LXL04_003357 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003357

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 76004052-76016348 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1380 bp · LXL04_003357|LXL04_003357|OH1004|cDNA

atgttaaatattgGAACCGAAAACCGGACCGATTATAGaCGGGACTCCGCtcatcttacgattagtgagagaataAACTCGATGAAGAAAGTGCGAGATTATGGTCGGGAGTCACCAAAACCAGCATCACCTGCTGGAATTTGCTGTAGAAAATGCTTAAATTTCAAGAATTCGGAAGTTAAAATTGGTTCGCTTTATGTTGTCGAGATCTTATGTGTACGTCGAATTTCTGTCAAATCAGTAACGAGATGGCAGACACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1380 bp · LXL04_003357|LXL04_003357|OH1004|CDS

ATGTTAAATATTGGAACCGAAAACCGGACCGATTATAGACGGGACTCCGCTCATCTTACGATTAGTGAGAGAATAAACTCGATGAAGAAAGTGCGAGATTATGGTCGGGAGTCACCAAAACCAGCATCACCTGCTGGAATTTGCTGTAGAAAATGCTTAAATTTCAAGAATTCGGAAGTTAAAATTGGTTCGCTTTATGTTGTCGAGATCTTATGTGTACGTCGAATTTCTGTCAAATCAGTAACGAGATGGCAGACACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

459 aa · LXL04_003357|LXL04_003357|OH1004|PROTEIN

MLNIGTENRTDYRRDSAHLTISERINSMKKVRDYGRESPKPASPAGICCRKCLNFKNSEVKIGSLYVVEILCVRRISVKSVTRWQTPTRVVEASEGGDQLLEMEQEVRKWWDDKHLRSFSTDATRFSLADAGDRIDDANFVFETANAAILRLTIERLWMEEVIGAESSLRVGPASTYADHVFANEMNFAIKMTERNYGDYMFREALKSGIWDQDSEEYGTCWLAKCIPHRCEHGLYVAIYVGVFPLSTRALLERQSWAPH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003357`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003357

位置 Chr01:76004052-76016348 (+)

描述 Similar to At1g09620: Leucine--tRNA ligase, cytoplasmic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09620`	在双步反应中催化氨基酸特异性附着到其对应的 tRNA 上：氨基酸（AA）首先由 ATP 激活形成 AA-AMP，然后转移到 tRNA 的受体端。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003357 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0006418 tRNA aminoacylation for protein translation 生物过程

GO:0006425 glutaminyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0006429 leucyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0032008 positive regulation of TOR signaling 生物过程

GO:0034198 cellular response to amino acid starvation 生物过程

GO:0048608 reproductive structure development 生物过程

GO:0071230 cellular response to amino acid stimulus 生物过程

GO:0071233 cellular response to L-leucine 生物过程

GO:1904263 positive regulation of TORC1 signaling 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09620

cel:CELE_R74.1

hsa:51520

mmu:107045

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.366

排名 1 · LXL04_003357 · OH-1004

细胞质0.356

排名 2 · LXL04_003357 · OH-1004

细胞膜0.146

排名 3 · LXL04_003357 · OH-1004

线粒体0.117

排名 4 · LXL04_003357 · OH-1004

质体0.081

排名 5 · LXL04_003357 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I116`	拟南芥	Leucine--tRNA ligase, cytoplasmic	65.657%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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