LXL04_002213 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002213

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 43840120-43845856 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3117 bp · LXL04_002213|LXL04_002213|OH1004|cDNA

ATGGGTGAGGATCCAGTGAATCTGAATGAGTATCAAGAATTGGCAAGACAGGCCCTTCCAAAAATGTATTACGACTACTTTTCTGGAGGATCCGAGGATCAACACACGCTAAGAGAGAATGTTGAAGCATTTAAACGAATCACTCTTCGACCAAGAATTCTTGTGGATGTGAGCAAAATAGATATGTCGACAACAATTTTGGGTTACAAAACTTCAGCACCCATTATGATCGCCCCAACCGCTATGCATAAGTTAGCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

3117 bp · LXL04_002213|LXL04_002213|OH1004|CDS

ATGGGTGAGGATCCAGTGAATCTGAATGAGTATCAAGAATTGGCAAGACAGGCCCTTCCAAAAATGTATTACGACTACTTTTCTGGAGGATCCGAGGATCAACACACGCTAAGAGAGAATGTTGAAGCATTTAAACGAATCACTCTTCGACCAAGAATTCTTGTGGATGTGAGCAAAATAGATATGTCGACAACAATTTTGGGTTACAAAACTTCAGCACCCATTATGATCGCCCCAACCGCTATGCATAAGTTAGCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1038 aa · LXL04_002213|LXL04_002213|OH1004|PROTEIN

MGEDPVNLNEYQELARQALPKMYYDYFSGGSEDQHTLRENVEAFKRITLRPRILVDVSKIDMSTTILGYKTSAPIMIAPTAMHKLAHPEGEVLTARAAGSCDVIMGLSFMSTCTIEEVASSCNAVRLFQLYVYKKREISALMVKRAEANGFKAILLTVDTPKLGRREADIKNKMIAPQLKNFEGLVSTKVEDDEGSNLEAFAARSFDPSLSWKDIAWLKSITKLPILVKGILTREDAIKALEVGVEGIIVSNHGARQLDF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002213`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002213

位置 Chr01:43840120-43845856 (-)

描述 Similar to GLO4: Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase GLO4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14130`	氧化酶，催化广泛的 2-羟基酸氧化为相应的 2-酮酸，同时 O2 被还原为 H2O2。	暂无已核实直接文献
`At3g14150`	氧化酶，催化广泛的 2-羟基酸氧化为相应的 2-酮酸，同时 O2 被还原为 H2O2。	暂无已核实直接文献
`At4g18360`	催化甘醇酸氧化为乙醛酸，同时 O2 被还原为 H2O2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0616500`	氧化酶，催化广泛的 2-羟基酸氧化为相应的 2-酮酸，同时 O2 被还原为 H2O2。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8B8K5`	氧化酶，催化广泛的 2-羟基酸氧化为相应的 2-酮酸，同时 O2 被还原为 H2O2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002213 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006631 fatty acid metabolic process 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0009854 oxidative photosynthetic carbon pathway 生物过程

GO:0010109 regulation of photosynthesis 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046718 symbiont entry into host cell 生物过程

GO:0050665 hydrogen peroxide biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003973 (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity 分子功能

GO:0010181 FMN binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14130

ath:AT3G14150

ath:AT4G18360

dosa:Os07g0616500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.605

排名 1 · LXL04_002213 · OH-1004

细胞质0.416

排名 2 · LXL04_002213 · OH-1004

内质网0.046

排名 3 · LXL04_002213 · OH-1004

细胞膜0.044

排名 4 · LXL04_002213 · OH-1004

线粒体0.037

排名 5 · LXL04_002213 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01070.25FMN_dh15-352 aa

PF00478.32IMPDH264-309 aa

PF04434.23SWIM871-898 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002213	`PF01070.25`	FMN_dh	15	352	4.8e-134	447.5
LXL04_002213	`PF00478.32`	IMPDH	264	309	8.3e-08	32.3
LXL04_002213	`PF04434.23`	SWIM	871	898	1.9e-07	31.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJH5`	拟南芥	Peroxisomal (S)-2-hydroxyacid oxidase GLO4	76.081%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q24JJ8`	拟南芥	Peroxisomal (S)-2-hydroxyacid oxidase GLO3	73.775%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O49506`	拟南芥	Glycolate oxidase 3	62.464%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H3I4`	水稻	Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase GLO4	68.768%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B8B8K5`	水稻	Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase GLO4	67.908%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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