LXL04_002459 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002459

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 49148496-49151407 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1044 bp · LXL04_002459|LXL04_002459|OH1004|cDNA

ATGGCGGATTCCAGTGATTCCGTCTCTGTTGATATGGAAACTATATATCTCGGTGGGAAGGAACATATCATTCGGACAGGGCGTGGGTCCGTGTCTGTGATCGTGTATGGAGATCAAGAAAAGCCACCATTGATTACTTATCCCGATTTAGCTCTAAATCATATGTTGTGTTTCCAAGGATTATTCTTCTGTCCAGAAGCAGCTTCATTGCTCCTCCATAATTTCTGCATTTATCACATTAGTCCACCTGGACACGAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1038 bp · LXL04_002459|LXL04_002459|OH1004|CDS

ATGGCGGATTCCAGTGATTCCGTCTCTGTTGATATGGAAACTATATATCTCGGTGGGAAGGAACATATCATTCGGACAGGGCGTGGGTCCGTGTCTGTGATCGTGTATGGAGATCAAGAAAAGCCACCATTGATTACTTATCCCGATTTAGCTCTAAATCATATGTTGTGTTTCCAAGGATTATTCTTCTGTCCAGAAGCAGCTTCATTGCTCCTCCATAATTTCTGCATTTATCACATTAGTCCACCTGGACACGAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

345 aa · LXL04_002459|LXL04_002459|OH1004|PROTEIN

MADSSDSVSVDMETIYLGGKEHIIRTGRGSVSVIVYGDQEKPPLITYPDLALNHMLCFQGLFFCPEAASLLLHNFCIYHISPPGHELGAAAICTDDPILSVDDLCDQILEVLNYFRLGAVMCMGATAGAYILTLFAIKYKERVTGLILVSPLCKAPSWTEWIYNKLMSNLLYYYGMCGLLKECLLQRYFSKEVRGNPEIPESDIVQACRKLLDERQSMNVWRYLQAIDRRPDITEGLKKLKCRTLIFVGDSSPFHSEALH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002459`
TK1151 ID	TkA01G457690
OH-1004 ID	LXL04_002459
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 65.217 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002459

位置 Chr01:49148496-49151407 (-)

描述 Similar to NDL1: Protein NDL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g56750`	与异源三聚体 G 蛋白 β 亚基 GB1 相互作用，在 GB1 依赖性侧根形成调节中发挥重要作用。	Arabidopsis N-MYC DOWNREGULATED-LIKE1, a positive regulator of auxin transport in a G protein-mediated pathway.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.065557
`At5g11790`	参与调节根生长素运输和生长素梯度的信号通路。	Arabidopsis N-MYC DOWNREGULATED-LIKE1, a positive regulator of auxin transport in a G protein-mediated pathway.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.065557
`At2g19620`	参与调节根生长素运输和生长素梯度的信号通路。	Arabidopsis N-MYC DOWNREGULATED-LIKE1, a positive regulator of auxin transport in a G protein-mediated pathway.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.065557

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002459 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0060918 auxin transport 生物过程

GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0048471 perinuclear region of cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19620

ath:AT5G11790

ath:AT5G56750

pon:100174656

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.544

排名 1 · LXL04_002459 · OH-1004

细胞核0.185

排名 2 · LXL04_002459 · OH-1004

细胞膜0.176

排名 3 · LXL04_002459 · OH-1004

高尔基体0.133

排名 4 · LXL04_002459 · OH-1004

线粒体0.112

排名 5 · LXL04_002459 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03096.21Ndr21-305 aa

PF00561.27Abhydrolase_163-174 aa

PF12146.16Hydrolase_4101-251 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002459	`PF03096.21`	Ndr	21	305	4.1e-116	387.4
LXL04_002459	`PF00561.27`	Abhydrolase_1	63	174	3.8e-07	30.7
LXL04_002459	`PF12146.16`	Hydrolase_4	101	251	4.5e-06	26.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJT7`	拟南芥	Protein NDL1	81.105%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ASU8`	拟南芥	Protein NDL2	74.419%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZUN1`	拟南芥	Protein NDL3	73.761%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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