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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_000621
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 11324869-11326517 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1215 bp · LXL04_000621|LXL04_000621|OH1004|cDNA

ATGGAAGGTGGTGGTCACAGTGGCTATGGCGGTTCCCGTGGTGATTATGGTGGTGGATTTGCTAATTACGCGAATTATCAAAACCATCTTTCCTGGTATCGGCCTGCACCTCCACCATTGACAGCCATAGATAGATTCTTATGGGGCCATGCTCCAACTCCAATCGATCAAACTCAAAACCATGAAATCAGCGAAGCATTCATCCCCTCAAATGGCGGCATCATCGACCAAAGTGGATTAATACGTTTTGCACCATGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1215 bp · LXL04_000621|LXL04_000621|OH1004|CDS

ATGGAAGGTGGTGGTCACAGTGGCTATGGCGGTTCCCGTGGTGATTATGGTGGTGGATTTGCTAATTACGCGAATTATCAAAACCATCTTTCCTGGTATCGGCCTGCACCTCCACCATTGACAGCCATAGATAGATTCTTATGGGGCCATGCTCCAACTCCAATCGATCAAACTCAAAACCATGAAATCAGCGAAGCATTCATCCCCTCAAATGGCGGCATCATCGACCAAAGTGGATTAATACGTTTTGCACCATGTTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

404 aa · LXL04_000621|LXL04_000621|OH1004|PROTEIN

MEGGGHSGYGGSRGDYGGGFANYANYQNHLSWYRPAPPPLTAIDRFLWGHAPTPIDQTQNHEISEAFIPSNGGIIDQSGLIRFAPCSPIMVTNDVFSNDIGECLTWEELKNYPNYDPNHGLINQVEAIKSVKISRGSTKQSKGGNNSKLLIKGQWTEEEDSKLIRLVKQHGITKWAVIAEKMTGRAGKQCRERWRNHLRPDIRKDTWSEEEVRMLIDAHQKVGNKWAEIAKLIPGRTENAIKNQWNATKRRQNSSRKSKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_000621
TK1151 IDTkA01G598820
OH-1004 IDLXL04_000621
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)71.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 77.970
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_000621
位置Chr01:11324869-11326517 (-)
描述Similar to MYB119: Transcription factor MYB119
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g58850 雌配子体生育力所需的转录因子。
MYB64 and MYB119 are required for cellularization and differentiation during female gametogenesis in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003783
At5g11050 雌配子体生育力所需的转录因子。
MYB64 and MYB119 are required for cellularization and differentiation during female gametogenesis in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003783
At4g18770 结合DD11、DD18等靶基因启动子5′-GTAACNT-3′基序，促进这些基因在胚珠助细胞（如丝状器部位）表达的转录因子。
MYB98 is required for pollen tube guidance and synergid cell differentiation in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.034603
Genome-wide expression profiling of the Arabidopsis female gametophyte identifies families of small, secreted proteins.2007 · DOI: 10.1371/journal.pgen.0030171
Cytoplasmic Ca2+ changes dynamically during the interaction of the pollen tube with synergid cells.2012 · DOI: 10.1242/dev.081208
At3g27785 转录激活因子，识别胚乳诱导基因启动子中的5'-TAACGG-3'基序。
Overexpression of PGA37/MYB118 and MYB115 promotes vegetative-to-embryonic transition in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1038/cr.2008.276
Involvement of an R2R3-MYB transcription factor gene AtMYB118 in embryogenesis in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1007/s00299-008-0644-4
MYB118 represses endosperm maturation in seeds of Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.130021
Transcriptional Activation of Two Delta-9 Palmitoyl-ACP Desaturase Genes by MYB115 and MYB118 Is Critical for Biosynthesis of Omega-7 Monounsaturated Fatty Acids in the Endosperm of Arabidopsis Seeds.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00612
At5g40360 转录激活因子，可识别靶基因启动子中的 5'-TAACGG-3' 序列基序。
Overexpression of PGA37/MYB118 and MYB115 promotes vegetative-to-embryonic transition in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1038/cr.2008.276
Transcriptional Activation of Two Delta-9 Palmitoyl-ACP Desaturase Genes by MYB115 and MYB118 Is Critical for Biosynthesis of Omega-7 Monounsaturated Fatty Acids in the Endosperm of Arabidopsis Seeds.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00612

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000621 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009553 embryo sac development 生物过程
GO:0009960 endosperm development 生物过程
GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0010262 somatic embryogenesis 生物过程
GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程
GO:0045691 regulation of embryo sac central cell differentiation 生物过程
GO:0045697 regulation of synergid differentiation 生物过程
GO:0045723 positive regulation of fatty acid biosynthetic process 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G27785
ath:AT4G18770
ath:AT5G11050
ath:AT5G40360
ath:AT5G58850
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.910
排名 1 · LXL04_000621 · OH-1004
细胞质0.188
排名 2 · LXL04_000621 · OH-1004
细胞膜0.021
排名 3 · LXL04_000621 · OH-1004
线粒体0.015
排名 4 · LXL04_000621 · OH-1004
内质网0.009
排名 5 · LXL04_000621 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding152-198 aa
PF13921.13Myb_DNA-bind_6155-215 aa
PF15963.12Myb_DNA-bind_7203-261 aa
PF00249.38Myb_DNA-binding204-246 aa
PF13921.13Myb_DNA-bind_6207-250 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_000621PF00249.38Myb_DNA-binding1521984.5e-34117.0
LXL04_000621PF13921.13Myb_DNA-bind_61552152.9e-2692.1
LXL04_000621PF15963.12Myb_DNA-bind_72032613e-0627.6
LXL04_000621PF00249.38Myb_DNA-binding2042464.5e-34117.0
LXL04_000621PF13921.13Myb_DNA-bind_62072502.9e-2692.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FIM4拟南芥Transcription factor MYB11942.236%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FY60拟南芥Transcription factor MYB6440.432%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9S7L2拟南芥Transcription factor MYB9862.143%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LVW4拟南芥Transcription factor MYB11860.294%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q1PDP9拟南芥Transcription factor MYB11544.262%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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