LXL04_001992 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001992

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 38546932-38549097 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1918 bp · LXL04_001992|LXL04_001992|OH1004|cDNA

TTTCAAAGGTAAAATGGCTGAACAGGCCGGAACAGAGCTATCAGCATCTGCTTTTGACTACATGCTCTATGAAGGGGATCCTGAACATCTTCGAACAGTTAAAGCCACACCATCACAACCCAATCCTCGGATCGACTCATCTCTTTTAAAACTCAAGCACAGAATTGGACATGGACCTTTTGGTGATGTCTGGTTGGCTACTCATCATCAATCAGGACATGATTATGATGAGTATCATGAAGTCGCCATGAAGATGTTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · LXL04_001992|LXL04_001992|OH1004|CDS

ATGGCTGAACAGGCCGGAACAGAGCTATCAGCATCTGCTTTTGACTACATGCTCTATGAAGGGGATCCTGAACATCTTCGAACAGTTAAAGCCACACCATCACAACCCAATCCTCGGATCGACTCATCTCTTTTAAAACTCAAGCACAGAATTGGACATGGACCTTTTGGTGATGTCTGGTTGGCTACTCATCATCAATCAGGACATGATTATGATGAGTATCATGAAGTCGCCATGAAGATGTTACATCCAATTAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

634 aa · LXL04_001992|LXL04_001992|OH1004|PROTEIN

MAEQAGTELSASAFDYMLYEGDPEHLRTVKATPSQPNPRIDSSLLKLKHRIGHGPFGDVWLATHHQSGHDYDEYHEVAMKMLHPIKEEDIPKFLAKFDDLFLKIRKLQHVCWLHGISIISRKGFQHVCIAMKFYEGSVGDRMAKLKGGKLPLPDVLRYGVGLAKGIREVHSLGNLVLNIKPTNLLLNEHDEVVLGDFGIPYLLLGVQLPDPDMSLRVGSPNYMAPEQWDPEVRGPISLETDSWGFGCCILEMLTGGQPWS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001992`
TK1151 ID	TkAUNG093660
OH-1004 ID	LXL04_001992
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.416 / OH-1004 43.533 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001992

位置 Chr01:38546932-38549097 (-)

描述 Similar to KEG: E3 ubiquitin-protein ligase KEG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32250`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，通过磷酸化TOC159、TOC120和TOC132的A结构域等输入受体部位，调控质体蛋白输入系统。	The novel chloroplast outer membrane kinase KOC1 is a required component of the plastid protein import machinery.2017 · DOI: 10.1074/jbc.m117.776468
`At5g13530`	介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。	Powdery mildew resistance conferred by loss of the ENHANCED DISEASE RESISTANCE1 protein kinase is suppressed by a missense mutation in KEEP ON GOING, a regulator of abscisic acid signaling.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.127605
`At2g17700`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可特异性磷酸化细胞质中可裂解前序列内的叶绿体前体蛋白。	A protein kinase family in Arabidopsis phosphorylates chloroplast precursor proteins.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m606580200 The cytosolic kinases STY8, STY17, and STY46 are involved in chloroplast differentiation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182774
`At4g38470`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可特异性磷酸化细胞质中可裂解前序列内的叶绿体前体蛋白。	A protein kinase family in Arabidopsis phosphorylates chloroplast precursor proteins.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m606580200 The cytosolic kinases STY8, STY17, and STY46 are involved in chloroplast differentiation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182774
`At4g35780`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可特异性磷酸化细胞质中可裂解前序列内的叶绿体前体蛋白。	A protein kinase family in Arabidopsis phosphorylates chloroplast precursor proteins.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m606580200 The cytosolic kinases STY8, STY17, and STY46 are involved in chloroplast differentiation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.182774

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001992 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0009704 de-etiolation 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016197 endosomal transport 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0032940 secretion by cell 生物过程

GO:0045036 protein targeting to chloroplast 生物过程

GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17700

ath:AT4G32250

ath:AT5G13530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.240

排名 1 · LXL04_001992 · OH-1004

细胞核0.210

排名 2 · LXL04_001992 · OH-1004

细胞膜0.205

排名 3 · LXL04_001992 · OH-1004

质体0.158

排名 4 · LXL04_001992 · OH-1004

内质网0.151

排名 5 · LXL04_001992 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr45-313 aa

PF00069.32Pkinase47-312 aa

PF18346.8SH3_15355-461 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001992	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	45	313	1.1e-24	87.9
LXL04_001992	`PF00069.32`	Pkinase	47	312	1.7e-22	80.8
LXL04_001992	`PF18346.8`	SH3_15	355	461	4.6e-07	30.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWX4`	拟南芥	Protein KINASE OF THE OUTER CHLOROPLAST MEMBRANE 1	56.240%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FY48`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase KEG	30.847%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O22558`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase STY8	25.993%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4JTP5`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase STY46	26.978%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8RWL6`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase STY17	26.642%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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