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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_001648
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 30754607-30757115 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2418 bp · LXL04_001648|LXL04_001648|OH1004|cDNA

ATGCAACTGAGCACCAGTAGTCGTGAGCTATCACCCTTCATCTTCCCTCTCTCCTCTATTCCCTCCCTTGATAAAAGCTACACGGCACCCATGCGCACAACCCCATCCCTCCTCCGCTCTCTCTCCACCTCCCTCCCTAACCACCACCGCCGTATCCTCATCCAACGTACTTTCTCCCTCTTTAAACCCCACCTTGTAAACCCTCCTCGAATCTCACTCTTTTGTACTCGCTCCGCGGAACAATCGTCAGTCAGTAATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2361 bp · LXL04_001648|LXL04_001648|OH1004|CDS

ATGCAACTGAGCACCAGTAGTCGTGAGCTATCACCCTTCATCTTCCCTCTCTCCTCTATTCCCTCCCTTGATAAAAGCTACACGGCACCCATGCGCACAACCCCATCCCTCCTCCGCTCTCTCTCCACCTCCCTCCCTAACCACCACCGCCGTATCCTCATCCAACGTACTTTCTCCCTCTTTAAACCCCACCTTGTAAACCCTCCTCGAATCTCACTCTTTTGTACTCGCTCCGCGGAACAATCGTCAGTCAGTAATTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

786 aa · LXL04_001648|LXL04_001648|OH1004|PROTEIN

MQLSTSSRELSPFIFPLSSIPSLDKSYTAPMRTTPSLLRSLSTSLPNHHRRILIQRTFSLFKPHLVNPPRISLFCTRSAEQSSVSNFVELLADENEDLEFDKDNEPFTFDASFRSNDDSKNLNLSPSLDVKELDELPEQWRRSKLAWLCKELPAHKAPTLIRILNAQRKWVNQEDMTYVTVHCMRIRENETGFRVYKWMMQQHWFRFDFSLATKLADYMGKERKYLKCREIFDDIINHGLIPTEYTFHILIISYLSSSNR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_001648
TK1151 IDTkA01G520610
OH-1004 IDLXL04_001648
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_001648
位置Chr01:30754607-30757115 (+)
描述Similar to OTP51: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15820, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g15820 促进叶绿体中 II 组内含子的剪接。
The pentatricopeptide repeat gene OTP51 with two LAGLIDADG motifs is required for the cis-splicing of plastid ycf3 intron 2 in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03581.x
At2g17140 含五聚肽重复结构的蛋白 At2g17140。 暂无已核实直接文献
At2g15630 含五重复肽的蛋白At2g15630，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g09680 推测为含五肽重复的蛋白At1g09680。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0702000 促进叶绿体中 II 组内含子的剪接。
A mutation of OSOTP 51 leads to impairment of photosystem I complex assembly and serious photo-damage in rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2012.01094.x
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001648 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程
GO:0006388 tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation 生物过程
GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程
GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0048564 photosystem I assembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G15630
ath:AT2G15820
ath:AT2G17140
dosa:Os02g0702000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.722
排名 1 · LXL04_001648 · OH-1004
质体0.202
排名 2 · LXL04_001648 · OH-1004
细胞核0.071
排名 3 · LXL04_001648 · OH-1004
细胞质0.037
排名 4 · LXL04_001648 · OH-1004
细胞膜0.012
排名 5 · LXL04_001648 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N261-333 aa
PF25062.2ARM_TT21_N328-484 aa
PF29070.1MSC6_N337-454 aa
PF29070.1MSC6_N471-558 aa
PF03161.19LAGLIDADG_2603-757 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_001648PF29070.1MSC6_N2613334.8e-2072.7
LXL04_001648PF25062.2ARM_TT21_N3284844.4e-0627.3
LXL04_001648PF29070.1MSC6_N3374544.8e-2072.7
LXL04_001648PF29070.1MSC6_N4715584.8e-2072.7
LXL04_001648PF03161.19LAGLIDADG_26037574.3e-40138.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XIL5拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15820, chloroplastic52.152%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q0WPZ6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1714023.824%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9ZQF1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15630, mitochondrial22.782%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O04491拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0968022.456%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q6ZHJ5水稻Pentatricopeptide repeat-containing protein OTP51, chloroplastic52.000%Swiss-Prot强数据库同源证据

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