LXL04_003262 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003262

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 72323292-72324330 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

966 bp · LXL04_003262|LXL04_003262|OH1004|cDNA

ATGACAGCCATTGATGCTGTTACCTCGAAACTGGAGAAATCGGCTAAGATATTCGTCGCCGGCCACCGCGGCCTAGTCGGATCTGCTATCGTACGACGCCTGCGAACCGTCGGCTATACCAATCTCATTATCCGGTCACACACCGAACTAGATCTCACCAACCAGTCCGCCGTCAAAACATTCTTCTCTCTGGAAAAACCCCAATACGTGATCCTCGCAGCAGCCAAAGTCGGTGGGATCCACGCCAACAGCACCTACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

966 bp · LXL04_003262|LXL04_003262|OH1004|CDS

ATGACAGCCATTGATGCTGTTACCTCGAAACTGGAGAAATCGGCTAAGATATTCGTCGCCGGCCACCGCGGCCTAGTCGGATCTGCTATCGTACGACGCCTGCGAACCGTCGGCTATACCAATCTCATTATCCGGTCACACACCGAACTAGATCTCACCAACCAGTCCGCCGTCAAAACATTCTTCTCTCTGGAAAAACCCCAATACGTGATCCTCGCAGCAGCCAAAGTCGGTGGGATCCACGCCAACAGCACCTACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

321 aa · LXL04_003262|LXL04_003262|OH1004|PROTEIN

MTAIDAVTSKLEKSAKIFVAGHRGLVGSAIVRRLRTVGYTNLIIRSHTELDLTNQSAVKTFFSLEKPQYVILAAAKVGGIHANSTYPADFIAINLQIQTNVIDSAYRYGTKKLVFLGSSCIYPKHAPQPIPESSLLTGPLEPTNEWYAIAKIAGIKMCQAYRIQYNWDAISAMPTNLYGPNDNFHPENSHVLPALMRRFHEAKVAGSKEVVVWGTGSALREFLHVDDLADAVVFLLENYSDLGHVNVGSGKEVSIKELAE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003262`
TK1151 ID	TkA01G380380
OH-1004 ID	LXL04_003262
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003262

位置 Chr01:72323292-72324330 (+)

描述 Similar to GER2: Putative GDP-L-fucose synthase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17890`	催化 GDP-4-脱氢-6-脱氧-D-甘露糖向 GDP-岩藻糖的两步 NADP 依赖性转化，涉及差向异构酶和还原酶反应。	暂无已核实直接文献
`At1g73250`	催化GDP-4-脱氢-6-脱氧-D-甘露糖向GDP-岩藻糖的两步NADP依赖性转化，涉及表异构酶和还原酶反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0652400`	催化GDP-4-脱氢-6-脱氧-D-甘露糖向GDP-岩藻糖的两步NADP依赖性转化，涉及表异构酶和还原酶反应。	暂无已核实直接文献
`Os06g0652300`	催化GDP-4-脱氢-6-脱氧-D-甘露糖向GDP-岩藻糖的两步NADP依赖性转化，涉及表异构酶和还原酶反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003262 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006005 L-fucose biosynthetic process 生物过程

GO:0042351 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016853 isomerase activity 分子功能

GO:0050577 GDP-L-fucose synthase activity 分子功能

GO:0070401 NADP+ binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17890

ath:AT1G73250

dosa:Os06g0652300

dosa:Os06g0652400

rhi:NGR_a00420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.695

排名 1 · LXL04_003262 · OH-1004

细胞核0.270

排名 2 · LXL04_003262 · OH-1004

过氧化物酶体0.123

排名 3 · LXL04_003262 · OH-1004

线粒体0.097

排名 4 · LXL04_003262 · OH-1004

质体0.047

排名 5 · LXL04_003262 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04321.24RmlD_sub_bind16-159 aa

PF01370.28Epimerase17-248 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd49-307 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003262	`PF04321.24`	RmlD_sub_bind	16	159	2.5e-08	34.1
LXL04_003262	`PF01370.28`	Epimerase	17	248	9.7e-67	225.6
LXL04_003262	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	49	307	3.9e-21	76.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LMU0`	拟南芥	Putative GDP-L-fucose synthase 2	78.778%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O49213`	拟南芥	GDP-L-fucose synthase 1	77.143%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67WR2`	水稻	Probable GDP-L-fucose synthase 1	74.434%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67WR5`	水稻	Putative GDP-L-fucose synthase 2	58.361%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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