LXL04_002870 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002870

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 60032960-60034165 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1206 bp · LXL04_002870|LXL04_002870|OH1004|cDNA

ATGATTCGGACCTCTCGCCGGAGTTTTTCCTCCAACAGAACGATTTTCTTTTCGGCTCTCGTTTTGGTAACATTAACAGCCTCGATTTTGAGCTTTATCGATTCCGGCGAACGGTTTCTCTACAACACCACCTCCTGGGAGACAAGACTTCGTTCCTCTGCTCAAATCCGTCGTGCTAACGGGATATCCGTACTTGTCACCGGAGCAGCCGGTTTCATCGGCACACACGTATCCATAGCTTTGAAAACCCGTGGAGATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1206 bp · LXL04_002870|LXL04_002870|OH1004|CDS

ATGATTCGGACCTCTCGCCGGAGTTTTTCCTCCAACAGAACGATTTTCTTTTCGGCTCTCGTTTTGGTAACATTAACAGCCTCGATTTTGAGCTTTATCGATTCCGGCGAACGGTTTCTCTACAACACCACCTCCTGGGAGACAAGACTTCGTTCCTCTGCTCAAATCCGTCGTGCTAACGGGATATCCGTACTTGTCACCGGAGCAGCCGGTTTCATCGGCACACACGTATCCATAGCTTTGAAAACCCGTGGAGATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

401 aa · LXL04_002870|LXL04_002870|OH1004|PROTEIN

MIRTSRRSFSSNRTIFFSALVLVTLTASILSFIDSGERFLYNTTSWETRLRSSAQIRRANGISVLVTGAAGFIGTHVSIALKTRGDGVVGVDNFDDYYALSLKETRRELLEFHGVFIVDGDINDRGLLDILFDTIAFTHVMHLAAQVGVQYAVENPYAYVHSNIASMVTLLERCKSADPQPAIVWASSGSVYGVKSKNKIPFSESDRVDRPASIYASTKRTGEEITQTYNRFYGLSITGLRFFTVYGPWGRPDMAYFSFI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002870`
TK1151 ID	TkA01G415360
OH-1004 ID	LXL04_002870
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	85.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.150 / OH-1004 73.566 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002870

位置 Chr01:60032960-60034165 (+)

描述 Similar to GAE1: UDP-glucuronate 4-epimerase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30440`	UDP-D-葡萄糖醛酸 4-差向异构酶参与带负电荷的单糖的合成，该单糖形成果胶细胞壁成分的主链。	The biosynthesis of D-Galacturonate in plants. functional cloning and characterization of a membrane-anchored UDP-D-Glucuronate 4-epimerase from Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.043745
`At1g02000`	参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。	暂无已核实直接文献
`At2g45310`	参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。	暂无已核实直接文献
`At4g00110`	参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。	暂无已核实直接文献
`At3g23820`	参与带负电荷的单糖的合成，该单糖形成果胶细胞壁成分的主链。	Identification and characterization of a UDP-D-glucuronate 4-epimerase in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1016/j.febslet.2004.06.005

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002870 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0033481 galacturonate biosynthetic process 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0032580 Golgi cisterna membrane 细胞组分

GO:0016854 racemase and epimerase activity 分子功能

GO:0050378 UDP-glucuronate 4-epimerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02000

ath:AT2G45310

ath:AT3G23820

ath:AT4G00110

ath:AT4G30440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.407

排名 1 · LXL04_002870 · OH-1004

内质网0.268

排名 2 · LXL04_002870 · OH-1004

溶酶体／液泡0.121

排名 3 · LXL04_002870 · OH-1004

细胞质0.098

排名 4 · LXL04_002870 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 5 · LXL04_002870 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01370.28Epimerase64-302 aa

PF04321.24RmlD_sub_bind64-247 aa

PF02719.22Polysacc_synt_264-291 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd65-382 aa

PF01073.263Beta_HSD65-292 aa

PF07993.19NAD_binding_4115-247 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002870	`PF01370.28`	Epimerase	64	302	1.1e-50	173.0
LXL04_002870	`PF04321.24`	RmlD_sub_bind	64	247	4e-10	40.0
LXL04_002870	`PF02719.22`	Polysacc_synt_2	64	291	1.7e-09	38.0
LXL04_002870	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	65	382	1.3e-42	147.2
LXL04_002870	`PF01073.26`	3Beta_HSD	65	292	6.9e-12	45.7
LXL04_002870	`PF07993.19`	NAD_binding_4	115	247	6.2e-06	26.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0B6`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 1	65.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LPC1`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 2	61.399%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22141`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 4	65.266%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81312`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 3	64.387%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LIS3`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 6	60.167%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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