LXL04_000211 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000211

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 4132786-4135439 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1548 bp · LXL04_000211|LXL04_000211|OH1004|cDNA

CGACTAGAACCCTGATTATACTCCTTTTATCGTGCAGAACATATAATTATCAGAATGACGAAGGTAAGCCCGGAAGTTTACGAAGAGACGCAAATGCAAGCTGTTTTGTCAGTATCAGCAGACGCAAGTTTCACATCAAGCAAGTTCCCAAAATACAAATTAGGTCCAGATAATCAGGTTCTCGATGACGCAACCATGGACAGTAAGGGCCCACCTCTGAAAGAAATAGTGGCCCAAGAAACCGATCAGCTATCTGAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1494 bp · LXL04_000211|LXL04_000211|OH1004|CDS

ATGACGAAGGTAAGCCCGGAAGTTTACGAAGAGACGCAAATGCAAGCTGTTTTGTCAGTATCAGCAGACGCAAGTTTCACATCAAGCAAGTTCCCAAAATACAAATTAGGTCCAGATAATCAGGTTCTCGATGACGCAACCATGGACAGTAAGGGCCCACCTCTGAAAGAAATAGTGGCCCAAGAAACCGATCAGCTATCTGAGCAACACAAACGTCTCTCAGTACGTGACCTCGCCAGTAAATTTGACAAGAATTTGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

497 aa · LXL04_000211|LXL04_000211|OH1004|PROTEIN

MTKVSPEVYEETQMQAVLSVSADASFTSSKFPKYKLGPDNQVLDDATMDSKGPPLKEIVAQETDQLSEQHKRLSVRDLASKFDKNLSAAAKLSNEAKLREVASLEGHVLLKKIRDALEYLRGRLAGKNKEDAEKAISMVEALAVKLTQNEGELIQEKFEVKKLANFLKQASEDAKKLVNQERSFACAEIESAKAVVRRIGEALVEQERVSLTSGKQEMEEMVEEIQQARRIRLMHQPCKVMDMEHELLALRLQIQEKSAF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000211`
TK1151 ID	TkA01G627810
OH-1004 ID	LXL04_000211
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.349 / OH-1004 30.382 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000211

位置 Chr01:4132786-4135439 (+)

描述 Similar to SCAB2: Stomatal closure-related actin-binding protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g40820`	可能是植物特有的肌动蛋白结合蛋白，能束缚和稳定微丝（MFs）。	暂无已核实直接文献
`At3g56480`	可能是植物特有的肌动蛋白结合蛋白，能束缚和稳定微丝（MFs）。	暂无已核实直接文献
`At2g26770`	植物特异性肌动蛋白结合蛋白，可捆绑和稳定微丝。	The plant-specific actin binding protein SCAB1 stabilizes actin filaments and regulates stomatal movement in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086546

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000211 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0003779 actin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26770

ath:AT2G40820

ath:AT3G56480

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.516

排名 1 · LXL04_000211 · OH-1004

细胞核0.329

排名 2 · LXL04_000211 · OH-1004

细胞膜0.179

排名 3 · LXL04_000211 · OH-1004

高尔基体0.091

排名 4 · LXL04_000211 · OH-1004

内质网0.069

排名 5 · LXL04_000211 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16711.11SCAB-ABD55-97 aa

PF16712.11SCAB_CC101-268 aa

PF16709.12SCAB-Ig286-379 aa

PF17684.8SCAB-PH382-490 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000211	`PF16711.11`	SCAB-ABD	55	97	2.5e-26	92.0
LXL04_000211	`PF16712.11`	SCAB_CC	101	268	3.5e-73	245.7
LXL04_000211	`PF16709.12`	SCAB-Ig	286	379	1.3e-42	144.5
LXL04_000211	`PF17684.8`	SCAB-PH	382	490	5.5e-53	178.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IIZ9`	拟南芥	Stomatal closure-related actin-binding protein 2	63.765%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GX05`	拟南芥	Stomatal closure-related actin-binding protein 3	65.112%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O48791`	拟南芥	Stomatal closure-related actin-binding protein 1	59.674%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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