LXL04_002531 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002531

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 50878800-50884085 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3360 bp · LXL04_002531|LXL04_002531|OH1004|cDNA

ATGAAGACGATTTCACGCAGATTGAAAATCTTCATTTTCAATCTCTCTATCATTGTCCTCTTTTCATCAATTTTCTTATTTCGTTTCAGCAAACCCCCTAAGCACCAAACCCTAACCTCCGAAATATCACCAAAAGGACAAGAACAAGAAGGGACGGTAGCTCGGAGAAACTACATAGTTAGATTCATCGAGTACAAGAAAGCGGAGCATCACAAGGAGTATCTCCTGCAGAGCACGCAGGAGAAATTAAATGTTTCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3360 bp · LXL04_002531|LXL04_002531|OH1004|CDS

ATGAAGACGATTTCACGCAGATTGAAAATCTTCATTTTCAATCTCTCTATCATTGTCCTCTTTTCATCAATTTTCTTATTTCGTTTCAGCAAACCCCCTAAGCACCAAACCCTAACCTCCGAAATATCACCAAAAGGACAAGAACAAGAAGGGACGGTAGCTCGGAGAAACTACATAGTTAGATTCATCGAGTACAAGAAAGCGGAGCATCACAAGGAGTATCTCCTGCAGAGCACGCAGGAGAAATTAAATGTTTCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1119 aa · LXL04_002531|LXL04_002531|OH1004|PROTEIN

MKTISRRLKIFIFNLSIIVLFSSIFLFRFSKPPKHQTLTSEISPKGQEQEGTVARRNYIVRFIEYKKAEHHKEYLLQSTQEKLNVSSSWEWINRNNPASKFPTDFGVVAIDDEAASSIIGEFERLKLVKDVRVDSSYQLRNLLSSNKNEKNERVGSFSDGKKKPGKIFTSMSFRESEENVAAAATSNQTIDWARHLLSQRSQVTSLFGADALWSKGYTGAKVKMAIFDTGIRSDHPHFRNIKERTNWTNEDTLNDNLGHG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002531`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002531

位置 Chr01:50878800-50884085 (-)

描述 Similar to SBT6.1: Subtilisin-like protease SBT6.1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19660`	丝氨酸蛋白酶，催化各种因子蛋白水解激活的第一步（位点-1切割），随后进行位点-2切割。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002531 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006607 NLS-bearing protein import into nucleus 生物过程

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0006972 hyperosmotic response 生物过程

GO:0007040 lysosome organization 生物过程

GO:0007095 mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0008203 cholesterol metabolic process 生物过程

GO:0016485 protein processing 生物过程

GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程

GO:0031293 membrane protein intracellular domain proteolysis 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G19660

cge:100689417

hsa:8720

mmu:56453

rno:89842

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.387

排名 1 · LXL04_002531 · OH-1004

内质网0.231

排名 2 · LXL04_002531 · OH-1004

溶酶体／液泡0.195

排名 3 · LXL04_002531 · OH-1004

细胞质0.115

排名 4 · LXL04_002531 · OH-1004

细胞膜0.094

排名 5 · LXL04_002531 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23001.2MBTP1_N54-133 aa

PF00082.28Peptidase_S8219-471 aa

PF23094.3MBTPS1_3rd499-627 aa

PF23090.2MBTPS1_4th628-898 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002531	`PF23001.2`	MBTP1_N	54	133	3.3e-18	66.5
LXL04_002531	`PF00082.28`	Peptidase_S8	219	471	5.6e-41	141.4
LXL04_002531	`PF23094.3`	MBTPS1_3rd	499	627	1.6e-53	180.6
LXL04_002531	`PF23090.2`	MBTPS1_4th	628	898	1.2e-141	471.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WUG6`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT6.1	71.498%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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