LXL04_001472 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001472

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 27384508-27389639 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2682 bp · LXL04_001472|LXL04_001472|OH1004|cDNA

ATGGTGGTGGTTTCGAGTGGATTCGCTAGCTCTGTTGTTCTTACTGAATCCGATTTCAGAAACATGATGATcagtcgttcttcttcttcatctcgTTCGTTCGTTCATTTTAATCCACCGTCTTCGTCTTTAGCTTATGTTCCATCTCAGCTTCGTATAGACTCTAAGCCGGTTGGTGTTAGGAGATCGATATCCGATAGGGGATCAGCTCGTGTAAACCCTAGATGCGAGGATATGTCGGAGGGAACCACCGGTGATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2682 bp · LXL04_001472|LXL04_001472|OH1004|CDS

ATGGTGGTGGTTTCGAGTGGATTCGCTAGCTCTGTTGTTCTTACTGAATCCGATTTCAGAAACATGATGATCAGTCGTTCTTCTTCTTCATCTCGTTCGTTCGTTCATTTTAATCCACCGTCTTCGTCTTTAGCTTATGTTCCATCTCAGCTTCGTATAGACTCTAAGCCGGTTGGTGTTAGGAGATCGATATCCGATAGGGGATCAGCTCGTGTAAACCCTAGATGCGAGGATATGTCGGAGGGAACCACCGGTGATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

893 aa · LXL04_001472|LXL04_001472|OH1004|PROTEIN

MVVVSSGFASSVVLTESDFRNMMISRSSSSSRSFVHFNPPSSSLAYVPSQLRIDSKPVGVRRSISDRGSARVNPRCEDMSEGTTGDGSPASAKSSSLSALEALKTSAGDRYTKERSSVMVIGLNFHTSPVDIREKLSIPEAQLPQAISELCSLHHIEEAAVLSTCNRMEIYVVALSQHRGVKEVTEWMSKVSGVSVSEISRHQFLLYNKDATTHLFEVSSGLDSLVLGEGQILSQVKHVVKVSQGVPGFDRKISGLFKHA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001472`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001472

位置 Chr01:27384508-27389639 (+)

描述 Similar to HEMA1: Glutamyl-tRNA reductase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g58290`	催化 NADPH 依赖性谷氨酰-tRNA 还原为谷氨酸 1-半醛。	Divergent regulation of the HEMA gene family encoding glutamyl-tRNA reductase in Arabidopsis thaliana: expression of HEMA2 is regulated by sugars, but is independent of light and plastid signalling.2002 · DOI: 10.1023/a:1016081114758 Light regulation of chlorophyll biosynthesis at the level of 5-aminolevulinate formation in Arabidopsis.1994 · DOI: 10.1105/tpc.6.2.265
`At1g09940`	催化 NADPH 依赖性谷氨酰-tRNA 还原为谷氨酸 1-半醛。	Divergent regulation of the HEMA gene family encoding glutamyl-tRNA reductase in Arabidopsis thaliana: expression of HEMA2 is regulated by sugars, but is independent of light and plastid signalling.2002 · DOI: 10.1023/a:1016081114758 Induction of isoforms of tetrapyrrole biosynthetic enzymes, AtHEMA2 and AtFC1, under stress conditions and their physiological functions in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.100065 A second and differentially expressed glutamyl-tRNA reductase gene from Arabidopsis thaliana.1996 · DOI: 10.1007/bf00049321

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001472 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006779 porphyrin-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0006782 protoporphyrinogen IX biosynthetic process 生物过程

GO:0006783 heme biosynthetic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0033014 tetrapyrrole biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分

GO:0008883 glutamyl-tRNA reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:CAA63140

ath:AT1G09940

ath:AT1G58290

csv:101208135

csv:101220615

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.577

排名 1 · LXL04_001472 · OH-1004

细胞质0.261

排名 2 · LXL04_001472 · OH-1004

线粒体0.163

排名 3 · LXL04_001472 · OH-1004

细胞核0.155

排名 4 · LXL04_001472 · OH-1004

过氧化物酶体0.059

排名 5 · LXL04_001472 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05201.21GlutR_N121-271 aa

PF01488.27Shikimate_DH286-422 aa

PF03807.24F420_oxidored301-371 aa

PF00745.26GlutR_dimer436-539 aa

PF10607.15CTLH699-834 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001472	`PF05201.21`	GlutR_N	121	271	4.7e-49	166.8
LXL04_001472	`PF01488.27`	Shikimate_DH	286	422	1.1e-41	142.8
LXL04_001472	`PF03807.24`	F420_oxidored	301	371	1.6e-06	29.4
LXL04_001472	`PF00745.26`	GlutR_dimer	436	539	2.2e-19	70.3
LXL04_001472	`PF10607.15`	CTLH	699	834	2.4e-27	96.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P42804`	拟南芥	Glutamyl-tRNA reductase 1, chloroplastic	68.966%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P49294`	拟南芥	Glutamyl-tRNA reductase 2, chloroplastic	61.364%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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