LXL04_002604 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002604

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 52793177-52800295 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4356 bp · LXL04_002604|LXL04_002604|OH1004|cDNA

ATGCTGAGCTCAACCACCACTTATTTTCTTCGTGACCTTATCTACTTGATCAGGTTTTCCTTCAAAACTAGGGTTTTTTATGTCAATGTGCTGTTAAGAATGTGGAATTCGGCGGAGAATCTGTCAGTGAGATCGTCGTCATTTCGGGAAGACGGTGATGACGAGGAGGCGTTGCGATGGGCGGCTATCGAGAGGTTGCCGACTTACAGTCGAGTTCGGAAGGGTATATTTACTAATATCTTCGGAGATTCGAAGGAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

4356 bp · LXL04_002604|LXL04_002604|OH1004|CDS

ATGCTGAGCTCAACCACCACTTATTTTCTTCGTGACCTTATCTACTTGATCAGGTTTTCCTTCAAAACTAGGGTTTTTTATGTCAATGTGCTGTTAAGAATGTGGAATTCGGCGGAGAATCTGTCAGTGAGATCGTCGTCATTTCGGGAAGACGGTGATGACGAGGAGGCGTTGCGATGGGCGGCTATCGAGAGGTTGCCGACTTACAGTCGAGTTCGGAAGGGTATATTTACTAATATCTTCGGAGATTCGAAGGAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1451 aa · LXL04_002604|LXL04_002604|OH1004|PROTEIN

MLSSTTTYFLRDLIYLIRFSFKTRVFYVNVLLRMWNSAENLSVRSSSFREDGDDEEALRWAAIERLPTYSRVRKGIFTNIFGDSKEVEVNKLEVEELNVLLDRLLNSADDDWKRFFDRMRRRFDAVDLEFPKIEIRFQNLNIETYVHVGSRALPTITNFIVNMTEAFLRQLKIYKGKRRKLTILDDVSGIIRPSRMTLLLGPPSSGKTTLMLALAGRLGHHLKMSGKITYNGHGLKEFVPQRTAAYVSQQDWHIGEMTVR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002604`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002604

位置 Chr01:52793177-52800295 (+)

描述 Similar to ABCG32: ABC transporter G family member 32

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26910`	可能是一种通用防御蛋白（通过相似性推测）。	A member of the PLEIOTROPIC DRUG RESISTANCE family of ATP binding cassette transporters is required for the formation of a functional cuticle in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.083121

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0177900`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os01g0609900`	可能是一种一般防御蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002604 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009914 hormone transport 生物过程

GO:0080051 cutin transport 生物过程

GO:2000032 regulation of secondary shoot formation 生物过程

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26910

dosa:Os01g0177900

dosa:Os01g0609900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.502

排名 1 · LXL04_002604 · OH-1004

内质网0.188

排名 2 · LXL04_002604 · OH-1004

溶酶体／液泡0.169

排名 3 · LXL04_002604 · OH-1004

细胞质0.111

排名 4 · LXL04_002604 · OH-1004

高尔基体0.092

排名 5 · LXL04_002604 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14510.12ABC_trans_N106-159 aa

PF00005.34ABC_tran184-366 aa

PF19055.7ABC2_membrane_7399-493 aa

PF01061.30ABC2_membrane521-732 aa

PF08370.17PDR_assoc737-800 aa

PF00005.34ABC_tran879-1029 aa

PF01061.30ABC2_membrane1175-1388 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002604	`PF14510.12`	ABC_trans_N	106	159	5.9e-07	30.5
LXL04_002604	`PF00005.34`	ABC_tran	184	366	1.9e-36	126.4
LXL04_002604	`PF19055.7`	ABC2_membrane_7	399	493	7e-16	58.8
LXL04_002604	`PF01061.30`	ABC2_membrane	521	732	1.2e-95	319.7
LXL04_002604	`PF08370.17`	PDR_assoc	737	800	7.6e-27	93.6
LXL04_002604	`PF00005.34`	ABC_tran	879	1029	1.9e-36	126.4
LXL04_002604	`PF01061.30`	ABC2_membrane	1175	1388	1.2e-95	319.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81016`	拟南芥	ABC transporter G family member 32	74.366%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GU87`	水稻	ABC transporter G family member 31	70.819%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GU89`	水稻	ABC transporter G family member 37	60.737%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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