LXL04_000443 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000443

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 8311840-8317192 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2259 bp · LXL04_000443|LXL04_000443|OH1004|cDNA

ATGTTGCTGATGGAAAAGGAAATGGAATTGGAAAAGGAATCCAATTCCATATGCTGGGAGAAGAGAATTGGAAGTACTACTGGAAAACCATTACACTACAAGGGAATTATATTCCATCACATAATTAAAGGCTTCATGGCTCAACGACAAGAGAAACAGAAGGAGAGAGAGTCACTTACCGGCGGTCGTTCAGGAAGGAAGGCGGTCGTCGATCGAAGCAGTGAAAGAGCGCCGGCGATGGAAGGAAAGGCGATGCAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2259 bp · LXL04_000443|LXL04_000443|OH1004|CDS

ATGTTGCTGATGGAAAAGGAAATGGAATTGGAAAAGGAATCCAATTCCATATGCTGGGAGAAGAGAATTGGAAGTACTACTGGAAAACCATTACACTACAAGGGAATTATATTCCATCACATAATTAAAGGCTTCATGGCTCAACGACAAGAGAAACAGAAGGAGAGAGAGTCACTTACCGGCGGTCGTTCAGGAAGGAAGGCGGTCGTCGATCGAAGCAGTGAAAGAGCGCCGGCGATGGAAGGAAAGGCGATGCAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

752 aa · LXL04_000443|LXL04_000443|OH1004|PROTEIN

MLLMEKEMELEKESNSICWEKRIGSTTGKPLHYKGIIFHHIIKGFMAQRQEKQKERESLTGGRSGRKAVVDRSSERAPAMEGKAMQMVVQEGRRSFKACFTIFCKKEEKWRRAGWCRRHVMADPPGVRQVFLLESPIISGVLFSSMLSVLRVHLPSDIPIVGCELSPYVLLRRPDQTVFTDDVPESSPIEGHFLRYKWYRIQSDKKVAICSIHPSEQATLQCLGCVKAKIPIAKSYHCSPKCFSDAWQHHRVLHERAASA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000443`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000443

位置 Chr01:8311840-8317192 (-)

描述 Similar to CCR4-1: Carbon catabolite repressor protein 4 homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g58560`	作为 CCR4-NOT 核心复合物的催化成分，该复合物在细胞核中似乎是一个通用转录因子，在细胞质中是参与 mRNA 周转的主要 mRNA 去腺苷酸化酶。	暂无已核实直接文献
`At3g58580`	作为 CCR4-NOT 核心复合物的催化成分，该复合物在细胞核中似乎是一个通用转录因子，在细胞质中是参与 mRNA 周转的主要 mRNA 去腺苷酸化酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000443 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000076 DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0005986 sucrose biosynthetic process 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0007089 traversing start control point of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G58560

ath:AT3G58580

dre:553665

spo:2538913

uma:UMAG_10379

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.387

排名 1 · LXL04_000443 · OH-1004

细胞核0.374

排名 2 · LXL04_000443 · OH-1004

细胞膜0.117

排名 3 · LXL04_000443 · OH-1004

高尔基体0.091

排名 4 · LXL04_000443 · OH-1004

内质网0.079

排名 5 · LXL04_000443 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15801.12zf-C6H2217-255 aa

PF03372.30Exo_endo_phos406-737 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000443	`PF15801.12`	zf-C6H2	217	255	2.3e-06	28.3
LXL04_000443	`PF03372.30`	Exo_endo_phos	406	737	1.4e-25	91.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W0Z9`	拟南芥	Carbon catabolite repressor protein 4 homolog 1	76.721%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M2F8`	拟南芥	Carbon catabolite repressor protein 4 homolog 2	75.862%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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