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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_002053
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 40992167-40993550 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1104 bp · LXL04_002053|LXL04_002053|OH1004|cDNA

ATGCATACAAGACTCCCAGTCGCTGATTATACTTTCAAAGCCCATCCCATGATCAATCAAAAGCATTTAGACTTAAACTCCATGAAAGAGTTGCCAGAAACGCATGCATGGTTATCACAAGATTGCTCCAGTAGTCCTTATGGCTCCCCAACTTCCGAGCAAGTACCGGTGATTAACCTCAAAGATCCAAACGCCATGAAACTTGTTGGCCATGCATGCAAAACTTGGGGTGTATTTCAGGTCACCAACCATGGAATCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1104 bp · LXL04_002053|LXL04_002053|OH1004|CDS

ATGCATACAAGACTCCCAGTCGCTGATTATACTTTCAAAGCCCATCCCATGATCAATCAAAAGCATTTAGACTTAAACTCCATGAAAGAGTTGCCAGAAACGCATGCATGGTTATCACAAGATTGCTCCAGTAGTCCTTATGGCTCCCCAACTTCCGAGCAAGTACCGGTGATTAACCTCAAAGATCCAAACGCCATGAAACTTGTTGGCCATGCATGCAAAACTTGGGGTGTATTTCAGGTCACCAACCATGGAATCCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

367 aa · LXL04_002053|LXL04_002053|OH1004|PROTEIN

MHTRLPVADYTFKAHPMINQKHLDLNSMKELPETHAWLSQDCSSSPYGSPTSEQVPVINLKDPNAMKLVGHACKTWGVFQVTNHGIPTNLLEEMEASGRKLFALPIQQKLKAARAPDGVSGYGVARISSFFPKLMWSEGFTIIGSPYEHARKLWPNRYNRFCDVIEGYKNEMNKLAQRLMGLMLGSLGVTMEDVKWAGSQGSCPALQLNSYPACPDPDRAMGLAAHTDSTLLTILYQNNTSGLQAHKEGTGWVTVPPIPG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_002053
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_002053
位置Chr01:40992167-40993550 (+)
描述Similar to LE: Gibberellin 3-beta-dioxygenase 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g15550 将无活性的赤霉素 前体 GA9 和 GA20 分别转化为生物活性赤霉素 GA4 和 GA1。
Distinct and overlapping roles of two gibberellin 3-oxidases in Arabidopsis development.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02642.x
At1g80340 将无活性的赤霉素 前体 GA9 和 GA20 转化为生物活性赤霉素 GA4 和 GA1。
Distinct and overlapping roles of two gibberellin 3-oxidases in Arabidopsis development.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02642.x
Phytochrome regulation and differential expression of gibberellin 3beta-hydroxylase genes in germinating Arabidopsis seeds.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.12.2115
At1g80330 将无活性的赤霉素 前体 GA9 和 GA20 转化为生物活性赤霉素 GA4 和 GA1。
Purification and kinetic studies of recombinant gibberellin dioxygenases.2005 · DOI: 10.1186/1471-2229-5-19
Distinct and overlapping roles of two gibberellin 3-oxidases in Arabidopsis development.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02642.x
At4g21690 将无活性的赤霉素 前体 GA9 和 GA20 转化为生物活性赤霉素 GA4 和 GA1。
Distinct and overlapping roles of two gibberellin 3-oxidases in Arabidopsis development.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02642.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002053 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009639 response to red or far red light 生物过程
GO:0009686 gibberellin biosynthetic process 生物过程
GO:0009739 response to gibberellin 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0010114 response to red light 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016707 gibberellin 3-beta-dioxygenase activity 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G15550
ath:AT1G80330
ath:AT1G80340
ath:AT4G21690
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.466
排名 1 · LXL04_002053 · OH-1004
细胞核0.291
排名 2 · LXL04_002053 · OH-1004
质体0.197
排名 3 · LXL04_002053 · OH-1004
过氧化物酶体0.115
排名 4 · LXL04_002053 · OH-1004
线粒体0.100
排名 5 · LXL04_002053 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14226.13DIOX_N55-155 aa
PF03171.272OG-FeII_Oxy205-302 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_002053PF14226.13DIOX_N551554.1e-2176.5
LXL04_002053PF03171.272OG-FeII_Oxy2053027.4e-34116.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q39103拟南芥Gibberellin 3-beta-dioxygenase 157.514%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9ZT84拟南芥Gibberellin 3-beta-dioxygenase 256.268%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9C971拟南芥Gibberellin 3-beta-dioxygenase 452.047%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SVS8拟南芥Gibberellin 3-beta-dioxygenase 347.851%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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