LXL04_002454 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002454

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 49127442-49129530 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

852 bp · LXL04_002454|LXL04_002454|OH1004|cDNA

ATGCCAGCAGGCGAACCCCGACGCCCGGATGCGGCGGACGAGGCACAGTGGGTATGGGCTGAGATCAAGGCGGAGGCTCGCCGTGACGCCGAGTCGGAGCCGGCGTTGGCTAGCTACTTATACTCCACCATAATCTCTCACTCCACTTTGGATCGGTCTCTCTCGTTCCACCTTGGAAATAAGCTTTGCTCCTCCACGTTGCTGTCAACTCTGCTGTACGATCTCTTCCTGAACGCGTTCTCCGGCGACCCAGACCTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

852 bp · LXL04_002454|LXL04_002454|OH1004|CDS

ATGCCAGCAGGCGAACCCCGACGCCCGGATGCGGCGGACGAGGCACAGTGGGTATGGGCTGAGATCAAGGCGGAGGCTCGCCGTGACGCCGAGTCGGAGCCGGCGTTGGCTAGCTACTTATACTCCACCATAATCTCTCACTCCACTTTGGATCGGTCTCTCTCGTTCCACCTTGGAAATAAGCTTTGCTCCTCCACGTTGCTGTCAACTCTGCTGTACGATCTCTTCCTGAACGCGTTCTCCGGCGACCCAGACCTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

283 aa · LXL04_002454|LXL04_002454|OH1004|PROTEIN

MPAGEPRRPDAADEAQWVWAEIKAEARRDAESEPALASYLYSTIISHSTLDRSLSFHLGNKLCSSTLLSTLLYDLFLNAFSGDPDLQSAAVADLRATRTRDPACVSFSHCLLNYKGFLACQAHRVAHKLWTQSRRPLALALQSRISDVFAVDIHPGAKLGKGILFDHATGVVVGETAVIGDNVSLLHHVTLGGTGKAGGDRHPKIGDGVLIGAGATILGNVKIGAGANIGAGSVVLIEVPPRATAVGNPARVVEGKEASK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002454`
TK1151 ID	TkA01G457610
OH-1004 ID	LXL04_002454
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002454

位置 Chr01:49127442-49129530 (+)

描述 Similar to SAT5: Serine acetyltransferase 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g56760`	丝氨酸乙酰转移酶5。	暂无已核实直接文献
`At3g13110`	线粒体丝氨酸乙酰基转移酶3。	暂无已核实直接文献
`At1g55920`	丝氨酸乙酰转移酶，催化乙酰辅酶A和L-丝氨酸生成O-乙酰-L-丝氨酸。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0533500`	可能的丝氨酸乙酰转移酶5。	暂无已核实直接文献
`Os01g0720700`	可能的丝氨酸乙酰转移酶 1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002454 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006535 L-cysteine biosynthetic process from L-serine 生物过程

GO:0009970 cellular response to sulfate starvation 生物过程

GO:0019344 L-cysteine biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0009001 serine O-acetyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G55920

ath:AT3G13110

ath:AT5G56760

dosa:Os01g0720700

dosa:Os05g0533500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.430

排名 1 · LXL04_002454 · OH-1004

细胞核0.250

排名 2 · LXL04_002454 · OH-1004

线粒体0.195

排名 3 · LXL04_002454 · OH-1004

质体0.121

排名 4 · LXL04_002454 · OH-1004

过氧化物酶体0.084

排名 5 · LXL04_002454 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06426.20SATase_N18-122 aa

PF00132.31Hexapep202-235 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002454	`PF06426.20`	SATase_N	18	122	7e-36	123.4
LXL04_002454	`PF00132.31`	Hexapep	202	235	2.9e-14	52.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42538`	拟南芥	Serine acetyltransferase 5	83.209%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39218`	拟南芥	Serine acetyltransferase 3, mitochondrial	58.545%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q42588`	拟南芥	Serine acetyltransferase 1, chloroplastic	58.052%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0DGG8`	水稻	Probable serine acetyltransferase 5	74.737%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W0E4`	水稻	Probable serine acetyltransferase 1	76.471%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情