RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_001003
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 18342781-18343829 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

906 bp · LXL04_001003|LXL04_001003|OH1004|cDNA

ATGGCTTCTTCGATGCTCTATGAAACTCACCATGGTAATTCATCAACCCCAAAAGGGTCTGTAGCAAGGCCAGCTTCAAAGCCTCGATTCATTCAGCACAAAAAGGAGGCATACTGGTACTACAGGTTTGTGTCAATTATTTATGATAGCTCTACAAACCTTGGCCCATGGACTGAAGATATGCGAGCCGACGCACTTGAACCGGCTGATCTCAATCGCCGTGATTTGACAGTGGTGGACGTGGGTGGCGGCACTGGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

906 bp · LXL04_001003|LXL04_001003|OH1004|CDS

ATGGCTTCTTCGATGCTCTATGAAACTCACCATGGTAATTCATCAACCCCAAAAGGGTCTGTAGCAAGGCCAGCTTCAAAGCCTCGATTCATTCAGCACAAAAAGGAGGCATACTGGTACTACAGGTTTGTGTCAATTATTTATGATAGCTCTACAAACCTTGGCCCATGGACTGAAGATATGCGAGCCGACGCACTTGAACCGGCTGATCTCAATCGCCGTGATTTGACAGTGGTGGACGTGGGTGGCGGCACTGGGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

301 aa · LXL04_001003|LXL04_001003|OH1004|PROTEIN

MASSMLYETHHGNSSTPKGSVARPASKPRFIQHKKEAYWYYRFVSIIYDSSTNLGPWTEDMRADALEPADLNRRDLTVVDVGGGTGFATLGIVKHVDAKNVTILDQSPHQLAKAKEKEPLKECRIIEGDAEDLPFETDYADRYVSAGSIEYWPDPQRGVRESYRVLKKGGKACLIGPVYPTFWLSRFFADMWMLFPKEEEYIEWFEKAGFQDVQIKRIGPKWYRGVRRHGLIMGCSVTGVKPTSGDSPLQLGPKVEAIEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_001003
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_001003
位置Chr01:18342781-18343829 (+)
描述Similar to 2-methyl-6-phytyl-1,4-hydroquinone methyltransferase, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g63410 参与生育酚和质体醌合成中的关键甲基化步骤。
Highly divergent methyltransferases catalyze a conserved reaction in tocopherol and plastoquinone synthesis in cyanobacteria and photosynthetic eukaryotes.2003 · DOI: 10.1105/tpc.013656

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0179300 参与生育酚（维生素 E）和质体醌合成中的关键甲基化步骤。 暂无已核实直接文献
Os12g0615400 参与生育酚（维生素 E）和质体醌合成中的关键甲基化步骤。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001003 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009060 aerobic respiration 生物过程
GO:0009234 menaquinone biosynthetic process 生物过程
GO:0010189 vitamin E biosynthetic process 生物过程
GO:0010236 plastoquinone biosynthetic process 生物过程
GO:0032259 methylation 生物过程
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分
GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分
GO:0008425 2-methoxy-6-polyprenyl-1,4-benzoquinol methyltransferase activity 分子功能
GO:0008757 S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G63410
dosa:Os12g0615400
rhi:NGR_c37130
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.247
排名 1 · LXL04_001003 · OH-1004
高尔基体0.168
排名 2 · LXL04_001003 · OH-1004
质体0.168
排名 3 · LXL04_001003 · OH-1004
细胞质0.138
排名 4 · LXL04_001003 · OH-1004
线粒体0.105
排名 5 · LXL04_001003 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01209.25Ubie_methyltran70-176 aa
PF13489.13Methyltransf_2370-214 aa
PF13847.13Methyltransf_3174-177 aa
PF13649.13Methyltransf_2578-170 aa
PF08241.19Methyltransf_1179-173 aa
PF08242.19Methyltransf_1279-171 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_001003PF01209.25Ubie_methyltran701768.6e-1555.4
LXL04_001003PF13489.13Methyltransf_23702143.9e-0627.4
LXL04_001003PF13847.13Methyltransf_31741771.2e-1145.4
LXL04_001003PF13649.13Methyltransf_25781702.8e-1763.9
LXL04_001003PF08241.19Methyltransf_11791736.8e-2072.2
LXL04_001003PF08242.19Methyltransf_12791713e-1041.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LY74拟南芥2-methyl-6-phytyl-1,4-hydroquinone methyltransferase, chloroplastic76.667%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q6ZLD3水稻2-methyl-6-phytyl-1,4-hydroquinone methyltransferase 1, chloroplastic77.305%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q2QM69水稻2-methyl-6-phytyl-1,4-hydroquinone methyltransferase 2, chloroplastic77.061%Swiss-Prot强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看