LXL04_001264 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001264

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 23205942-23209159 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1824 bp · LXL04_001264|LXL04_001264|OH1004|cDNA

ATGCAGTCTTCGATCTCTCTTTCACTTTCTTCGGCTTCTCCGATCACTGTCAGATCCGATGGTGGAGCAAACTCCGCCGCCTCCGGCCTCTTCTTCAGCAACACCGCTACGCCTAACCAGCTTCGGTTCTGTGGCCTCAGAAGAGAAGCTTTCTCTGGATGCAAGTCCTCCAACAATGCAGTTATATTCAAACAATTGCGTTCCAAGACTAAGATTTCTGCTGCCTTGTCCACCAACGGAAATTCGGCCAAGGGTTTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1824 bp · LXL04_001264|LXL04_001264|OH1004|CDS

ATGCAGTCTTCGATCTCTCTTTCACTTTCTTCGGCTTCTCCGATCACTGTCAGATCCGATGGTGGAGCAAACTCCGCCGCCTCCGGCCTCTTCTTCAGCAACACCGCTACGCCTAACCAGCTTCGGTTCTGTGGCCTCAGAAGAGAAGCTTTCTCTGGATGCAAGTCCTCCAACAATGCAGTTATATTCAAACAATTGCGTTCCAAGACTAAGATTTCTGCTGCCTTGTCCACCAACGGAAATTCGGCCAAGGGTTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

607 aa · LXL04_001264|LXL04_001264|OH1004|PROTEIN

MQSSISLSLSSASPITVRSDGGANSAASGLFFSNTATPNQLRFCGLRREAFSGCKSSNNAVIFKQLRSKTKISAALSTNGNSAKGFDYDLVIIGAGVGGHGAALHAVEKGLKTAIIEGDVVGGTCVNRGCVPSKALLAVSGRMRELQNEHHMKSFGLQVAAAGYDRQGVADHAENLATKIRNNLTNSMKSLGVDILTGVGSVVGPQKVKYGKVGGTETVITAKNIIIATGSVPFVPKGVEVDGKTVITSDHALKLETVPE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001264`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001264

位置 Chr01:23205942-23209159 (+)

描述 Similar to LPD1: Dihydrolipoyl dehydrogenase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16950`	复合脂酰胺脱氢酶是质体丙酮酸脱氢酶复合物（PDC）的组成部分。	暂无已核实直接文献
`At4g16155`	复合脂酰胺脱氢酶是质体丙酮酸脱氢酶复合物（PDC）的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001264 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006086 pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA 生物过程

GO:0006103 2-oxoglutarate metabolic process 生物过程

GO:0045333 cellular respiration 生物过程

GO:0046685 response to arsenic-containing substance 生物过程

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G16950

ath:AT4G16155

cthr:CTHT_0048590

hma:rrnAC2953

syn:slr1096

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.914

排名 1 · LXL04_001264 · OH-1004

线粒体0.124

排名 2 · LXL04_001264 · OH-1004

细胞质0.023

排名 3 · LXL04_001264 · OH-1004

细胞核0.013

排名 4 · LXL04_001264 · OH-1004

细胞膜0.009

排名 5 · LXL04_001264 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07992.21Pyr_redox_288-423 aa

PF01134.29GIDA89-231 aa

PF12831.14FAD_oxidored89-230 aa

PF13434.13Lys_Orn_oxgnase209-274 aa

PF00070.34Pyr_redox262-338 aa

PF02852.29Pyr_redox_dim442-553 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001264	`PF07992.21`	Pyr_redox_2	88	423	8.3e-63	213.2
LXL04_001264	`PF01134.29`	GIDA	89	231	4.4e-07	30.0
LXL04_001264	`PF12831.14`	FAD_oxidored	89	230	4.7e-06	26.9
LXL04_001264	`PF13434.13`	Lys_Orn_oxgnase	209	274	9.3e-06	25.7
LXL04_001264	`PF00070.34`	Pyr_redox	262	338	8.1e-19	68.6
LXL04_001264	`PF02852.29`	Pyr_redox_dim	442	553	3e-33	115.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A8MS68`	拟南芥	Dihydrolipoyl dehydrogenase 1, chloroplastic	83.569%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JLP5`	拟南芥	Dihydrolipoyl dehydrogenase 2, chloroplastic	81.436%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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