LXL04_001224 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001224

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 22276771-22279260 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1482 bp · LXL04_001224|LXL04_001224|OH1004|cDNA

ATGACACCAACAAGAAAAGCAACGGGAGACCGCAAAAGCAGTGGTACAACTTTTTGTGCACGCAACTGCGACACCATTCCAGCCTTCGTCTTCATAACCAGAAAAACATGGATATATTTTCTTCTTTCGGATCATCTTCCTCGCATTTCGATTTTTATTGATTTTCATTTTATCTCCTCCTTTCTCCATACGATCGGAAATTTCAATTTTTCACCAAATCAACGAGATTTATATGGAGAAGGCTTGTATTCTATGTTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1482 bp · LXL04_001224|LXL04_001224|OH1004|CDS

ATGACACCAACAAGAAAAGCAACGGGAGACCGCAAAAGCAGTGGTACAACTTTTTGTGCACGCAACTGCGACACCATTCCAGCCTTCGTCTTCATAACCAGAAAAACATGGATATATTTTCTTCTTTCGGATCATCTTCCTCGCATTTCGATTTTTATTGATTTTCATTTTATCTCCTCCTTTCTCCATACGATCGGAAATTTCAATTTTTCACCAAATCAACGAGATTTATATGGAGAAGGCTTGTATTCTATGTTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

493 aa · LXL04_001224|LXL04_001224|OH1004|PROTEIN

MTPTRKATGDRKSSGTTFCARNCDTIPAFVFITRKTWIYFLLSDHLPRISIFIDFHFISSFLHTIGNFNFSPNQRDLYGEGLYSMFLTSLRQKQKRELEKLTLASQPIKTLRLCTLAVLQHLSSSFVYILAHGCLLVLLVAAIAGVGVFLVSDDGPRRKQVEELVEYLRFGLWWMALGVASSIGLGSGLHTFVLYLGPHIAFFTMKALQCGRVDIKSAPYDTIQFNRNPTWLKKDCSEFGPPLFSSLDGPPEVPLTSILP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001224`
TK1151 ID	TkA01G553830
OH-1004 ID	LXL04_001224
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 82.961 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001224

位置 Chr01:22276771-22279260 (+)

描述 Similar to KMS1: Vacuole membrane protein KMS1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14950`	参与早期分泌途径。	KMS1 and KMS2, two plant endoplasmic reticulum proteins involved in the early secretory pathway.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04522.x
`At1g05360`	参与早期分泌途径。	KMS1 and KMS2, two plant endoplasmic reticulum proteins involved in the early secretory pathway.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04522.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001224 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0010256 endomembrane system organization 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0016240 autophagosome membrane docking 生物过程

GO:0034329 cell junction assembly 生物过程

GO:0042953 lipoprotein transport 生物过程

GO:0098609 cell-cell adhesion 生物过程

GO:0140056 organelle localization by membrane tethering 生物过程

GO:1901896 positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05360

ath:AT4G14950

cel:CELE_Y37D8A.22

rno:192129

xla:432249

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.468

排名 1 · LXL04_001224 · OH-1004

高尔基体0.183

排名 2 · LXL04_001224 · OH-1004

细胞核0.151

排名 3 · LXL04_001224 · OH-1004

细胞膜0.134

排名 4 · LXL04_001224 · OH-1004

溶酶体／液泡0.131

排名 5 · LXL04_001224 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28607.1KMS1_N85-182 aa

PF09335.17VTT_dom272-368 aa

PF27639.1VMP1_C445-479 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001224	`PF28607.1`	KMS1_N	85	182	4e-35	120.8
LXL04_001224	`PF09335.17`	VTT_dom	272	368	1.1e-06	29.8
LXL04_001224	`PF27639.1`	VMP1_C	445	479	8.4e-15	54.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5XF36`	拟南芥	Vacuole membrane protein KMS1	62.907%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4I8Q7`	拟南芥	Vacuole membrane protein KMS2	63.158%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情