LXL04_000720 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000720

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 13323211-13327194 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1872 bp · LXL04_000720|LXL04_000720|OH1004|cDNA

ATGGTTCCATTATTCCCGGTTGATGAAATATACCAAGTTTGTCGCAAGGCATGCTTGGACACTTTTGTGGAACACGTGGTTCATTGTAAAGAACTCCCGGATTTCAAGTATCGGCACGATATGGTTAGGGACGTTATTTTTTACATATGTAGGAGGCCCGGAATTTCCGCCAAGAAAGAAGCGCCTGTGGATTTTTTAACAGACCCATTGGATGGAAGATCCACTCTCAGATCGACAGATGTTTGGGTTTTTGGATGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1872 bp · LXL04_000720|LXL04_000720|OH1004|CDS

ATGGTTCCATTATTCCCGGTTGATGAAATATACCAAGTTTGTCGCAAGGCATGCTTGGACACTTTTGTGGAACACGTGGTTCATTGTAAAGAACTCCCGGATTTCAAGTATCGGCACGATATGGTTAGGGACGTTATTTTTTACATATGTAGGAGGCCCGGAATTTCCGCCAAGAAAGAAGCGCCTGTGGATTTTTTAACAGACCCATTGGATGGAAGATCCACTCTCAGATCGACAGATGTTTGGGTTTTTGGATGGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

623 aa · LXL04_000720|LXL04_000720|OH1004|PROTEIN

MVPLFPVDEIYQVCRKACLDTFVEHVVHCKELPDFKYRHDMVRDVIFYICRRPGISAKKEAPVDFLTDPLDGRSTLRSTDVWVFGWIGGKHACVDLTGVSPPVGLGVGSFTTGHATLKDVSCKVAKHEKTCIENQHVFIPFAIDTFGFLPPEAVEFLNRVQRVMHSNVIKSFHFLLLPTVFVVPFSALASFLRPATATASDADTVTATVTATMESPMLVECKTPPTRPDASSTMDSPLFDNEDDLYTRLKSLERQIEFIE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000720`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000720

位置 Chr01:13323211-13327194 (-)

描述 Similar to 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58290`	26S 蛋白酶体参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。	A mutation in the Proteosomal Regulatory Particle AAA-ATPase-3 in Arabidopsis impairs the light-specific hypocotyl elongation response elicited by a glutamate receptor agonist, BMAA.2009 · DOI: 10.1007/s11103-009-9489-7

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000720 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0000502 proteasome complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0008540 proteasome regulatory particle, base subcomplex 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G58290

han:110873361

rno:117262

sot:102577768

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.562

排名 1 · LXL04_000720 · OH-1004

细胞核0.399

排名 2 · LXL04_000720 · OH-1004

线粒体0.104

排名 3 · LXL04_000720 · OH-1004

过氧化物酶体0.056

排名 4 · LXL04_000720 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 5 · LXL04_000720 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16450.12Prot_ATP_ID_OB_C294-349 aa

PF13191.13AAA_16394-441 aa

PF07728.21AAA_5406-528 aa

PF00004.36AAA407-540 aa

PF07724.21AAA_2407-500 aa

PF17862.8AAA_lid_3563-606 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000720	`PF16450.12`	Prot_ATP_ID_OB_C	294	349	4.2e-13	49.7
LXL04_000720	`PF13191.13`	AAA_16	394	441	7e-07	30.6
LXL04_000720	`PF07728.21`	AAA_5	406	528	1.1e-07	32.6
LXL04_000720	`PF00004.36`	AAA	407	540	2.2e-45	155.0
LXL04_000720	`PF07724.21`	AAA_2	407	500	2.1e-06	28.6
LXL04_000720	`PF17862.8`	AAA_lid_3	563	606	2.7e-07	30.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SEI4`	拟南芥	26S proteasome regulatory subunit 6B homolog	90.954%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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