LXL04_001011 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001011

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 18446857-18460038 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

10659 bp · LXL04_001011|LXL04_001011|OH1004|cDNA

ATGAAATGGGTATCATTGCTTAAAGACTTCAAAGAAAAGGTCGGGTTAACAGCGCCTGCATCTGTTGCAtcttctccatcatcatctGCCTCCCCATCACCTTTCTATCCTGAAAGTAATAACAATGCTACTTCTTCGACACAAAATTACttctcctcctcttcttcaaGAGACAAATATGAACTGGAGTTGGACTTCAAGAGACATTGGGAAGACTTCCGTTCGTCATCTTCGGAGAAGGAAAAAGAAAAGGCCTTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

10659 bp · LXL04_001011|LXL04_001011|OH1004|CDS

ATGAAATGGGTATCATTGCTTAAAGACTTCAAAGAAAAGGTCGGGTTAACAGCGCCTGCATCTGTTGCATCTTCTCCATCATCATCTGCCTCCCCATCACCTTTCTATCCTGAAAGTAATAACAATGCTACTTCTTCGACACAAAATTACTTCTCCTCCTCTTCTTCAAGAGACAAATATGAACTGGAGTTGGACTTCAAGAGACATTGGGAAGACTTCCGTTCGTCATCTTCGGAGAAGGAAAAAGAAAAGGCCTTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3552 aa · LXL04_001011|LXL04_001011|OH1004|PROTEIN

MKWVSLLKDFKEKVGLTAPASVASSPSSSASPSPFYPESNNNATSSTQNYFSSSSSRDKYELELDFKRHWEDFRSSSSEKEKEKALNMTIDVFCRFVKQHSNVAQLITMLVETHIFSFVVGRAFVTDIDKLKLNNKARLLEIESLMGYFLEVNEDGIQPGSNLLQAVESLVSGPIDKQSLLDSGILCCLIHILNALLGPDGRNMNQKATSTEEESEVMNSPGPDRRLEVEGSVVHVMKALASHPAAAQSLIEDKSLQLLF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001011`
TK1151 ID	TkA01G566960
OH-1004 ID	LXL04_001011
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 35.248 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001011

位置 Chr01:18446857-18460038 (-)

描述 Similar to SPI: Protein SPIRRIG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g03060`	参与细胞形态发生。	暂无已核实直接文献
`At4g02660`	含BEACH结构域的蛋白A2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001011 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0033962 P-body assembly 生物过程

GO:0035973 aggrephagy 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:0080001 mucilage extrusion from seed coat 生物过程

GO:1902892 positive regulation of root hair elongation 生物过程

GO:1903335 regulation of vacuolar transport 生物过程

GO:1904580 regulation of intracellular mRNA localization 生物过程

GO:0000421 autophagosome membrane 细胞组分

GO:0000932 P-body 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03060

ath:AT4G02660

hsa:23001

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.446

排名 1 · LXL04_001011 · OH-1004

细胞核0.270

排名 2 · LXL04_001011 · OH-1004

高尔基体0.206

排名 3 · LXL04_001011 · OH-1004

细胞膜0.175

排名 4 · LXL04_001011 · OH-1004

内质网0.120

排名 5 · LXL04_001011 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13385.14Laminin_G_31097-1196 aa

PF14844.13PH_BEACH2845-2898 aa

PF02138.24Beach2932-3211 aa

PF24814.2WD40_Prp193264-3417 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz3264-3430 aa

PF24796.2WDR553265-3467 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC33266-3409 aa

PF20426.5NBCH_WD403267-3429 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001011	`PF13385.14`	Laminin_G_3	1097	1196	3e-06	28.1
LXL04_001011	`PF14844.13`	PH_BEACH	2845	2898	1.2e-07	32.5
LXL04_001011	`PF02138.24`	Beach	2932	3211	4.4e-121	404.2
LXL04_001011	`PF24814.2`	WD40_Prp19	3264	3417	5e-10	39.6
LXL04_001011	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	3264	3430	1.3e-09	38.6
LXL04_001011	`PF24796.2`	WDR55	3265	3467	5e-08	33.1
LXL04_001011	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	3266	3409	1e-17	64.8
LXL04_001011	`PF20426.5`	NBCH_WD40	3267	3429	2.8e-08	33.7
LXL04_001011	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	3289	3466	6.8e-09	36.0
LXL04_001011	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	3295	3378	3.1e-08	34.2
LXL04_001011	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	3298	3489	1.6e-16	61.2
LXL04_001011	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	3298	3466	1.2e-14	55.1
LXL04_001011	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	3306	3409	1e-17	64.8
LXL04_001011	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	3340	3487	1.5e-14	54.7
LXL04_001011	`PF00400.39`	WD40	3342	3376	1.2e-11	45.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HZB2`	拟南芥	Protein SPIRRIG	66.511%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JHT3`	拟南芥	BEACH domain-containing protein A2	61.538%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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