LXL04_003093 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003093

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 67283727-67286943 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1293 bp · LXL04_003093|LXL04_003093|OH1004|cDNA

ATGGGAATTGAAGCCGGGGAGTCCTCCGGTGCCGGACGTCCTGAGACGAGTAGTGGTGGAGAAGATGCCGGTCCCACTACCACCCCAACCACTACCTCCAACCCCGTGCGCCGGCGATTCCCGCTGGCTGCTCAGCCGGAGATAATGAGAGCGGCGCAGAAGGATGACCAGTATGCTTCTTTCGTCTACGAGGCCTGTCGTGACGCCTTTCGCCACTTATTCGGTCTCTTATCTTATCTCAAATTTAGGGCTTTGCTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1293 bp · LXL04_003093|LXL04_003093|OH1004|CDS

ATGGGAATTGAAGCCGGGGAGTCCTCCGGTGCCGGACGTCCTGAGACGAGTAGTGGTGGAGAAGATGCCGGTCCCACTACCACCCCAACCACTACCTCCAACCCCGTGCGCCGGCGATTCCCGCTGGCTGCTCAGCCGGAGATAATGAGAGCGGCGCAGAAGGATGACCAGTATGCTTCTTTCGTCTACGAGGCCTGTCGTGACGCCTTTCGCCACTTATTCGGTCTCTTATCTTATCTCAAATTTAGGGCTTTGCTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

430 aa · LXL04_003093|LXL04_003093|OH1004|PROTEIN

MGIEAGESSGAGRPETSSGGEDAGPTTTPTTTSNPVRRRFPLAAQPEIMRAAQKDDQYASFVYEACRDAFRHLFGLLSYLKFRALLLPALYRTTCASRCIFNFYRYVVSGTRAAISYQSETKLLGQMLYYILTTGAGQQTLGEEYCDVTQVAGLHGLPPTPARRALFIVYQSAVPYIAERVSSRIASRGIALTESMSDDIHGQQASSSSSSSSPVVSISPLSRLKEKISSLWLHTVERWPAMLPLAREFLQLLLRANLMF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003093`
TK1151 ID	TkA01G394320
OH-1004 ID	LXL04_003093
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.400 / OH-1004 99.767 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003093

位置 Chr01:67283727-67286943 (+)

描述 Similar to PEX10: Peroxisome biogenesis factor 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26350`	E3 泛素-蛋白连接酶，作为逆转运通道的组成部分，通过介导 PEX5 受体从过氧化物酶体向细胞质的转运以调控过氧化物酶体组织，从而促进 PEX5 的循环。	AthPEX10, a nuclear gene essential for peroxisome and storage organelle formation during Arabidopsis embryogenesis.2003 · DOI: 10.1073/pnas.1633697100 An Arabidopsis pex10 null mutant is embryo lethal, implicating peroxisomes in an essential role during plant embryogenesis.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.031252 Requirement of the C3HC4 zinc RING finger of the Arabidopsis PEX10 for photorespiration and leaf peroxisome contact with chloroplasts.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0610402104 Functional classification of Arabidopsis peroxisome biogenesis factors proposed from analyses of knockdown mutants.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm053 Different functions of the C3HC4 zinc RING finger peroxins PEX10, PEX2, and PEX12 in peroxisome formation and matrix protein import.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1009174107 Arabidopsis RING peroxins are E3 ubiquitin ligases that interact with two homologous ubiquitin receptor proteins(F).2013 · DOI: 10.1111/jipb.12014 Peroxisomal ubiquitin-protein ligases peroxin2 and peroxin10 have distinct but synergistic roles in matrix protein import and peroxin5 retrotranslocation in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.247148

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003093 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0007031 peroxisome organization 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0010381 peroxisome-chloroplast membrane tethering 生物过程

GO:0016558 protein import into peroxisome matrix 生物过程

GO:0016562 protein import into peroxisome matrix, receptor recycling 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26350

ddi:DDB_G0282693

hsa:5192

xla:108697631

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.709

排名 1 · LXL04_003093 · OH-1004

线粒体0.115

排名 2 · LXL04_003093 · OH-1004

细胞核0.110

排名 3 · LXL04_003093 · OH-1004

内质网0.106

排名 4 · LXL04_003093 · OH-1004

细胞质0.085

排名 5 · LXL04_003093 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04757.20Pex2_Pex1255-311 aa

PF13920.13zf-C3HC4_3374-419 aa

PF13639.13zf-RING_2375-414 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2375-413 aa

PF00097.32zf-C3HC4376-413 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX376-411 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003093	`PF04757.20`	Pex2_Pex12	55	311	3.3e-36	125.8
LXL04_003093	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	374	419	1.5e-09	38.2
LXL04_003093	`PF13639.13`	zf-RING_2	375	414	2.8e-10	41.0
LXL04_003093	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	375	413	3e-08	34.1
LXL04_003093	`PF00097.32`	zf-C3HC4	376	413	4.2e-08	33.6
LXL04_003093	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	376	411	9e-07	29.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYU4`	拟南芥	Peroxisome biogenesis factor 10	60.514%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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