LXL04_000537 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000537

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 9987313-9990222 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1506 bp · LXL04_000537|LXL04_000537|OH1004|cDNA

CAAATTactttttttattgtttttcatcAACACAAATAACGGATAACGCACACGCGCTCTCTCCTTCTCCCCTCTCATCCGCACACACAAATGAGAAGGTGAGTGAATtgcagagagagagagagagagagcttcCGGCAATCCATCCATCCATCCATGGCCAAATCTCTTATTTCATCGCCTTCATCCTTCGTCGGAACACCTTTCCCCTCGCTCTATCGCCATGGACGCCTTTCTCCCAGGACTAAGCTTATATCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1350 bp · LXL04_000537|LXL04_000537|OH1004|CDS

ATGGCCAAATCTCTTATTTCATCGCCTTCATCCTTCGTCGGAACACCTTTCCCCTCGCTCTATCGCCATGGACGCCTTTCTCCCAGGACTAAGCTTATATCCACCAGAGTGAAGTTCAGCTTCAACGGACTTCCTCCAATTTCTTCATTAGATGGCGTCTCTATGGATTTATCTGCAATCGCCAGCCGTGCGGAGAGCCTTATGTATACTTTGGCTGATGCAGCGGTTGCTGTTGATTCCGCTGCTTCTGTTTCCGGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

449 aa · LXL04_000537|LXL04_000537|OH1004|PROTEIN

MAKSLISSPSSFVGTPFPSLYRHGRLSPRTKLISTRVKFSFNGLPPISSLDGVSMDLSAIASRAESLMYTLADAAVAVDSAASVSGDSATTTVQKSGGWFGFISDAMEVVLKVLKDGLSAVHIPYSYGFAIILLTVLVKVATLPLTKQQVESTLAMQNLQPKLKAIQQRYAGNQERIQLETSRLYKQAGVNPLAGCLPTLATIPVWIGLYQALSNVANEGLFTEGFFWIPSLGGPTTIAARQSGSGVSWLFPFVDGHPPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000537`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000537

位置 Chr01:9987313-9990222 (-)

描述 Similar to PPF-1: Inner membrane protein PPF-1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28800`	将一些光捕获叶绿素结合蛋白插入叶绿体类囊体膜所需的。	ALBINO3, an Arabidopsis nuclear gene essential for chloroplast differentiation, encodes a chloroplast protein that shows homology to proteins present in bacterial membranes and yeast mitochondria.1997 · DOI: 10.1105/tpc.9.5.717
`At1g24490`	将一些光捕获叶绿素结合蛋白插入叶绿体类囊体膜所需的。	Alb4 of Arabidopsis promotes assembly and stabilization of a non chlorophyll-binding photosynthetic complex, the CF1CF0-ATP synthase.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp095 Genetic and Physical Interaction Studies Reveal Functional Similarities between ALBINO3 and ALBINO4 in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00376 Suppressors of the Chloroplast Protein Import Mutant <i>tic40</i> Reveal a Genetic Link between Protein Import and Thylakoid Biogenesis.2017 · DOI: 10.1105/tpc.16.00962

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000537 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0045038 protein import into chloroplast thylakoid membrane 生物过程

GO:0051205 protein insertion into membrane 生物过程

GO:0070208 protein heterotrimerization 生物过程

GO:0072598 protein localization to chloroplast 生物过程

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24490

ath:AT2G28800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.983

排名 1 · LXL04_000537 · OH-1004

线粒体0.021

排名 2 · LXL04_000537 · OH-1004

细胞核0.017

排名 3 · LXL04_000537 · OH-1004

细胞质0.016

排名 4 · LXL04_000537 · OH-1004

过氧化物酶体0.013

排名 5 · LXL04_000537 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02096.2760KD_IMP126-341 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000537	`PF02096.27`	60KD_IMP	126	341	2.5e-58	197.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LBP4`	拟南芥	Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic	75.931%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FYL3`	拟南芥	ALBINO3-like protein 1, chloroplastic	70.833%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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