LXL04_002891 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002891

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 60573013-60580230 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3642 bp · LXL04_002891|LXL04_002891|OH1004|cDNA

ATGCATATCGACGCGAGGAAATTTGTTGGTCCAAGCTTATACCCCTTAATATTCGGTGTTGGCCTGTTGGGTATGGAGGGCTTCAGTGGGCAGAATTGCAGTTGCAGACACGTAAGAGCAAGGGGAATAACCACGGTCAATCTTATATGTCAGCTGTGCGGGACCGATCCTGAAACAGTAGACCATTTACTTGCAACCTGTGATTTCTCCAGAGAGGTATGTGGCTGGATTTTCATGTGGCTTGGCATGCCTGCTAAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

3642 bp · LXL04_002891|LXL04_002891|OH1004|CDS

ATGCATATCGACGCGAGGAAATTTGTTGGTCCAAGCTTATACCCCTTAATATTCGGTGTTGGCCTGTTGGGTATGGAGGGCTTCAGTGGGCAGAATTGCAGTTGCAGACACGTAAGAGCAAGGGGAATAACCACGGTCAATCTTATATGTCAGCTGTGCGGGACCGATCCTGAAACAGTAGACCATTTACTTGCAACCTGTGATTTCTCCAGAGAGGTATGTGGCTGGATTTTCATGTGGCTTGGCATGCCTGCTAAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1213 aa · LXL04_002891|LXL04_002891|OH1004|PROTEIN

MHIDARKFVGPSLYPLIFGVGLLGMEGFSGQNCSCRHVRARGITTVNLICQLCGTDPETVDHLLATCDFSREVCGWIFMWLGMPAKQFNKVTEYLDHAASWGNCPRKRQSLNSIFYCLLWNIWLARNEVVFNKRRIPAVKVADNSHIHMYRENRYIMRAGLSTIQQTLTPEAATVLNHSIAEAGRRNHGQTTPLHVASTLLASPTGFLRQACIRSHPNSSHPLQCRALELCFSVALERLPTATSSPAVTEPPISNALMAA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002891`
TK1151 ID	TkA01G413330
OH-1004 ID	LXL04_002891
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.808 / OH-1004 85.655 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002891

位置 Chr01:60573013-60580230 (-)

描述 Similar to SMAX1: Protein SUPPRESSOR OF MAX2 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g57710`	可能是转录共抑制复合物的组分，在MAX2下游负向调控卡里金（karrikins）和独脚金内酯应答。	SUPPRESSOR OF MORE AXILLARY GROWTH2 1 controls seed germination and seedling development in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.221259 SMAX1-LIKE/D53 Family Members Enable Distinct MAX2-Dependent Responses to Strigolactones and Karrikins in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00562 Functional redundancy in the control of seedling growth by the karrikin signaling pathway.2016 · DOI: 10.1007/s00425-015-2458-2
`At4g30350`	转录辅阻遏物复合物的可能成分，专门作用于 karrikin 途径。	Functional redundancy in the control of seedling growth by the karrikin signaling pathway.2016 · DOI: 10.1007/s00425-015-2458-2
`At5g57130`	可能在转录共抑制复合物中发挥功能。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0250900`	可能在MAX2下游发挥作用，负向调控卡里金（karrikins）和独脚金内酯应答。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002891 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0080167 response to karrikin 生物过程

GO:0090351 seedling development 生物过程

GO:1902347 response to strigolactone 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0044183 protein folding chaperone 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G30350

ath:AT5G57710

dosa:Os08g0250900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.820

排名 1 · LXL04_002891 · OH-1004

细胞质0.154

排名 2 · LXL04_002891 · OH-1004

细胞膜0.062

排名 3 · LXL04_002891 · OH-1004

内质网0.042

排名 4 · LXL04_002891 · OH-1004

质体0.042

排名 5 · LXL04_002891 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02861.26Clp_N168-269 aa

PF23569.2NBD_SMAX1435-610 aa

PF07724.21AAA_2869-981 aa

PF26587.1AAA_lid_SMAX11096-1178 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002891	`PF02861.26`	Clp_N	168	269	1.4e-07	32.5
LXL04_002891	`PF23569.2`	NBD_SMAX1	435	610	1.4e-32	113.9
LXL04_002891	`PF07724.21`	AAA_2	869	981	4.6e-09	37.2
LXL04_002891	`PF26587.1`	AAA_lid_SMAX1	1096	1178	4.5e-22	78.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FHH2`	拟南芥	Protein SUPPRESSOR OF MAX2 1	49.547%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0C5`	拟南芥	Protein SMAX1-LIKE 2	40.864%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LU73`	拟南芥	Protein SMAX1-LIKE 5	32.069%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6Z517`	水稻	Protein SMAX1-like	39.568%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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