGATCAAACCCCTTTCTGCAAAAGAGCTAGATCAAGAAAACCCCAACACTGTAAACTCATTGCCACCGATGTAGCAATCGCAAATGGAGATCTAACTGCCAAACTCATAACCCCTAAGAATTTTCAAGAAAACGCAGATGAAGATTCATCAGAAATCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2793 bp · LXL04_003393|LXL04_003393|OH1004|CDS

ATGAAATCCATTGTTGTTCTTCATCTTTTTCTGTGTCTTCTCCTCCTGTTTTCACATCTAAAATCCGTTTCTTCATGGAAAAAAGAAGAATTCAGAAACTGTGATCAAACCCCTTTCTGCAAAAGAGCTAGATCAAGAAAACCCCAACACTGTAAACTCATTGCCACCGATGTAGCAATCGCAAATGGAGATCTAACTGCCAAACTCATAACCCCTAAGAATTTTCAAGAAAACGCAGATGAAGATTCATCAGAAATCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

930 aa · LXL04_003393|LXL04_003393|OH1004|PROTEIN

MKSIVVLHLFLCLLLLFSHLKSVSSWKKEEFRNCDQTPFCKRARSRKPQHCKLIATDVAIANGDLTAKLITPKNFQENADEDSSEIASKPLILSLSVYQNGILRLKIDEDPSQNPPKKRFEVPDVVLPEFESKKLWLQRHTKEVIKGDSADSFVVYLFDGYEAVLRSDPLEVFVREQGSGNRVLSFNSYGLFDFEQLRVKKEGDDWEERFRSHTDSRPYGPQSISFDISFHGADFVYGIPEHATTLSLKPTNGPGIEQSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003393`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003393

位置 Chr01:77432538-77435720 (+)

描述 Similar to PSL5: Probable glucan 1,3-alpha-glucosidase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63840`	顺序切割未成熟糖蛋白的Glc(2)Man(9)GlcNAc(2)寡糖前体中最内侧的两个α-1,3联葡萄糖残基（按相似性）。	The cellulose-deficient Arabidopsis mutant rsw3 is defective in a gene encoding a putative glucosidase II, an enzyme processing N-glycans during ER quality control.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01483.x Uncoupling of sustained MAMP receptor signaling from early outputs in an Arabidopsis endoplasmic reticulum glucosidase II allele.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0907711106

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0216600`	从未成熟糖蛋白的Glc(2)Man(9)GlcNAc(2)寡糖前体中依次切割最内侧的两个α-1,3-连接的葡萄糖残基。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003393 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006491 N-glycan processing 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0043687 post-translational protein modification 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0050830 defense response to Gram-positive bacterium 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G63840

ddi:DDB_G0269154

dosa:Os03g0216600

mmu:14376

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.740

排名 1 · LXL04_003393 · OH-1004

细胞质0.131

排名 2 · LXL04_003393 · OH-1004

溶酶体／液泡0.104

排名 3 · LXL04_003393 · OH-1004

高尔基体0.083

排名 4 · LXL04_003393 · OH-1004

细胞外0.052

排名 5 · LXL04_003393 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13802.13Gal_mutarotas_293-310 aa

PF01055.33Glyco_hydro_31_2nd367-694 aa

PF21365.4Glyco_hydro_31_3rd702-788 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003393	`PF13802.13`	Gal_mutarotas_2	93	310	1.6e-38	133.5
LXL04_003393	`PF01055.33`	Glyco_hydro_31_2nd	367	694	4.8e-122	408.0
LXL04_003393	`PF21365.4`	Glyco_hydro_31_3rd	702	788	7.3e-27	94.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN05`	拟南芥	Probable glucan 1,3-alpha-glucosidase	74.218%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9F676`	水稻	Probable glucan 1,3-alpha-glucosidase	65.976%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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